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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gpn | |||||||||
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タイトル | Architecture of mammalian respirasome | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Respiratory (呼吸器) / Respirasome / Mammalian (哺乳類) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquinone-6 biosynthetic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / mitochondrial respirasome assembly / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to oxygen levels / respiratory chain complex IV / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / regulation of oxidative phosphorylation ...ubiquinone-6 biosynthetic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / mitochondrial respirasome assembly / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to oxygen levels / respiratory chain complex IV / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / gliogenesis / mitochondrial respiratory chain complex III / neural precursor cell proliferation / anterograde axonal transport / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / oxygen sensor activity / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinone binding / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / acyl binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl carrier activity / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / respirasome / 細胞呼吸 / axon cytoplasm / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / central nervous system development / ミトコンドリア / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / copper ion binding / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Gu, J. / Wu, M. / Guo, R. / Yang, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: The architecture of the mammalian respirasome. 著者: Jinke Gu / Meng Wu / Runyu Guo / Kaige Yan / Jianlin Lei / Ning Gao / Maojun Yang / 要旨: The respiratory chain complexes I, III and IV (CI, CIII and CIV) are present in the bacterial membrane or the inner mitochondrial membrane and have a role of transferring electrons and establishing ...The respiratory chain complexes I, III and IV (CI, CIII and CIV) are present in the bacterial membrane or the inner mitochondrial membrane and have a role of transferring electrons and establishing the proton gradient for ATP synthesis by complex V. The respiratory chain complexes can assemble into supercomplexes (SCs), but their precise arrangement is unknown. Here we report a 5.4 Å cryo-electron microscopy structure of the major 1.7 megadalton SCI1III2IV1 respirasome purified from porcine heart. The CIII dimer and CIV bind at the same side of the L-shaped CI, with their transmembrane domains essentially aligned to form a transmembrane disk. Compared to free CI, the CI in the respirasome is more compact because of interactions with CIII and CIV. The NDUFA11 and NDUFB9 supernumerary subunits of CI contribute to the oligomerization of CI and CIII. The structure of the respirasome provides information on the precise arrangements of the respiratory chain complexes in mitochondria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gpn.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gpn.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5gpn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 AMBNEQFRGSHTIUJLKV
+タンパク質 , 5種, 8分子 CODPYtAaw
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 WZabox
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 cd
+NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 8分子 efghijkl
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 10種, 11分子 mnpqvrAcAeAfAgAn
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 3種, 4分子 uAiAjAk
+Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 0123456789syz
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 unknown subunit ... , 6種, 12分子 AbAhAdAoApAvAqAsAwArAtAu
+NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 AlAm
+非ポリマー , 10種, 25分子
+詳細
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RespirasomeSupercomplex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Mammalian, respirasome / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139996 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |