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- EMDB-1675: Keap1 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1675
タイトルKeap1 homodimer
マップデータThis is an image of a surface rendered side-view of Keap1
試料
  • 試料: Keap1
  • タンパク質・ペプチド: Keap1
キーワードNrf2 / oxidative stress (酸化ストレス) / single particle analysis (単粒子解析法) / transmission electron microscopy (透過型電子顕微鏡) / three-dimensional reconstruction
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Ogura T / Tong KI / Mio K / Maruyama Y / Kurokawa H / Sato C / Yamamoto M
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2010
タイトル: Keap1 is a forked-stem dimer structure with two large spheres enclosing the intervening, double glycine repeat, and C-terminal domains.
著者: Toshihiko Ogura / Kit I Tong / Kazuhiro Mio / Yuusuke Maruyama / Hirofumi Kurokawa / Chikara Sato / Masayuki Yamamoto /
要旨: Keap1 is a substrate adaptor of a Cullin 3-based E3 ubiquitin ligase complex that recognizes Nrf2, and also acts as a cellular sensor for xenobiotics and oxidative stresses. Nrf2 is a transcriptional ...Keap1 is a substrate adaptor of a Cullin 3-based E3 ubiquitin ligase complex that recognizes Nrf2, and also acts as a cellular sensor for xenobiotics and oxidative stresses. Nrf2 is a transcriptional factor regulating the expression of cytoprotective enzyme genes in response to such stresses. Under unstressed conditions Keap1 binds Nrf2 and results in rapid degradation of Nrf2 through the proteasome pathway. In contrast, upon exposure to oxidative and electrophilic stress, reactive cysteine residues in intervening region (IVR) and Broad complex, Tramtrack, and Bric-à-Brac domains of Keap1 are modified by electrophiles. This modification prevents Nrf2 from rapid degradation and induces Nrf2 activity by repression of Keap1. Here we report the structure of mouse Keap1 homodimer by single particle electron microscopy. Three-dimensional reconstruction at 24-A resolution revealed two large spheres attached by short linker arms to the sides of a small forked-stem structure, resembling a cherry-bob. Each sphere has a tunnel corresponding to the central hole of the beta-propeller domain, as determined by x-ray crystallography. The IVR domain appears to surround the core of the beta-propeller domain. The unexpected proximity of IVR to the beta-propeller domain suggests that any distortions generated during modification of reactive cysteine residues in the IVR domain may send a derepression signal to the beta-propeller domain and thereby stabilize Nrf2. This study thus provides a structural basis for the two-site binding and hinge-latch model of stress sensing by the Nrf2-Keap1 system.
履歴
登録2010年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月26日-
マップ公開2011年4月26日-
更新2011年4月26日-
現状2011年4月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1675.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered side-view of Keap1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.92 Å/pix.
x 100 pix.
= 192. Å
1.92 Å/pix.
x 100 pix.
= 192. Å
1.92 Å/pix.
x 100 pix.
= 192. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.92 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 215.0 / ムービー #1: 215
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)114.131 (±32.410400000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 192 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.921.921.92
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z192.000192.000192.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.000255.000114.131

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Keap1

全体名称: Keap1
要素
  • 試料: Keap1
  • タンパク質・ペプチド: Keap1

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超分子 #1000: Keap1

超分子名称: Keap1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: One homodimer of Keap1 / Number unique components: 1
分子量実験値: 155 KDa / 理論値: 141 KDa

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分子 #1: Keap1

分子名称: Keap1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Keap1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 155 KDa / 理論値: 141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 100CX
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: Top entry / 試料ホルダーモデル: JEOL
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 92 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPINNS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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