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- EMDB-5136: HIV-1(ヒト免疫不全ウイルス1型) CA A92E(キャプシド集合体) -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 5136
タイトルCryoEM Structure of Tubular Assembly of HIV-1 CA and Evidence for a Novel Interface
試料HIV-1 CA A92E
由来Human immunodeficiency virus / ウイルス
マップデータThis is a map of tubular assembly of HIV-1 CA
手法らせん対称再構成法, 16Å分解能
データ登録者Byeon IL / Meng X / Jung J / Zhao G / Ahn J / Concel J / Aiken C / Gronenborn AM / Zhang P
引用Cell, 2009, 139, 780-790

Cell, 2009, 139, 780-790 StrPapers
Structural convergence between Cryo-EM and NMR reveals intersubunit interactions critical for HIV-1 capsid function.
In-Ja L Byeon / Xin Meng / Jinwon Jung / Gongpu Zhao / Ruifeng Yang / Jinwoo Ahn / Jiong Shi / Jason Concel / Christopher Aiken / Peijun Zhang / Angela M Gronenborn

日付登録: 2009年10月20日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2009年11月9日 / マップ公開: 2010年5月5日 / 最新の更新: 2011年9月27日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_5136.map.gz (map file in CCP4 format, 27001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
120 pix
2.15 Å/pix.
= 258. Å
240 pix
2.15 Å/pix.
= 516. Å
240 pix
2.15 Å/pix.
= 516. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.15 Å
密度
表面のレベル:0.01 (by emdb), 0.0055 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.0263844 - 0.0278307
平均 (標準偏差)0.00019507 (0.00626063)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions240240120
Origin000
Limit239239119
Spacing240240120
セルA: 516 Å / B: 516 Å / C: 258 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.152.152.15
M x/y/z240240120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z516.000516.000258.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240120
D min/max/mean-0.0260.0280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 HIV-1 CA A92E

全体名称: HIV-1 CA A92E / 詳細: component name, HIV-1 CA protein / 構成要素数: 6

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構成要素 #1: タンパク質, HIV-1 CA protein

タンパク質名称: HIV-1 CA protein / 別称: hexamer / 組換発現: Yes
由来生物種: Human immunodeficiency virus / ウイルス

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実験情報

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試料調製

試料の状態線維
らせんパラメータ掌性(手系): RIGHT HANDED
急速凍結装置: NONE / 凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダホルダ: liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder / モデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

解析手法: らせん対称再構成法
3次元再構成分解能: 16 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: Chimera / 精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 3DIK

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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