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万見
- EMDB-5136: CryoEM Structure of Tubular Assembly of HIV-1 CA and Evidence for... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5136
タイトルCryoEM Structure of Tubular Assembly of HIV-1 CA and Evidence for a Novel Interface
マップデータThis is a map of tubular assembly of HIV-1 CA
試料
  • 試料: HIV-1 CA A92E
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CA protein
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Byeon IL / Meng X / Jung J / Zhao G / Ahn J / Concel J / Aiken C / Gronenborn AM / Zhang P
引用ジャーナル: Cell / 年: 2009
タイトル: Structural convergence between Cryo-EM and NMR reveals intersubunit interactions critical for HIV-1 capsid function.
著者: In-Ja L Byeon / Xin Meng / Jinwon Jung / Gongpu Zhao / Ruifeng Yang / Jinwoo Ahn / Jiong Shi / Jason Concel / Christopher Aiken / Peijun Zhang / Angela M Gronenborn /
要旨: Mature HIV-1 particles contain conical-shaped capsids that enclose the viral RNA genome and perform essential functions in the virus life cycle. Previous structural analysis of two- and three- ...Mature HIV-1 particles contain conical-shaped capsids that enclose the viral RNA genome and perform essential functions in the virus life cycle. Previous structural analysis of two- and three-dimensional arrays of the capsid protein (CA) hexamer revealed three interfaces. Here, we present a cryoEM study of a tubular assembly of CA and a high-resolution NMR structure of the CA C-terminal domain (CTD) dimer. In the solution dimer structure, the monomers exhibit different relative orientations compared to previous X-ray structures. The solution structure fits well into the EM density map, suggesting that the dimer interface is retained in the assembled CA. We also identified a CTD-CTD interface at the local three-fold axis in the cryoEM map and confirmed its functional importance by mutagenesis. In the tubular assembly, CA intermolecular interfaces vary slightly, accommodating the asymmetry present in tubes. This provides the necessary plasticity to allow for controlled virus capsid dis/assembly.
履歴
登録2009年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年11月9日-
マップ公開2010年5月5日-
更新2011年9月27日-
現状2011年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5136_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of tubular assembly of HIV-1 CA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.15 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.01 / ムービー #1: 0.0055
最小 - 最大-0.0263844 - 0.0278307
平均 (標準偏差)0.00019507 (±0.00626063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240120
Spacing240240120
セルA: 516 Å / B: 516 Å / C: 258 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.152.152.15
M x/y/z240240120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z516.000516.000258.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240120
D min/max/mean-0.0260.0280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 CA A92E

全体名称: HIV-1 CA A92E
要素
  • 試料: HIV-1 CA A92E
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CA protein

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超分子 #1000: HIV-1 CA A92E

超分子名称: HIV-1 CA A92E / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: component name, HIV-1 CA protein / Number unique components: 6

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分子 #1: HIV-1 CA protein

分子名称: HIV-1 CA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hexamer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: Human immunodeficiency virus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dik

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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