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万見
- PDB-5xwy: Electron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xwy
タイトルElectron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
要素
  • A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
  • RNA (59-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Cas13a (CRISPR) / CRISPR (CRISPR) / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Leptotrichia buccalis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, Y. / Ma, J. / Liu, L. / Li, X. / Li, Z. / You, L. / Wang, J. / Wang, M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
the Chinese Ministry of Science and Technology2014CB910102 中国
the Natural Science Foundation of China91440201, 31571335, 31400640, 31570874 中国
the Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08010203 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: The Molecular Architecture for RNA-Guided RNA Cleavage by Cas13a.
著者: Liang Liu / Xueyan Li / Jun Ma / Zongqiang Li / Lilan You / Jiuyu Wang / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
要旨: Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a ...Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a is activated to cleave RNA, we have determined the crystal structure of Leptotrichia buccalis (Lbu) Cas13a bound to crRNA and its target RNA, as well as the cryo-EM structure of the LbuCas13a-crRNA complex. The crRNA-target RNA duplex binds in a positively charged central channel of the nuclease (NUC) lobe, and Cas13a protein and crRNA undergo a significant conformational change upon target RNA binding. The guide-target RNA duplex formation triggers HEPN1 domain to move toward HEPN2 domain, activating the HEPN catalytic site of Cas13a protein, which subsequently cleaves both single-stranded target and collateral RNAs in a non-specific manner. These findings reveal how Cas13a of type VI CRISPR-Cas systems defend against RNA phages and set the stage for its development as a tool for RNA manipulation.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine / Item: _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6777
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
B: RNA (59-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4252
ポリマ－157,4252
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area56350 Å2

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要素

#1: タンパク質 A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a


分子量: 138555.156 Da / 分子数: 1 / 変異: R1048A, H1053A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (strain ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b) (バクテリア)
株: ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b
遺伝子: Lebu_1799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7NBY4
#2: RNA鎖 RNA (59-MER)


分子量: 18869.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LbuCas13a-crRNA binary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Leptotrichia buccalis (バクテリア) / 株: ATCC 14201
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2411: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238758 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0110528
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.20114384
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.7718615
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0631619
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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