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- EMDB-4301: Structure of the nuclear RNA exosome -

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データベース: EMDB / ID: 4301
タイトルStructure of the nuclear RNA exosome
マップデータStructure of the nuclear RNA exosome
試料Nuclear RNA exosome
  • nucleic acid核酸
  • nucleic-acid核酸
  • (Exosome complex component ...エキソソーム複合体) x 9
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 2
  • Exosome complex protein LRP1エキソソーム複合体
  • ATP-dependent RNA helicase DOB1
  • M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog
機能・相同性PIN domain / HRDC-like superfamily / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Nucleic acid-binding, OB-fold / Ribonuclease H-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / Prismane-like superfamily / Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / Sas10/Utp3/C1D ...PIN domain / HRDC-like superfamily / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Nucleic acid-binding, OB-fold / Ribonuclease H-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / Prismane-like superfamily / Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / Sas10/Utp3/C1D / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / K Homology domain, type 1 / S1 domain / 3'-5' exonuclease domain / HRDC domain / Ribonuclease II/R / Helicase, C-terminal / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / Helicase conserved C-terminal domain / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / RNB domain / PIN-like domain superfamily / Exosome complex component Csl4 / Rrp40, S1 domain / K Homology domain, type 1 superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / Rrp44-like cold shock domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / Exosome complex component Rrp43 / Exosome complex component RRP45 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / M-phase phosphoprotein 6 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Exosome complex component, N-terminal domain / rRNA-processing arch domain / RNA-binding domain, S1 / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Exosome complex component CSL4, C-terminal / HRDC domain / DEAD/DEAH box helicase / 3' exoribonuclease family, domain 2 / S1 domain / 3'-5' exonuclease / 3' exoribonuclease family, domain 1 / DSHCT (NUC185) domain / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / rRNA-processing arch domain / PIN domain / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / KH domain / Sas10/Utp3/C1D family / PMC2NT (NUC016) domain / Rrp44-like cold shock domain / S1 domain profile. / HRDC domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Ribonuclease II family signature. / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of exoribonuclease activity / ncRNA polyadenylation / ncRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear retention of pre-mRNA with aberrant 3'-ends at the site of transcription / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5' / U1 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear retention of pre-mRNA at the site of transcription / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent tRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / nuclear exosome (RNase complex) / exosome (RNase complex) / histone mRNA catabolic process / polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / Hydrolases, Acting on ester bonds, Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / posttranscriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA / rRNA metabolic process / ATP-dependent 3'-5' RNA helicase activity / rRNA catabolic process
機能・相同性情報
由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.6Å分解能
データ登録者Schuller JM / Falk S / Conti E
引用ジャーナル: Science / : 2018
タイトル: Structure of the nuclear exosome captured on a maturing preribosome.
著者: Jan Michael Schuller / Sebastian Falk / Lisa Fromm / Ed Hurt / Elena Conti
要旨: The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex ...The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex captured on a precursor large ribosomal subunit (pre-60) during 7-to-5.8 rRNA processing. The cofactors of the nuclear exosome are sandwiched between the ribonuclease core complex (Exo-10) and the remodeled "foot" structure of the pre-60 particle, which harbors the 5.8 rRNA precursor. The exosome-associated helicase Mtr4 recognizes the preribosomal substrate by docking to specific sites on the 25 rRNA, captures the 3' extension of the 5.8 rRNA, and channels it toward Exo-10. The structure elucidates how the exosome forms a structural and functional unit together with its massive pre-60 substrate to process rRNA during ribosome maturation.
構造検証レポートPDB-ID: 6fsz

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年2月20日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年3月14日 / マップ公開: 2018年3月21日 / 最新の更新: 2018年4月25日

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.035
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_4301.map.gz (map file in CCP4 format, 340737 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
440 pix
1.35 Å/pix.
= 594. Å
440 pix
1.35 Å/pix.
= 594. Å
440 pix
1.35 Å/pix.
= 594. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面のレベル:0.035 (by author), 0.035 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.047356263 - 0.11682776
平均 (標準偏差)0.00011799472 (0.00213669)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions440440440
Origin0.00.00.0
Limit439.0439.0439.0
Spacing440440440
セルA=B=C: 594.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z594.000594.000594.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0470.1170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Nuclear RNA exosome

全体名称: Nuclear RNA exosome / 構成要素数: 18

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構成要素 #1: タンパク質, Nuclear RNA exosome

タンパク質名称: Nuclear RNA exosome / 組換発現: No

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構成要素 #2: タンパク質, Nuclear RNA exosome

タンパク質名称: Nuclear RNA exosome / 組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, nucleic acid

タンパク質名称: nucleic acid核酸 / 組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #4: 核酸, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U...

核酸名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
AAAAUUUAAA UUUUUUUUUU UUU
分子量理論値: 7.158137 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #5: タンパク質, Exosome complex component RRP45

タンパク質名称: Exosome complex component RRP45エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.79959 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, Exosome complex component SKI6

タンパク質名称: Exosome complex component SKI6エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.794926 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, Exosome complex component RRP43

タンパク質名称: Exosome complex component RRP43エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.977805 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #8: タンパク質, Exosome complex component RRP46

タンパク質名称: Exosome complex component RRP46エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.913988 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #9: タンパク質, Exosome complex component RRP42

タンパク質名称: Exosome complex component RRP42エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.294398 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, Exosome complex component MTR3

タンパク質名称: Exosome complex component MTR3エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.559869 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #11: タンパク質, Exosome complex component RRP40

タンパク質名称: Exosome complex component RRP40エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.778551 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #12: タンパク質, Exosome complex component RRP4

タンパク質名称: Exosome complex component RRP4エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 39.714445 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #13: タンパク質, Exosome complex component CSL4

タンパク質名称: Exosome complex component CSL4エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 32.805645 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #14: タンパク質, Exosome complex exonuclease DIS3

タンパク質名称: Exosome complex exonuclease DIS3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 113.983898 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #15: タンパク質, Exosome complex exonuclease RRP6

タンパク質名称: Exosome complex exonuclease RRP6 / 詳細: Inactive point mutant D296N / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 84.159586 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #16: タンパク質, Exosome complex protein LRP1

タンパク質名称: Exosome complex protein LRP1エキソソーム複合体
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.086297 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #17: タンパク質, ATP-dependent RNA helicase DOB1

タンパク質名称: ATP-dependent RNA helicase DOB1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 122.260094 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #18: タンパク質, M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 ...

タンパク質名称: M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog
詳細: Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 4.101711 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 38.4 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 22439
3次元再構成分解能: 4.6 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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