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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5386 | |||||||||
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タイトル | tmRNA translocation and MLD-loading on the ribosome: a 70S-tmRNA-EF-G complex | |||||||||
マップデータ | Overall view of the 70S-tmRNA-SmpB-EF-G complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | trans-translation (TmRNA) / MLD-loading / translocation / tmRNA (TmRNA) / EF-G (EF-G) / SmpB | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / : / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramrath DJF / Yamamoto H / Rother K / Wittek D / Pech M / Mielke T / Loerke J / Scheerer P / Ivanov P / Teraoka Y ...Ramrath DJF / Yamamoto H / Rother K / Wittek D / Pech M / Mielke T / Loerke J / Scheerer P / Ivanov P / Teraoka Y / Shpanchenko O / Nierhaus KH / Spahn CMT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: The complex of tmRNA-SmpB and EF-G on translocating ribosomes. 著者: David J F Ramrath / Hiroshi Yamamoto / Kristian Rother / Daniela Wittek / Markus Pech / Thorsten Mielke / Justus Loerke / Patrick Scheerer / Pavel Ivanov / Yoshika Teraoka / Olga Shpanchenko ...著者: David J F Ramrath / Hiroshi Yamamoto / Kristian Rother / Daniela Wittek / Markus Pech / Thorsten Mielke / Justus Loerke / Patrick Scheerer / Pavel Ivanov / Yoshika Teraoka / Olga Shpanchenko / Knud H Nierhaus / Christian M T Spahn / 要旨: Bacterial ribosomes stalled at the 3' end of malfunctioning messenger RNAs can be rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA)-mediated trans-translation. The SmpB protein forms a complex with the ...Bacterial ribosomes stalled at the 3' end of malfunctioning messenger RNAs can be rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA)-mediated trans-translation. The SmpB protein forms a complex with the tmRNA, and the transfer-RNA-like domain (TLD) of the tmRNA then enters the A site of the ribosome. Subsequently, the TLD-SmpB module is translocated to the P site, a process that is facilitated by the elongation factor EF-G, and translation is switched to the mRNA-like domain (MLD) of the tmRNA. Accurate loading of the MLD into the mRNA path is an unusual initiation mechanism. Despite various snapshots of different ribosome-tmRNA complexes at low to intermediate resolution, it is unclear how the large, highly structured tmRNA is translocated and how the MLD is loaded. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of a fusidic-acid-stalled ribosomal 70S-tmRNA-SmpB-EF-G complex (carrying both of the large ligands, that is, EF-G and tmRNA) at 8.3 Å resolution. This post-translocational intermediate (TI(POST)) presents the TLD-SmpB module in an intrasubunit ap/P hybrid site and a tRNA(fMet) in an intrasubunit pe/E hybrid site. Conformational changes in the ribosome and tmRNA occur in the intersubunit space and on the solvent side. The key underlying event is a unique extra-large swivel movement of the 30S head, which is crucial for both tmRNA-SmpB translocation and MLD loading, thereby coupling translocation to MLD loading. This mechanism exemplifies the versatile, dynamic nature of the ribosome, and it shows that the conformational modes of the ribosome that normally drive canonical translation can also be used in a modified form to facilitate more complex tasks in specialized non-canonical pathways. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5386.map.gz | 80.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5386-v30.xml emd-5386.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5386_1.png | 634.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Overall view of the 70S-tmRNA-SmpB-EF-G complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of 70S-tmRNA-SmpB-EF-G
全体 | 名称: Complex of 70S-tmRNA-SmpB-EF-G |
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要素 |
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-超分子 #1000: Complex of 70S-tmRNA-SmpB-EF-G
超分子 | 名称: Complex of 70S-tmRNA-SmpB-EF-G / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: the sample was flash frozen in liquid ethane / 集合状態: Monomer / Number unique components: 5 |
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分子量 | 実験値: 3 MDa / 理論値: 3 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Ribosome
超分子 | 名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S-tmRNA-EFG / 詳細: the complex was stalled with fusidic acid / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: CAN20 |
分子量 | 実験値: 3 MDa / 理論値: 3.05 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 4.5 mM Mg(Ac)2, 150 mM NH4Ac, 4 mM b-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: flash frozen in liquid ethane |
グリッド | 詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 96.15 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI VITROBOT / 手法: blot for 10 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cartridge / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
温度 | 最低: 77.15 K / 最高: 81.15 K / 平均: 77.15 K |
日付 | 2009年12月8日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.7 µm / 実像数: 302 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus groups |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 68842 |