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- EMDB-1680: Macromolecular crystal data phased by negative staining electron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1680
タイトルMacromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions
マップデータMacromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions as a proof of principle
試料
  • 試料: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
  • タンパク質・ペプチド: CaDHQ
キーワードNegative staining / electron microscopy (電子顕微鏡) / reconstructions / phasing (フェイザー (音響機器))
生物種Candida albicans (酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Trapani S / Schoehn G / Navaza J / Abergel C
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / : 2010
タイトル: Macromolecular crystal data phased by negative-stained electron-microscopy reconstructions.
著者: Stefano Trapani / Guy Schoehn / Jorge Navaza / Chantal Abergel /
要旨: The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing ...The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing negative staining, a technique that is of wider applicability than cryo-electron microscopy, to produce models of medium-size proteins suitable for molecular replacement. The technique was used to solve the crystal structure of the dodecameric type II dehydroquinase enzyme from Candida albicans (approximately 190 kDa) and that of the orthologous Streptomyces coelicolor protein.
履歴
登録2010年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月18日-
マップ公開2011年1月28日-
更新2012年8月29日-
現状2012年8月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Macromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions as a proof of principle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 87 pix.
= 121.8 Å
1.4 Å/pix.
x 87 pix.
= 121.8 Å
1.4 Å/pix.
x 87 pix.
= 121.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 165.0 / ムービー #1: 165
最小 - 最大-335.0 - 426.47199999999998
平均 (標準偏差)31.211500000000001 (±113.128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ878787
Spacing878787
セルA=B=C: 121.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z878787
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z121.800121.800121.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS878787
D min/max/mean-335.000426.47231.212

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)

全体名称: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
要素
  • 試料: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
  • タンパク質・ペプチド: CaDHQ

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超分子 #1000: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)

超分子名称: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 KDa

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分子 #1: CaDHQ

分子名称: CaDHQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CaDHQ / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 17 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM NaCl, 10mM Tris-HCL
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Negative staining using 1% methylamine vanadate, CH3NH2VO3
グリッド詳細: 400 mesk copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER / 詳細: Negative staining at room temperature

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
詳細Low dose negative staining
日付2006年12月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 8 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: Each negative
最終 2次元分類クラス数: 114
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: 7200 particles included in the reconstruction (out of 12000). 432 symmetry imposed
使用した粒子像数: 7200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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