[日本語] English
万見
- PDB-5npp: 2.22A STRUCTURE OF THIOPHENE2 AND GSK945237 WITH S.AUREUS DNA GYR... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npp
タイトル2.22A STRUCTURE OF THIOPHENE2 AND GSK945237 WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA
要素
  • (DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)- ...) x 2
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit ADNAジャイレース
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL (抗生物質) / INHIBITOR (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6EJ / Chem-94K / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Bax, B.D. / Chan, P.F. / Stavenger, R.A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Thiophene antibacterials that allosterically stabilize DNA-cleavage complexes with DNA gyrase.
著者: Chan, P.F. / Germe, T. / Bax, B.D. / Huang, J. / Thalji, R.K. / Bacque, E. / Checchia, A. / Chen, D. / Cui, H. / Ding, X. / Ingraham, K. / McCloskey, L. / Raha, K. / Srikannathasan, V. / ...著者: Chan, P.F. / Germe, T. / Bax, B.D. / Huang, J. / Thalji, R.K. / Bacque, E. / Checchia, A. / Chen, D. / Cui, H. / Ding, X. / Ingraham, K. / McCloskey, L. / Raha, K. / Srikannathasan, V. / Maxwell, A. / Stavenger, R.A.
履歴
登録2017年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,66322
ポリマ－168,4306
非ポリマー2,23316
水15,187843
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18730 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area55880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.850, 92.850, 409.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A / DNAジャイレース


分子量: 78125.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005, gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

-
DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)- ... , 2種, 4分子 EFAC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct

-
非ポリマー , 7種, 859分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-94K / ~{N}-[(1~{R})-2-azanyl-1-phenyl-ethyl]-5-(2-chlorophenyl)-2-methyl-thiophene-3-carboxamide


分子量: 370.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19ClN2OS
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-6EJ / (1R)-1-[(4-{[(6,7-dihydro[1,4]dioxino[2,3-c]pyridazin-3-yl)methyl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-9-fluoro-1,2-dihydro-4H-pyrrolo[3,2,1-ij]quinolin-4-one


分子量: 451.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26FN5O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 7-11% PEG 5000 MME, 130-190 mM Bis-Tris pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→19.89 Å / Num. obs: 97193 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 502194 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.22-2.264.91.1581.10.5380.5531.28799.3
12.16-19.895.90.0290.9990.0130.03175.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0158位相決定
精密化解像度: 2.22→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.357 / SU ML: 0.169 / SU R Cruickshank DPI: 0.2322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 4893 5 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1841 92297 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.65 Å2 / Biso mean: 43.096 Å2 / Biso min: 18.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10580 800 177 851 12408
Biso mean--50.23 47.8 -
残基数----1383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01912356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.91216903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53851413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41323.669556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.722152063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7815124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219171
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.277 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 365 -
Rwork0.309 6760 -
all-7125 -
obs--99.25 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る