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- EMDB-4750: CryoEM structure and molecular model of squid hemocyanin (Todarod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4750
タイトルCryoEM structure and molecular model of squid hemocyanin (Todarodes pacificus , TpH)
マップデータCryoEM map of Todarodes pacificus hemocyanin (TpH)
試料
  • 複合体: Squid Hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Hemocyanin subunit 1ヘモシアニン
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemocyanin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Todarodes pacificus (イカ) / Japanese flying squid (イカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Tanaka Y / Kato S / Stabrin M / Raunser S / Matsui T / Gatsogiannis C
資金援助 ドイツ, 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Japan Society for the Promotion of Science26291008;24000011;15KK0248;16H00748;17K07942 日本
German Research FoundationFOR1905 ドイツ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM reveals the asymmetric assembly of squid hemocyanin.
著者: Yoshikazu Tanaka / Sanae Kato / Markus Stabrin / Stefan Raunser / Takashi Matsui / Christos Gatsogiannis /
要旨: The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. ...The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. Typically, the first six domains of each subunit assemble together to form the cylinder wall, while the C-terminal domains form a collar that fills or caps the cylinder. During evolution, various molluscs have been able to fine-tune their oxygen binding by deleting or adding C-terminal domains and adjusting their inner-collar architecture. However, squids have duplicated one of the wall domains of their subunits instead. Here, using cryo-EM and an optimized refinement protocol implemented in , this work tackled the symmetry-mismatched structure of squid hemocyanin, revealing the precise effect of this duplication on its quaternary structure and providing a potential model for its structural evolution.
履歴
登録2019年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月8日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r83
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of Todarodes pacificus hemocyanin (TpH)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.020640383 - 0.06369496
平均 (標準偏差)0.000850192 (±0.0041214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 513.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z513.000513.000513.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0210.0640.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Squid Hemocyanin

全体名称: Squid Hemocyanin
要素
  • 複合体: Squid Hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Hemocyanin subunit 1ヘモシアニン

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超分子 #1: Squid Hemocyanin

超分子名称: Squid Hemocyanin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: TpH is a decamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units (A,B,C,D,D*,E,F,G). The ten subunits of TpH acquire 4 different overall conformations.
由来(天然)生物種: Todarodes pacificus (イカ)
分子量理論値: 3.8 MDa

