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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23461 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure DrdV-DNA complex | |||||||||
マップデータ | Tetramer II of DrdV-DNA complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | inhibitor (酵素阻害剤) / Complex / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ) / TypeIIL RM system / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / endonuclease activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus wulumuqiensis 479 (バクテリア) / Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen BW / Stoddard BL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Coordination of phage genome degradation versus host genome protection by a bifunctional restriction-modification enzyme visualized by CryoEM. 著者: Betty W Shen / Joel D Quispe / Yvette Luyten / Benjamin E McGough / Richard D Morgan / Barry L Stoddard / 要旨: Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably ...Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably cleave invasive DNA and methylate newly replicated unmodified host sites. One possible solution is to enforce a competition between slow methylation at a single unmodified host target, versus faster cleavage that requires multiple unmodified target sites in foreign DNA to be brought together in a reaction synapse. To examine this model, we have determined the catalytic behavior of a bifunctional type IIL restriction-modification enzyme and determined its structure, via cryoelectron microscopy, at several different stages of assembly and coordination with bound DNA targets. The structures demonstrate a mechanism in which an initial dimer is formed between two DNA-bound enzyme molecules, positioning the endonuclease domain from each enzyme against the other's DNA and requiring further additional DNA-bound enzyme molecules to enable cleavage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23461.map.gz | 258 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23461-v30.xml emd-23461.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23461.png | 77.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23461.cif.gz | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23461 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23461 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tetramer II of DrdV-DNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0275 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DrdV-DNA tetramer II
全体 | 名称: DrdV-DNA tetramer II |
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要素 |
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-超分子 #1: DrdV-DNA tetramer II
超分子 | 名称: DrdV-DNA tetramer II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: DrdV-DNA complex after SEC Biorad 650 fractionation |
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由来(天然) | 生物種: Deinococcus wulumuqiensis 479 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
分子 | 名称: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: Damメチラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 118.256859 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSLQLVKKFQ KRLEDIVAYG GTRNESSVRA AFQQLLSDWA EGSGLRLITE VTQKAVAGNN VRPDGTLKDS LQQSRGYWES KDEADTLDD EIQKKLAKGY PRDNIIFEDS RLAVLMQNGE EVQRVDMGDA GALAGLLKLF FEFEPPQVLE FRKAVDHFKD E MPHLLKIL ...文字列: MSLQLVKKFQ KRLEDIVAYG GTRNESSVRA AFQQLLSDWA EGSGLRLITE VTQKAVAGNN VRPDGTLKDS LQQSRGYWES KDEADTLDD EIQKKLAKGY PRDNIIFEDS RLAVLMQNGE EVQRVDMGDA GALAGLLKLF FEFEPPQVLE FRKAVDHFKD E MPHLLKIL REAADAAEQK ADYRGERDHF VEIAKEAINP DFSPRDAREM LIQHILTGDL FTSVFDNAQY HEDNNIAQQL QQ LAATFYK GPVKRDIAER TKRYYGAIQA AAAQIADHHE KQRFLKALYE NFYRAYNPAG AERLGIFYTP GEIVRFMIEA TDT LLEKHF QKELADKGVE ILDPATGTGT FITELIDFLP KAKLEQKYRE ELHCNELALL PYYIANLNIE ATYAQKMGRY EEFR NIVLV DTLDNTGFGV HGQQSGLFGS VTAENLERAK RQNARPVRVI IGNPPYRANQ ANENDNNKNR EYKEIDRRIK ATYVA ASTA QKTKLYDMYS RFLRWATDRL KEDGIVAFVS NSSFIDSRTF DGFRKEVVKD FDHIYILDMK GNANTSGERR KREGGN VFN DQIKVGVAVY FLVRSAAGKR KSKDTKIWYH AVPDFWRARE KLEWLKTTKF EDIEFDHIRP DAKHNWLGQV DEENDWN EF LPVADKDTKQ AKGLGQERAI FKLYSLGVVT NRDEWVYSRA EDELADKVRY FIGRYNEIIK LPLGDLMSRN WEGDIKMT R ATIADAQSRK SYSLEKNSIV PSLYRPFDVL KMYFSKNLNE MQYQMPSIFP KGVGENVVIA LSGSPAAKPF QVLATDILP SLDLLEKTQC LPFYRYTMNG ERLNNITDYA LKAFQTHYAD TSISREDIFH YVYAVLHHPA YREKYALNLR QEFPRIPFYP EFGRWAAWG RELMALHIGF ESVAPYPLKR TDEPPKNDTP EALALAKKAR LKVQRDAAKQ PTGAVELDGL TTLAGIPAAA W AYKLGNRS ALEWVLERHK ETTPKDATIR EKFNTYRFAD HKERVIDLLA RVTTVSVETV RIVGEMPAET M UniProtKB: Damメチラーゼ |
-分子 #2: DNA (28-MER)
分子 | 名称: DNA (28-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.748646 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) |
-分子 #3: DNA (27-MER)
分子 | 名称: DNA (27-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.085788 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) |
-分子 #4: S-ADENOSYLMETHIONINE
分子 | 名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: SAM |
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分子量 | 理論値: 398.437 Da |
Chemical component information | ChemComp-SAM: |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM TrismaHCl ph 8.0/150 NaCl/2CaCl2 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrector with two hexapod elements 色収差補正装置: CEOS manufactured Cc corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4300 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.0) |
最終 3次元分類 | クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.0) / 使用した粒子像数: 94920 |