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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1417
タイトルCryo-EM study of the Spinach chloroplast ribosome reveals the structural and functional roles of plastid-specific ribosomal proteins
マップデータ
試料Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome:
ribosome-eukaryote
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit / maturation of LSU-rRNA / ribosome assembly / DNA-templated transcription, termination / 葉緑体 / positive regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly ...plastid small ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit / maturation of LSU-rRNA / ribosome assembly / DNA-templated transcription, termination / 葉緑体 / positive regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small ribosomal subunit rRNA binding / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / negative regulation of translation / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / response to antibiotic / ミトコンドリア / RNA binding
Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L35, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta ...Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L35, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein S9, conserved site / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Translation protein SH3-like domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Nucleic acid-binding, OB-fold / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L21-like / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S16 domain superfamily / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / L21-like superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L11/L12 / KOW / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily
50S ribosomal protein L5, chloroplastic / 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / 50S ribosomal protein L11, chloroplastic / 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic ...50S ribosomal protein L5, chloroplastic / 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / 50S ribosomal protein L11, chloroplastic / 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic / 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / 50S ribosomal protein L1, chloroplastic / 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / 30S ribosomal protein S19, chloroplastic / 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Sharma MR / Wilson DN / Datta PP / Barat C / Schluenzen F / Fucini P / Agrawal RK
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2007
タイトル: Cryo-EM study of the spinach chloroplast ribosome reveals the structural and functional roles of plastid-specific ribosomal proteins.
著者: Manjuli R Sharma / Daniel N Wilson / Partha P Datta / Chandana Barat / Frank Schluenzen / Paola Fucini / Rajendra K Agrawal /
要旨: Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally ...Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally are larger than their bacterial counterparts, and chloro-ribosomes contain additional plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs); however, it is unclear to what extent these proteins play structural or regulatory roles during translation. We have obtained a three-dimensional cryo-EM map of the spinach 70S chloro-ribosome, revealing the overall structural organization to be similar to bacterial ribosomes. Fitting of the conserved portions of the x-ray crystallographic structure of the bacterial 70S ribosome into our cryo-EM map of the chloro-ribosome reveals the positions of PRP extensions and the locations of the PSRPs. Surprisingly, PSRP1 binds in the decoding region of the small (30S) ribosomal subunit, in a manner that would preclude the binding of messenger and transfer RNAs to the ribosome, suggesting that PSRP1 is a translation factor rather than a ribosomal protein. PSRP2 and PSRP3 appear to structurally compensate for missing segments of the 16S rRNA within the 30S subunit, whereas PSRP4 occupies a position buried within the head of the 30S subunit. One of the two PSRPs in the large (50S) ribosomal subunit lies near the tRNA exit site. Furthermore, we find a mass of density corresponding to chloro-ribosome recycling factor; domain II of this factor appears to interact with the flexible C-terminal domain of PSRP1. Our study provides evolutionary insights into the structural and functional roles that the PSRPs play during protein synthesis in chloroplasts.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2007年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月12日-
マップ公開2010年1月12日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v61
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度
表面レベルPrimary: 49.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-126.152000000000001 - 262.374000000000024
平均 (標準偏差)3.28534 (±26.942900000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
Dimensions130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 358.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.800358.800358.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-30-49
NX/NY/NZ6060100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-126.152262.3743.285

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome

全体名称: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome / 構成要素数: 1
分子量理論値: 2.5 MDa

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構成要素 #1: ribosome-eukaryote, Spinach Chloroplast 70S Ribosome

真核細胞リボソーム名称: Spinach Chloroplast 70S Ribosome / 別称: chloro-ribosome
詳細: The SSU 30S has PSRP1,2,3, and 4 identified. LSU 50S did not have PRPL25 and PRPL30 density present. pRRF (plastid ribosome recycling factor)is tightly bound to LSU 50S subunit. One of the ...詳細: The SSU 30S has PSRP1,2,3, and 4 identified. LSU 50S did not have PRPL25 and PRPL30 density present. pRRF (plastid ribosome recycling factor)is tightly bound to LSU 50S subunit. One of the two PSRPs on the LSU 50S subunit is identified.
真核生物: ALL / 組換発現: No
分子量実験値: 2.5 MDa
由来生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液緩衝液: 10mM Tris-HCL pH 7.6, 50mM KCL, 10mM MgOAc, 7mM 2-ME
pH: 7.6
支持膜quantifoil 300 mesh copper grid
凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %
手法: 5 microliters applied to the grid then blotted for 3 seconds with Whatman number 1 filter paper before plunging
詳細: Vitrification instrument: Cryo-plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 20 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 50000 X (nominal), 50760 X (calibrated)
非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250K times magnification
撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1400 - 4400 nm
試料ホルダホルダー: Cryo Transfer Holder / モデル: OTHER / 温度: 93
カメラ検出器: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 164 / Scanner: ZEISS SCAI / サンプリングサイズ: 14 µm / ビット深度: 12

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / クラス平均の数: 83 / 投影像の数: 86370
詳細: Initially, 192,133 images were selected using automated particle picking program
想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成アルゴリズム: Projection matching procedure / ソフトウェア: SPIDER / CTF補正: each micrograph / 解像度: 9.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: O / 精密化のプロトコル: rigid body
詳細: Protocol: Rigid Body. Docking of crystallographic structures in 3D map was performed using program O
利用したPDBモデル: 1DD5
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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