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分子 #1: Hemocyanin subunit 1

分子名称: Hemocyanin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Japanese flying squid (イカ)
分子量理論値: 379.741188 KDa
配列文字列: NLLRKNVDTL TPDEILNLQV SLRAMQDDEG ASGYQAISAY HGEPADCKAA DGSTIVCCLH GMPTFPMWHR LYLVQFEQAL VAHGSTLGI PYWDWTKPMT QLPELVQHPL FIDPTGKKAK KNVFYSGEIK FENKVTARAV DARLYQASQE GQKNFLLEGV L NALEQEDF ...文字列:
NLLRKNVDTL TPDEILNLQV SLRAMQDDEG ASGYQAISAY HGEPADCKAA DGSTIVCCLH GMPTFPMWHR LYLVQFEQAL VAHGSTLGI PYWDWTKPMT QLPELVQHPL FIDPTGKKAK KNVFYSGEIK FENKVTARAV DARLYQASQE GQKNFLLEGV L NALEQEDF CHFEVQLEVA HNPIHYLVGG RFTHSMSSLE YTSYDPLFFL HHSNVERHFA LWQALQKHRG LPTRPNCGLN LF HSPMEPF GRDTNPFAIT KDNSKASSLF DYEHLGYAFD DLSLNGMTIE ELEALLKQRR SGARAFANFR LGGIKTSANV RIK LCIPTE DKRQSDNCDN DAGQFFILGG TNEMPWNFAF PYLHEITDTV LSLGLALDSN YYVTAEVTAI NGTLMPTQTI PRPI VTYIP PQGFKDVNMV NMDTSSLRFR KDISSLTTEE EYELRVAMER FMSDKSINGY QALAEFHGLP AKCPRPDALN RVACC IHGM ATFPHWHRLV VMQFENALFT RGSPIGVPYW DWTKPFTALP SLLADETYVD PYTKETKPNP FFKAPIEFLK AGVHTS RQI DERLFKQPSK GDHGFLYDGL SLAFEQDDFC DFEVQFEVTH NSIHAWTGGS EPYSMSSLHY TSFDPMFWLH HSQVDRL WA IWQALQIQRG KPYKTYCANS EVYRPMKPFA FKSPLNNDEK TREHSVPTDV YDYQAELAYT YDTLFFGGLS IRELQRYV E EAKSKDRVFA GFLLMGIQTS ANVDLFVVAG GNEFFVGSIA VLGGSKEMTW RFDRVYKHEI TDALGALGVD MFAEYTLRV DIKDVNGTAL PPTAIPPPIV IFVPGIADAN VKFDEQHRSR KNVDSMTVSE MNALRTAMAA FAADKEVTGY QQVAAFHGST QWCPSPDAA QKYACCHHGM ATFPHWHRLI ALNFENGLRR NGWSGGLPYW DWTRPIDALP ALVLEAEYTD ANGEAKPNPF F SGAIDSIG ASTSRAPTEA LYEKPDFGKY THLANEIISA LEQEDFCDFE VQYEIAHNHI HALVGGTEAV SMASLEYSAF DP IFMLHHS NVDRIWATWQ ALQKFRGKAY NSANCAIEIL RKPMSPFSLA SDINPDAMTR EYSVPFDVFN YKKNFHYEYD TLE LNGLSI (UNK)QLSREINRR KAKNRV(UNK)VTF MLEGLKKSLL VEYFIAADGT DQKMKAGEFY VLGSENEMPW KFDRPY KSD ITYVMDAMKL HYTDKYHVEL RITDMTGAEV TDLKLVTSVI YEPGIGNFGE GRRWISPITS ASRIRKNLLD FEDGEME SL RNAFKQMADE GRYEEIASFH GVPAQCPSED GTMVHTCCLH GMPVFPHWHR LYVSLVEDEL LARGSGVAVP YWDWVEPF D ELPRLINEAT FYNSRTLQIE PNPFFKGKIS FENAETDRDT QPELFGNRYL YDHTLFVFEQ TDFCEFEVHY EVLHNTIHS WLGGRDVHSM SSLDYAAYDP VFFLHHSNVD RLWAIWQELQ RYRKLSYNEA NCALPLMNQP MRPFSNSTAN NDRLTFTNSR PNDVFDYQN VLHYKYDTLN FAGLSIPQLE RILQKNQGRD RIFAGFLLHG IKASADVRIY ICVPTGIGEE NCGNYAGIFS V LGGETEMP WQFDRLFRYE ITDELKKLGL NQNSHFRVEM ELTAVNGSKI TQKIFPNPTI IFVPSDVEFE EDTWRDVVTS AN RIRRNLK DLSKEDMFSL RAAFKRMTDD GRYEEIAAFH GLPAQCPNAD GSNIHTCCLH GMPTFPHWHR LYLSLVENEL LAR GSDVAV PYWDWIEPFD SLPGLISDET YKHPKTNEDI ENPFHHGKIS FADAVTVRKP RDQLFNNRYL YEHALFAFEH TDFC DFEVH FEVLHNSIHS WIGGPNPHSM SSLDFAAYDP IFFLHHSTVD RLWAIWQDLQ RYRKLDYNVA NCALNLLNDP MRPFN NKTA NQDHLTFTNS RPNDVFDYQN SLNYKFDSLS FSGLSIPRLD DLLESRQSHD RVFAGFWLSG IKASADVNIH ICVPIG VEH EDCDNYAGTF AVLGGETEMP WAFDRLFRYE ISDEMKKLQL TEDSKFRLTT NIIASNGSKV SNDIFPTPTV IFVPKKE RT EQVSTTKSVR GNLVRKNVDR LSLQEINSLI HALKRMQKDR SSDGFETIAS FHALPPLCPN PTAKHRHACC LHGMATFP Q WHRLYVVQFE HSLNRHGAIV GVPYWDWTYP MTEVPGLLTS EKYTDPFTGI ETFNPFNHGH ISFISPETMT TREVSEHLF EQPALGKQTW LFNNIILALE QTDYCDFEVQ FEIVHNSIHS WLGGKELYSL NHLHYAAYDP AFFLHHSNVD RLWVVWQELQ KFRGLPAYE SNCAIELMSQ PLKPFSFGAP YNLNPVTTKY SKPSDVFNYK QNFHYEYDML EMNGMSIAQL ESYIRQERQK D RVFAGFLL EGFGSSAYAT FQVCPDVGDC YEGSHFSVLG GSTEMPWAFD RLYKMEITDI LQAMDLKFDS HFTIKTKIVA HN GTELPES LLPEATIVRI PPSAQNLEVA IPLNRIRRNI NSLESRDVQN LMSALKRLKE DESDFGFQTI AGYHGSLMCP TPE APEYAC CLHGMPTFMH WHRVYLLHFE ESMRRHGASV AVPYWDWTMP SDNLPSLLGD ADYYDAWTDS VIENPFLRGH IKYE DTYTV REIQPELFAL AEGQKESTLF KDVMLMFEQE DYCDFEVQAE VIHNSIHYLI GGHQKYAMSS LMFSSFDPIF YVHHS MVDR LWAIWQELQK HRKLPHDKAY CALDQMAFPM KPFIWESNPN PTTRAVSTPS KLFDYKSLGY DYDHLNFHGM SIGQLE ALI QKQKKADRVF AGFLLHGIKI SADVHLKICI EADCQEAGVI FVLGGETEMP WHFDRNYKMD ITDVLKKRNI PPEALFE HD SKIRLEVEIK SVDGAVLDPN SLPKPSLIYA PAKGLIIQQV GEYDAGSMVR KNVNSLTPSE IENLRNALAA VQADKTDA G YQKIASFHGM PLSCQYPDGT AFACCQHGMV TFPHWHRLYM KQMEDALKAK GAKIGIPYWD WTTAFHSLPI LVTEPKNNP FHHGYIDVAD TKTTRDPRPQ LFDDPEQGDQ SFFYRQIAFA LEQRDFCDFE IQFEMGHNAI HSWVGGPSPY GMSTLHYTSY DPLFYVHHS NTDRIWAIWQ ALQKYRGLPY NSANCEINKL KKPMMPFSSE DNPNEVTKAH STGYKSFDYQ QLNYEYDNLN F HGMTIPQL EVHLKKIQEK DRVFAGFLLR AIGQSADVNF DVCRKDGECT FGGTFCVLGG DYEMPWAFDR LFLYDISKSL VH LRLDAHD DFDIKVTIMG IDGKSLPPNL LPSPTILFKP GTGKI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
100.0 mMHEPES
200.0 mMcalcium chlorideCaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.0 mm
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope equipped with Cs corrector
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-24 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5092 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 359250
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.0)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was computed from 2D class averages using VIPER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 196315

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6r83:
CryoEM structure and molecular model of squid hemocyanin (Todarodes pacificus , TpH)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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