[日本語] English
- EMDB-1422: Structure and composition of the Shigella flexneri "needle comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1422
タイトルStructure and composition of the Shigella flexneri "needle complex", a part of its type III secreton.
マップデータBasal Body of Shigella flexneri T3SS - needle removed
試料
  • 試料: needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
  • タンパク質・ペプチド: MxiI
  • タンパク質・ペプチド: MxiD
  • タンパク質・ペプチド: MxiG
  • タンパク質・ペプチド: MxiJ
機能・相同性: / protein binding / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion system, needle protein / Flagellar M-ring , N-terminal
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Blocker AJ / Jouihri N / Larquet E / Gounon P / Ebel F / Parsot C / Sansonetti P / Allaoui A
引用ジャーナル: Mol Microbiol / : 2001
タイトル: Structure and composition of the Shigella flexneri "needle complex", a part of its type III secreton.
著者: A Blocker / N Jouihri / E Larquet / P Gounon / F Ebel / C Parsot / P Sansonetti / A Allaoui /
要旨: Type III secretion systems (TTSSs or secretons), essential virulence determinants of many Gram-negative bacteria, serve to translocate proteins directly from the bacteria into the host cytoplasm. ...Type III secretion systems (TTSSs or secretons), essential virulence determinants of many Gram-negative bacteria, serve to translocate proteins directly from the bacteria into the host cytoplasm. Electron microscopy (EM) indicates that the TTSSs of Shigella flexneri are composed of: (1) an external needle; (2) a transmembrane domain; and (3) a cytoplasmic bulb. EM analysis of purified and negatively stained parts 1, 2 and a portion of 3 of the TTSS, together termed the "needle complex" (NC), produced an average image at 17 A resolution in which a base, an outer ring and a needle, inserted through the ring into the base, could be discerned. This analysis and cryoEM images of NCs indicated that the needle and base contain a central 2-3 nm canal. Five major NC components, MxiD, MxiG, MxiJ, MxiH and MxiI, were identified by N-terminal sequencing. MxiG and MxiJ are predicted to be inner membrane proteins and presumably form the base. MxiD is predicted to be an outer membrane protein and to form the outer ring. MxiH and MxiI are small hydrophilic proteins. Mutants lacking either of these proteins formed needleless secretons and were unable to secrete Ipa proteins. As MxiH was present in NCs in large molar excess, we propose that it is the major needle component. MxiI may cap at the external needle tip.
履歴
登録2007年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月12日-
マップ公開2007年9月12日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 380
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 380
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Basal Body of Shigella flexneri T3SS - needle removed
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å
2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å
2.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 660. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル1: 103.0 / ムービー #1: 380
最小 - 最大-257.841000000000008 - 820.019000000000005
平均 (標準偏差)-12.8026 (±115.599000000000004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-150-150-149
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 660 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z660.000660.000660.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-150-150-149
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-257.841820.019-12.803

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS

全体名称: needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS
要素
  • 試料: needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
  • タンパク質・ペプチド: MxiI
  • タンパク質・ペプチド: MxiD
  • タンパク質・ペプチド: MxiG
  • タンパク質・ペプチド: MxiJ

-
超分子 #1000: needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS

超分子名称: needle complex or basal body of the Shigella flexneri T3SS
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: not yet fully determined / Number unique components: 5

-
分子 #1: MxiH

分子名称: MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: none; copy number is approximative / コピー数: 120 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / : M90T / 組織: bacterium / Organelle: T3SS / 細胞中の位置: extracellular
分子量実験値: 9.265 MDa / 理論値: 9.265 MDa
配列InterPro: Type III secretion system, needle protein

-
分子 #2: MxiI

分子名称: MxiI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: none; Copy number is approximative / コピー数: 20 / 集合状態: probably helical / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / : M90T / 細胞: bacterium / Organelle: T3SS / 細胞中の位置: periplasmic
分子量実験値: 10.633 MDa / 理論値: 10.633 MDa

-
分子 #3: MxiD

分子名称: MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: experimental weight is theoretical weight, with predicted signal sequence removed; oligomeric state currently unknown
集合状態: oligomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / : M90T / 細胞: bacterium / Organelle: T3SS / 細胞中の位置: outer membrane
分子量実験値: 63.218 MDa / 理論値: 60.749 MDa
配列GO: GO: 0015448
InterPro: Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC

-
分子 #4: MxiG

分子名称: MxiG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: no signal sequence cleavage in this protein; oligomeric state unknown
集合状態: oligomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / : M90T / 細胞: bacterium / Organelle: T3SS / 細胞中の位置: inner membrane
分子量実験値: 43.002 MDa / 理論値: 43.002 MDa
配列GO: protein binding

-
分子 #5: MxiJ

分子名称: MxiJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: experimental weight is theoretical weight, with predicted signal sequence removed; oligomeric state unknown
集合状態: oligomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / : M90T / 細胞: bacterium / Organelle: T3SS / 細胞中の位置: inner membrane
分子量実験値: 27.509 MDa / 理論値: 25.488 MDa
配列GO: protein binding / InterPro: Flagellar M-ring , N-terminal

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: samples made in 50 mM Tris pH 8, 5 mM EDTA, 0.1 % v/v Triton X-100 and diluted 1:5 in 20 mM Tris pH 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% uranyl acetate pH 7.5
グリッド詳細: carbon-coated glow-discharged copper grids
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K
詳細low-dose mode used, imaging done in 1999-2000
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 20 / 平均電子線量: 10 e/Å2
詳細: Hi-Scan rotary drum microdensitometer used, final resolution was 2.2 A/pixel (not 5 A/ pixel as incorrectly stated in Materials and Methods of paper)

-
画像解析

最終 2次元分類クラス数: 5
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: 1) 2D-average>iterative multireference alignment process (Boekema et al, 1986), using Ward's merging criterion until stable classes obtained; 2) 3D reconstruction> cylindrical symmetry was ...詳細: 1) 2D-average>iterative multireference alignment process (Boekema et al, 1986), using Ward's merging criterion until stable classes obtained; 2) 3D reconstruction> cylindrical symmetry was assumed and the final two dimensional projection converted to a three-dimensional map using an iterative back projection procedure (Frank, 1996).
使用した粒子像数: 868
詳細Particles selected using interactive WEB selection program

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る