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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5013 | |||||||||
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タイトル | A 3D EM map of the subcomplex Orc1-5 of the yeast origin recognition complex (ORC). | |||||||||
マップデータ | This is a 3D negatively stained EM map of a subcomplex (Orc1-5) of the yeast origin recognition complex (ORC - Orc1-6). This subcomplex does not contain the smallest subunit Orc6 of ORC. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Negative stain electron microscopy / single particle image reconstruction / yeast replication initiation / origin recognition complex (複製起点認識複合体) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen Z / Speck C / Wendel P / Tang C / Stillman B / Li H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008 タイトル: The architecture of the DNA replication origin recognition complex in Saccharomyces cerevisiae. 著者: Zhiqiang Chen / Christian Speck / Patricia Wendel / Chunyan Tang / Bruce Stillman / Huilin Li / 要旨: The origin recognition complex (ORC) is conserved in all eukaryotes. The six proteins of the Saccharomyces cerevisiae ORC that form a stable complex bind to origins of DNA replication and recruit ...The origin recognition complex (ORC) is conserved in all eukaryotes. The six proteins of the Saccharomyces cerevisiae ORC that form a stable complex bind to origins of DNA replication and recruit prereplicative complex (pre-RC) proteins, one of which is Cdc6. To further understand the function of ORC we recently determined by single-particle reconstruction of electron micrographs a low-resolution, 3D structure of S. cerevisiae ORC and the ORC-Cdc6 complex. In this article, the spatial arrangement of the ORC subunits within the ORC structure is described. In one approach, a maltose binding protein (MBP) was systematically fused to the N or the C termini of the five largest ORC subunits, one subunit at a time, generating 10 MBP-fused ORCs, and the MBP density was localized in the averaged, 2D EM images of the MBP-fused ORC particles. Determining the Orc1-5 structure and comparing it with the native ORC structure localized the Orc6 subunit near Orc2 and Orc3. Finally, subunit-subunit interactions were determined by immunoprecipitation of ORC subunits synthesized in vitro. Based on the derived ORC architecture and existing structures of archaeal Orc1-DNA structures, we propose a model for ORC and suggest how ORC interacts with origin DNA and Cdc6. The studies provide a basis for understanding the overall structure of the pre-RC. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5013.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5013-v30.xml emd-5013.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5013_1.gif | 25.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a 3D negatively stained EM map of a subcomplex (Orc1-5) of the yeast origin recognition complex (ORC - Orc1-6). This subcomplex does not contain the smallest subunit Orc6 of ORC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast ORC subcomplex Orc1-5.
全体 | 名称: Yeast ORC subcomplex Orc1-5. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast ORC subcomplex Orc1-5.
超分子 | 名称: Yeast ORC subcomplex Orc1-5. / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was purified by gel filtration and was indeed monodisperse. 集合状態: One heteropentamer (Orc1-Orc2-Orc3-Orc4-Orc5) / Number unique components: 5 |
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分子量 | 理論値: 362 KDa |
-分子 #1: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p
分子 | 名称: Chromosomal replication origin recognition protein Orc1p タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Orc1p / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa |
組換発現 | 生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC1 |
-分子 #2: Orc2
分子 | 名称: Orc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Orc2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: S. cerevisiae / 細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 71 KDa / 理論値: 71 KDa |
組換発現 | 生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC2 |
-分子 #3: Orc3
分子 | 名称: Orc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Orc3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 62 KDa / 理論値: 62 KDa |
組換発現 | 生物種: Sf9 insect cells / 組換プラスミド: bvORC3 |
-分子 #4: Orc4
分子 | 名称: Orc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Orc4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa |
組換発現 | 生物種: bvORC4 / 組換プラスミド: SF9 insect cells |
-分子 #5: Orc5
分子 | 名称: Orc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Orc5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: S. cerevisiae / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 53 KDa / 理論値: 53 KDa |
組換発現 | 生物種: bvORC5 / 組換プラスミド: SF9 insect cells |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 50 mM Hepes-KOH pH 7.6, 100 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, and 1mM ATP-gamma-S |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: A 6.0 micro liter drop of sample solution was applied to a glow-discharged 300-mesh copper grid covered with a thin layer of carbon film, and after a brief incubation of 30 - 60 s, the excess ...詳細: A 6.0 micro liter drop of sample solution was applied to a glow-discharged 300-mesh copper grid covered with a thin layer of carbon film, and after a brief incubation of 30 - 60 s, the excess sample solution was blotted with a small piece of filter paper. The grid was then stained in a deep stain procedure by three consecutive 5 micro liter drops of 2.0% uranyl acetate aqueous solution. Each drop was left on grid for 15 - 20 s at room temperature before blotting. After blotting the last stain drop, the grid was quickly dried by a stream of argon to prevent crystallization of the stain salt. |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid covered with continuous carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 2 |
日付 | 2005年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.3 / ビット/ピクセル: 14 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 2次元分類 | クラス数: 100 |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER / 使用した粒子像数: 8935 |