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- PDB-5xyi: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xyi
タイトルSmall subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • (Uncharacterized ...) x 5
  • 18S
  • Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
  • Plectin/S10 domain containing protein
  • eL41
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA (リボソームRNA) / rprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / protein kinase C binding / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis ...positive regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / protein kinase C binding / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 核小体 / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 ...Ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal protein S12e / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Double Stranded RNA Binding Domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal_S17_N domain-containing protein / Ribosomal protein S3, putative ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal_S17_N domain-containing protein / Ribosomal protein S3, putative / Ribosomal protein S15a / Ribosomal_S4 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S17-B, putative / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S13p/S18e, putative / Ribosomal protein S19, putative / 40S ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40s ribosomal protein S5-B, putative / Plectin/S10 domain containing protein / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein S19e, putative / S5 DRBM domain-containing protein / Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative / 40S ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24e, putative / Ribosomal protein L7Ae, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein S10p/S20e, putative / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein S3Ae, putative / Small ribosomal subunit protein eS32A / Ribosomal protein S14
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6788
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S
A: 40S ribosomal protein SA
B: Ribosomal protein S3Ae, putative
C: Uncharacterized protein
D: Ribosomal protein S3, putative
E: 40S ribosomal protein S4
F: 40s ribosomal protein S5-B, putative
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7, putative
I: 40S ribosomal protein S8
J: Uncharacterized protein
K: Plectin/S10 domain containing protein
L: Uncharacterized protein
M: Ribosomal protein L7Ae, putative
N: 40S ribosomal protein S13, putative
O: Ribosomal protein S14
P: Ribosomal protein S19, putative
Q: 40S ribosomal protein S16, putative
R: 40S ribosomal protein S17-B, putative
S: Ribosomal protein S13p/S18e, putative
T: Ribosomal protein S19e, putative
U: Ribosomal protein S10p/S20e, putative
V: 40S ribosomal protein S21
W: Ribosomal protein S15a
X: 40S ribosomal protein S23, putative
Y: Ribosomal protein S24e, putative
Z: Uncharacterized protein
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: Uncharacterized protein
d: 40S ribosomal protein S29, putative
e: 40S ribosomal protein S30
g: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
n: eL41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,12134
ポリマ－1,088,12134
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 AEFGHINQRVXabde

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / uS2


分子量: 28584.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EFE7
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4 / / eS4


分子量: 28589.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FC75
#7: タンパク質 40s ribosomal protein S5-B, putative / リボソーム / uS7


分子量: 21672.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E4S6
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / eS6


分子量: 24583.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DEJ9
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7, putative / リボソーム / eS7


分子量: 18708.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2G5X6
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / eS8


分子量: 22118.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2E1L5
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative / リボソーム / uS15


分子量: 17071.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D9L2
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative / リボソーム / uS9


分子量: 15626.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D919
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B, putative / リボソーム / eS17


分子量: 14964.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DPS3
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / eS21


分子量: 9853.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FFS8
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative / リボソーム / uS12


分子量: 15592.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2D895
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / eS26


分子量: 13889.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DST7
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / eS27


分子量: 9467.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FBZ2
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S29, putative / リボソーム / uS14


分子量: 6843.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DYA8
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / / eS30


分子量: 6919.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FHY5

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 BDMOPSTUWY

#3: タンパク質 Ribosomal protein S3Ae, putative / リボソーム / eS1


分子量: 28085.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2G9Z8
#5: タンパク質 Ribosomal protein S3, putative / リボソーム / uS3


分子量: 24505.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DIM3
#14: タンパク質 Ribosomal protein L7Ae, putative / リボソーム / eS12


分子量: 13714.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FA40
#16: タンパク質 Ribosomal protein S14 / / uS11


分子量: 16689.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: Q76KS8
#17: タンパク質 Ribosomal protein S19, putative / リボソーム / uS19


分子量: 16286.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DVD8
#20: タンパク質 Ribosomal protein S13p/S18e, putative / リボソーム / uS13


分子量: 17564.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DTR8
#21: タンパク質 Ribosomal protein S19e, putative / リボソーム / eS19


分子量: 16584.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EG54
#22: タンパク質 Ribosomal protein S10p/S20e, putative / リボソーム / uS10


分子量: 13933.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2FDE0
#24: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム / uS8


分子量: 14583.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DLW4
#26: タンパク質 Ribosomal protein S24e, putative / リボソーム / eS24


分子量: 16069.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2F0H5

-
Uncharacterized ... , 5種, 5分子 CJLZc

#4: タンパク質 Uncharacterized protein / uS5


分子量: 30083.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EHK3
#11: タンパク質 Uncharacterized protein / uS4


分子量: 21811.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DNY3
#13: タンパク質 Uncharacterized protein / uS17


分子量: 18015.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DHU8
#27: タンパク質 Uncharacterized protein / eS25


分子量: 12645.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ER97
#30: タンパク質 Uncharacterized protein / eS28


分子量: 7650.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2DQN8

-
タンパク質 , 2種, 2分子 Kg

#12: タンパク質 Plectin/S10 domain containing protein / eS10


分子量: 16251.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2EBA2
#33: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative / RACK1


分子量: 37151.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: A2ELV7

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 2n

#1: RNA鎖 18S


分子量: 508656.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
#34: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: P0CX86*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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