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- EMDB-4666: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrime... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4666
タイトルInfluenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
マップデータNone
試料
  • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
    • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
      • タンパク質・ペプチド: Nb8205
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*G)-3')
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Carrique L / Keown JR / Fan H / Fodor E / Grimes JM
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009945/1 英国
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication.
著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs.
履歴
登録2019年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月20日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qxe
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.10696513 - 0.1777088
平均 (標準偏差)0.00005494401 (±0.004839128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.000270.000270.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-39-149-104
NX/NY/NZ201201211
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.1070.1780.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrime...

全体名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
要素
  • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
    • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
      • タンパク質・ペプチド: Nb8205
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

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超分子 #1: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrime...

超分子名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
分子量理論値: 250 KDa

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超分子 #2: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrime...

超分子名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrime...

超分子名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Nb8205

分子名称: Nb8205 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
分子量理論値: 14.835375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
QVQLQESGGG MVQPGGSLRL SCLASGFTFS NYAMTWVRQA PGKGPEWVSM VSNNGADTTY TDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LRMNNVKPE DSAVYYCAKR RYGGIWTGQP TDYDYLGQGT VTVSSHHHHH HEPEA

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分子 #2: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
分子量理論値: 83.100797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列:
MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMANRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSCLEN FRAYVDGFEP NG YIEGKLS QMSKEVNAKI EPFLKTTPRP IRLPDGPPCF QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP YIVKPH EKGINPNYLL SWKQVLAELQ DIENEEKIPR TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDNCRD VSDLKQYDSD EPEL RSLSS WIQNEFNKAC ELTDSTWIEL DEIGEDVAPI EYIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQMSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEDGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLVVQAL RDNLEPGTFD LEGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR

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分子 #3: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
分子量理論値: 86.524086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRVNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT KNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNESTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK

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分子 #4: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2))
分子量理論値: 86.163391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRAAVSADPL ASLLEMCHST QIGGTRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SIKREEELLT GNLQTLKIRV HDGYEEFTMV GKRATAILRK ATRRLVQLIV SGRDEQSVAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEHID NVMGMIGVLP DMTPSTEMSM RGIRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAIRGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTT QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPAFNYNKTT KRLTILGKDA GTLIEDPDEG TSGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAIN

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分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.901097 KDa
配列文字列:
(P)AGCAAAAGC AGGCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム

詳細: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2456 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 406945 / 詳細: template picking in cryosparc v2.5
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model was generated by cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 詳細: RELION 3
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 27861
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

chain_id: A

chain_id: B

chain_id: C

chain_id: D

chain_id: M

chain_id: O
詳細Rigid body fit only
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 95
得られたモデル

PDB-6qxe:
Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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