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- EMDB-5330: Cryo-electron tomography reveals novel interactions and doublet-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5330
タイトルCryo-electron tomography reveals novel interactions and doublet-specific structures in the I1 dynein
マップデータThis is a subtomogram average of the I1 inner dynein complex in wild type Chlamydomonas flagella
試料
  • 試料: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet microtubule and is connected to neighboring structures.
  • 細胞器官・細胞要素: I1 dynein complex
キーワードaxoneme / molecular motor (分子モーター) / motility regulation / flagella (鞭毛)
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 39.0 Å
データ登録者Heuser T / Barber CF / Lin J / Krell J / Rebesco M / Porter ME / Nicastro D
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2012
タイトル: Cryoelectron tomography reveals doublet-specific structures and unique interactions in the I1 dynein.
著者: Thomas Heuser / Cynthia F Barber / Jianfeng Lin / Jeremy Krell / Matthew Rebesco / Mary E Porter / Daniela Nicastro /
要旨: Cilia and flagella are highly conserved motile and sensory organelles in eukaryotes, and defects in ciliary assembly and motility cause many ciliopathies. The two-headed I1 inner arm dynein is a ...Cilia and flagella are highly conserved motile and sensory organelles in eukaryotes, and defects in ciliary assembly and motility cause many ciliopathies. The two-headed I1 inner arm dynein is a critical regulator of ciliary and flagellar beating. To understand I1 architecture and function better, we analyzed the 3D structure and composition of the I1 dynein in Chlamydomonas axonemes by cryoelectron tomography and subtomogram averaging. Our data revealed several connections from the I1 dynein to neighboring structures that are likely to be important for assembly and/or regulation, including a tether linking one I1 motor domain to the doublet microtubule and doublet-specific differences potentially contributing to the asymmetrical distribution of dynein activity required for ciliary beating. We also imaged three I1 mutants and analyzed their polypeptide composition using 2D gel-based proteomics. Structural and biochemical comparisons revealed the likely location of the regulatory IC138 phosphoprotein and its associated subcomplex. Overall, our studies demonstrate that I1 dynein is connected to multiple structures within the axoneme, and therefore ideally positioned to integrate signals that regulate ciliary motility.
履歴
登録2011年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年8月11日-
マップ公開2012年6月21日-
更新2014年4月2日-
現状2014年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 127.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 127.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 336.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a subtomogram average of the I1 inner dynein complex in wild type Chlamydomonas flagella
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 127.5 / ムービー #1: 127.5
最小 - 最大109.595199579999999 - 148.880630489999987
平均 (標準偏差)124.201629639999993 (±5.68234873)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-53-21-64
サイズ405540
Spacing554040
セルA: 380.0 Å / B: 522.5 Å / C: 380.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.59.59.5
M x/y/z405540
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.000522.500380.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-21-53-64
NC/NR/NS554040
D min/max/mean109.595148.881124.202

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal...

全体名称: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet ...名称: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet microtubule and is connected to neighboring structures.
要素
  • 試料: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet microtubule and is connected to neighboring structures.
  • 細胞器官・細胞要素: I1 dynein complex

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超分子 #1000: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal...

超分子名称: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet ...名称: Cryo-electron tomography and subtomographic average (750 axonemal repeats) of isolated axonemes of wild type Chlamydomonas (CC 125, 137c), I1 dynein complex (dynein f) is bound to the doublet microtubule and is connected to neighboring structures.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: I1 dynein complex

超分子名称: I1 dynein complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: dynein f / コピー数: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
: CC-125, 137c / 別称: unicellular green algae / 細胞: Chlamydomonas reinhardtii / Organelle: eukaryotic flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10 mM HEPES, pH 7.4, 25 mM NaCl, 4 mM MgSO4, 1 mM EGTA, 0.1 mM EDTA
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grids Cu 200 mesh R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: front-side blotting for 2-3 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 13500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN postcolumn filter GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
温度平均: 80 K
日付2004年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
平均電子線量: 100 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: Final maps were calculated by averaging 750 particles from 5 tomograms
詳細750 axonemal repeats (96 nm long) from 5 tomograms (reconstructed using fiducial alignment and weighted backprojection, IMOD software, Kremer et al. 1996) were aligned and averaged using the PEET software (bio3d.colorado.edu, Nicastro et al. 2006). Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 80. Average tomographic tilt angle increment: 1.5.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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