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万見
- PDB-5tj6: Ca2+ bound aplysia Slo1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tj6
タイトルCa2+ bound aplysia Slo1
要素High conductance calcium-activated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / K+ channel (カリウムチャネル) / Ca2+ bound / high conductance
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transport / monoatomic ion channel activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / : / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PGW / BK channel
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者MacKinnon, R. / Tao, X. / Hite, R.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM43949 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the open high-conductance Ca-activated K channel.
著者: Xiao Tao / Richard K Hite / Roderick MacKinnon /
要旨: The Ca-activated K channel, Slo1, has an unusually large conductance and contains a voltage sensor and multiple chemical sensors. Dual activation by membrane voltage and Ca renders Slo1 central to ...The Ca-activated K channel, Slo1, has an unusually large conductance and contains a voltage sensor and multiple chemical sensors. Dual activation by membrane voltage and Ca renders Slo1 central to processes that couple electrical signalling to Ca-mediated events such as muscle contraction and neuronal excitability. Here we present the cryo-electron microscopy structure of a full-length Slo1 channel from Aplysia californica in the presence of Ca and Mg at a resolution of 3.5 Å. The channel adopts an open conformation. Its voltage-sensor domain adopts a non-domain-swapped attachment to the pore and contacts the cytoplasmic Ca-binding domain from a neighbouring subunit. Unique structural features of the Slo1 voltage sensor suggest that it undergoes different conformational changes than other known voltage sensors. The structure reveals the molecular details of three distinct divalent cation-binding sites identified through electrophysiological studies of mutant Slo1 channels.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _cell.Z_PDB
改定 1.72024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8410
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High conductance calcium-activated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,84324
ポリマ－120,3081
非ポリマー11,53523
水0
1
A: High conductance calcium-activated potassium channel
ヘテロ分子

A: High conductance calcium-activated potassium channel
ヘテロ分子

A: High conductance calcium-activated potassium channel
ヘテロ分子

A: High conductance calcium-activated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,37296
ポリマ－481,2324
非ポリマー46,14092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C (n回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 High conductance calcium-activated potassium channel


分子量: 120308.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5QJC5
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ca2+ bound aplysia Slo1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 細胞: High Five / プラスミド: pFastBac
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2320 mMKClKCl1
310 mMCaCl2CaCl21
410 mMMgCl2MgCl21
520 mMDTTDTT1
62 mMTCEPTCEP1
70.025 %DDMDDM1
80.005 %CHSCHS1
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10FREALIGN最終オイラー角割当
11RELION分類
12FREALIGN３次元再構成
13REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 233000
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.5→3.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.85 / SU B: 39.858 / SU ML: 0.48 / ESU R: 1.568
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.328 --
obs0.328 32498 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 291.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 7212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.0197356
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.027068
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.9491.9699934
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.805316206
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.2665883
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.15323.653323
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.644151178
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.3871540
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0510.21111
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.028139
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021740
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.68230.4593553
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.67830.4593552
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.4145.6864429
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other6.4145.6874430
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.76631.1723803
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other3.76631.1723804
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other6.89246.5715506
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined10.6097953
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other10.6097954
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.789 2393 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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