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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1698
タイトルThree-dimensional structure of TspO by electron cryo-microscopy of helical crystals.
マップデータThe map contains 120 Angstrom thick slab through the tube reconstruction.
試料
  • 試料: TspO and Escherichia coli polar lipid extract
  • 細胞器官・細胞要素: Lipid extract
  • タンパク質・ペプチド: TspO
キーワードTSPO / PBR / membrane protein (膜タンパク質) / helical crystal
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å
データ登録者Korkhov VM / Sachse C / Short JM / Tate CG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Three-dimensional structure of TspO by electron cryomicroscopy of helical crystals.
著者: Vladimir M Korkhov / Carsten Sachse / Judith M Short / Christopher G Tate /
要旨: The 18 kDa TSPO protein is a polytopic mitochondrial outer membrane protein involved in a wide range of physiological functions and pathologies, including neurodegeneration and cancer. The ...The 18 kDa TSPO protein is a polytopic mitochondrial outer membrane protein involved in a wide range of physiological functions and pathologies, including neurodegeneration and cancer. The pharmacology of TSPO has been extensively studied, but little is known about its biochemistry, oligomeric state, and structure. We have expressed, purified, and characterized a homologous protein, TspO from Rhodobacter sphaeroides, and reconstituted it as helical crystals. Using electron cryomicroscopy and single-particle helical reconstruction, we have determined a three-dimensional structure of TspO at 10 A resolution. The structure suggests that monomeric TspO comprises five transmembrane alpha helices that form a homodimer, which is consistent with the dimeric state observed in detergent solution. Furthermore, the arrangement of transmembrane domains of individual TspO subunits indicates a possibility of two substrate translocation pathways per dimer. The structure provides the first insight into the molecular architecture of TSPO/PBR protein family that will serve as a framework for future studies.
履歴
登録2010年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月24日-
マップ公開2010年6月24日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1698.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map contains 120 Angstrom thick slab through the tube reconstruction.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.75 / ムービー #1: 1.75
最小 - 最大-2.11997 - 3.8827
平均 (標準偏差)0.0000000057552 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-50
サイズ250250100
Spacing250250100
セルA: 300 Å / B: 300 Å / C: 120 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z250250100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000120.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-50
NC/NR/NS250250100
D min/max/mean-2.1203.8830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TspO and Escherichia coli polar lipid extract

全体名称: TspO and Escherichia coli polar lipid extract
要素
  • 試料: TspO and Escherichia coli polar lipid extract
  • 細胞器官・細胞要素: Lipid extract
  • タンパク質・ペプチド: TspO

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超分子 #1000: TspO and Escherichia coli polar lipid extract

超分子名称: TspO and Escherichia coli polar lipid extract / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 2
分子量実験値: 13.5 MDa / 理論値: 13.5 MDa

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超分子 #1: Lipid extract

超分子名称: Lipid extract / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Lipid extract / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: TspO

分子名称: TspO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TspO / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 別称: Rhodobacter sphaeroides / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量実験値: 18 KDa / 理論値: 18 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pUI2701

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 100 mM NaCl, 2 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77.2 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home built / 手法: Back-side blotting
詳細Incubated and dialysed for 3 days with Escherichia coli polar lipid extract

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.163 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2007年5月30日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 36 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Segment-specific CTF
最終 角度割当詳細: 2 degree increments, 0-360 degrees around helical axis, up to 12 degrees out-of-plane tilt
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 9.6 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D12 (2回x12回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Imposition of 12-fold rotational symmetry
詳細2 TspO molecules within dimer are related by an additional 2-fold axis parallel to tube axis.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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