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- EMDB-1662: ヴィロファージ(ウイルス寄生性ウイルス)スプートニクの構造解析 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 1662
タイトルStructural Studies of the Sputnik Virophage
マップデータThis is a map of an icosahedral reconstruction of Sputnik low pass filtered to 10A and sharpened with a structure factor file.
試料Sputnik:
virusウイルス
キーワードVirophage (ヴィロファージ) / Mimivirus (ミミウイルス) / PRD1-adenovirus lineage
機能・相同性Major capsid protein, C-terminal / Hexon coat protein, subdomain 4 / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Major capsid protein N-terminus / カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
由来Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 10.6Å分解能
データ登録者Sun S / Scola BL / Bowman VD / Ryan CM / Whitelegge JP / Raoult D / Rossmann MG
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2010
タイトル: Structural studies of the Sputnik virophage.
著者: Siyang Sun / Bernard La Scola / Valorie D Bowman / Christopher M Ryan / Julian P Whitelegge / Didier Raoult / Michael G Rossmann
構造検証レポートPDB-ID: 3kk5

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2009年11月4日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2010年1月8日 / マップ公開: 2010年1月8日 / 最新の更新: 2014年4月16日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
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  • 原子モデル: : PDB-3kk5
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3kk5
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-3kk5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_1662.map.gz (map file in CCP4 format, 1024001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
640 pix
1.62 Å/pix.
= 1036.8 Å
640 pix
1.62 Å/pix.
= 1036.8 Å
640 pix
1.62 Å/pix.
= 1036.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面のレベル:2.0 (by author), 1 (ムービー #1)
最小 - 最大-5.2826 - 8.17328
平均 (標準偏差)0.0357989 (0.992055)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions640640640
Origin-320-320-320
Limit319319319
Spacing640640640
セルA=B=C: 1036.8 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z640640640
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1036.8001036.8001036.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-147
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-320-320-320
NC/NR/NS640640640
D min/max/mean-5.2838.1730.036

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添付データ

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その他

詳細[pdb_fitting_matrix.txt]
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試料の構成要素

-
全体 Sputnik

全体名称: Sputnik / 詳細: 1mg per ml concentration / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: ウイルス, Sputnik virophage

ウイルス名称: Sputnik virophageスプートニクヴィロファージ
別称: Sputnik / クラス: SATELLITE / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
由来(天然)宿主: Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ) / 宿主のカテゴリ: PROTOZOA
殻 #1要素名: gp20 / 直径: 730 Å / T番号(三角分割数): 27

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1 mg/ml / 緩衝液: PBS / pH: 7.4
支持膜Holey grids
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 90 K / 実験手法: 3.5ul of sample hand blotted approx. 1sec
詳細: Vitrification instrument: In-house, gravity driven plunger

-
電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 20 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 38000 X (公称値), 39190 X (実測値) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 767 - 3582 nm
試料ホルダホルダ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
モデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像取得

画像取得デジタル画像の数: 115 / スキャナ: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 / サンプリングサイズ: 6.35 microns

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 6780 / 想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成ソフトウェア: EMAN / CTF補正: Each micrograph / 分解能: 10.6 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5

-
原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: EMFIT / 精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL / 詳細: Protocol: Rigid Body
利用したPDBモデル: 1M3Y
得られたモデル

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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