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万見
- PDB-3kk5: Crystal structure of PBCV-1 VP54 fitted into a cryo-EM reconstruc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kk5
タイトルCrystal structure of PBCV-1 VP54 fitted into a cryo-EM reconstruction of the virophage Sputnik
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / double jellyroll / Capsid protein (カプシド) / Late protein / Virion (ウイルス) / Icosahedral virus
機能・相同性Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.6 Å
データ登録者Sun, S. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Structural studies of the Sputnik virophage.
著者: Siyang Sun / Bernard La Scola / Valorie D Bowman / Christopher M Ryan / Julian P Whitelegge / Didier Raoult / Michael G Rossmann /
要旨: The virophage Sputnik is a satellite virus of the giant mimivirus and is the only satellite virus reported to date whose propagation adversely affects its host virus' production. Genome sequence ...The virophage Sputnik is a satellite virus of the giant mimivirus and is the only satellite virus reported to date whose propagation adversely affects its host virus' production. Genome sequence analysis showed that Sputnik has genes related to viruses infecting all three domains of life. Here, we report structural studies of Sputnik, which show that it is about 740 A in diameter, has a T=27 icosahedral capsid, and has a lipid membrane inside the protein shell. Structural analyses suggest that the major capsid protein of Sputnik is likely to have a double jelly-roll fold, although sequence alignments do not show any detectable similarity with other viral double jelly-roll capsid proteins. Hence, the origin of Sputnik's capsid might have been derived from other viruses prior to its association with mimivirus.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Data processing / Structure summary
カテゴリ: audit_author / em_image_scans / em_software / Item: _audit_author.name / _em_software.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1662
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)626,59513
ポリマ－626,59513
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,595,708780
ポリマ－37,595,708780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.13 MDa, 65 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,132,97665
ポリマ－3,132,97665
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.76 MDa, 78 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,759,57178
ポリマ－3,759,57178
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP / VP54 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 48199.625 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ)
参照: UniProt: P30328

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: major capsid protein of sputnik
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: PROTOZOA / 単離: SPECIES / タイプ: SATELLITE
天然宿主生物種: Acanthamoeba polyphaga
緩衝液名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: flash-frozen on holey grids in liquid ethane

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 38000 X / 倍率（補正後）: 39190 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3582 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 767 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 70 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMfitモデルフィッティング
2EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: CTF parameters were calculated for particles in each micrograph.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 10.6 Å / 粒子像の数: 6780 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.62 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.62 Å / 詳細: EMAN / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Sumf / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築PDB-ID: 1M3Y

1m3y
PDB 未公開エントリ


Accession code: 1M3Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5369 0 0 0 5369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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