[日本語] English
万見
- EMDB-6458: Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Revea... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6458
タイトルCryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization
マップデータReconstruction of 11-fold NAIP2/NLRC4 inflammasome
試料
  • 試料: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk
  • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
  • タンパク質・ペプチド: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2
キーワードInflammasome (インフラマソーム) / NLRC4 / NAIP2
機能・相同性
機能・相同性情報


IPAF inflammasome complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / pyroptosis / endopeptidase activator activity / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...IPAF inflammasome complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / pyroptosis / endopeptidase activator activity / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to bacterium / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / 自然免疫系 / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily ...NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family CARD domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Zhang L / Chen S / Ruan J / Wu J / Tong AB / Yin Q / Li Y / David L / Lu A / Wang WL ...Zhang L / Chen S / Ruan J / Wu J / Tong AB / Yin Q / Li Y / David L / Lu A / Wang WL / Marks C / Ouyang Q / Zhang X / Mao Y / Wu H
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structure of the activated NAIP2-NLRC4 inflammasome reveals nucleated polymerization.
著者: Liman Zhang / Shuobing Chen / Jianbin Ruan / Jiayi Wu / Alexander B Tong / Qian Yin / Yang Li / Liron David / Alvin Lu / Wei Li Wang / Carolyn Marks / Qi Ouyang / Xinzheng Zhang / Youdong Mao / Hao Wu /
要旨: The NLR family apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) bind conserved bacterial ligands, such as the bacterial rod protein PrgJ, and recruit NLR family CARD-containing protein 4 (NLRC4) as the ...The NLR family apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) bind conserved bacterial ligands, such as the bacterial rod protein PrgJ, and recruit NLR family CARD-containing protein 4 (NLRC4) as the inflammasome adapter to activate innate immunity. We found that the PrgJ-NAIP2-NLRC4 inflammasome is assembled into multisubunit disk-like structures through a unidirectional adenosine triphosphatase polymerization, primed with a single PrgJ-activated NAIP2 per disk. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction at subnanometer resolution revealed a ~90° hinge rotation accompanying NLRC4 activation. Unlike in the related heptameric Apaf-1 apoptosome, in which each subunit needs to be conformationally activated by its ligand before assembly, a single PrgJ-activated NAIP2 initiates NLRC4 polymerization in a domino-like reaction to promote the disk assembly. These insights reveal the mechanism of signal amplification in NAIP-NLRC4 inflammasomes.
履歴
登録2015年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月14日-
マップ公開2015年10月21日-
更新2015年11月4日-
現状2015年11月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbl
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbl
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6458.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 11-fold NAIP2/NLRC4 inflammasome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0045 / ムービー #1: 0.0045
最小 - 最大-0.0079744 - 0.01165745
平均 (標準偏差)0.00009534 (±0.00089071)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 385.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.280385.280385.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0080.0120.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk

全体名称: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk
要素
  • 試料: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk
  • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
  • タンパク質・ペプチド: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2

-
超分子 #1000: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk

超分子名称: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample contains multiple oligomeric states, including 10-fold, 11-fold, and 12-fold disks.
集合状態: One NAIP2 subunit and ten NLRC subunits / Number unique components: 2
分子量実験値: 1.8 MDa / 理論値: 1.8 MDa

-
分子 #1: NLR family CARD domain-containing protein 4

分子名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NLRC4
詳細: One activated NAIP2 induces polymerization of NLRC4.
コピー数: 10
集合状態: NLRC4 inflammasome comprises ten NLRC4 and one NAIP2
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7 / 別称: mouse
組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; ascites
細胞: macrophage / 細胞中の位置: cytosol
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: IPLB-SF21-AE / 組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pFastBac1
配列UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4

-
分子 #2: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2

分子名称: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: NAIP2
詳細: One activated NAIP2 induces polymerization of NLRC4.
コピー数: 1
集合状態: NLRC4 inflammasome comprises one NAIP2 and ten NLRC4
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7 / 別称: mouse
組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; ascites
細胞: macrophage / 細胞中の位置: cytosol
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: IPLB-SF21-AE / 組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pFastBac1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh C-flat grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 103 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for one second before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 28736 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 21000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度最低: 79.5 K / 最高: 80 K / 平均: 79.5 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 21,000 times magnification.
日付2015年4月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 9113 / 平均電子線量: 48 e/Å2
詳細: average of 36 frames recorded by the direct electron detector
ビット/ピクセル: 8

-
画像解析

CTF補正詳細: Wiener-type filter
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 75114

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る