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- EMDB-1059: Electron cryomicroscopy structure of N-ethyl maleimide sensitive ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1059
タイトルElectron cryomicroscopy structure of N-ethyl maleimide sensitive factor at 11 A resolution.
マップデータ3D density map of NSF?alpha-SNAP?SNARE (20S)
試料
  • 試料: NSF alpha-SNAP SNARE 20S
  • タンパク質・ペプチド: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor
  • タンパク質・ペプチド: Soluble NSF Attachment Protein
  • タンパク質・ペプチド: Soluble NSF Attachment Protein Receptor
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Bos taurus (ウシ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Furst J / Sutton RB / Chen J / Brunger AT / Grigorieff N
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Electron cryomicroscopy structure of N-ethyl maleimide sensitive factor at 11 A resolution.
著者: Johannes Furst / R Bryan Sutton / James Chen / Axel T Brunger / Nikolaus Grigorieff /
要旨: N-ethyl maleimide sensitive factor (NSF) belongs to the AAA family of ATPases and is involved in a number of cellular functions, including vesicle fusion and trafficking of membrane proteins. We ...N-ethyl maleimide sensitive factor (NSF) belongs to the AAA family of ATPases and is involved in a number of cellular functions, including vesicle fusion and trafficking of membrane proteins. We present the three-dimensional structure of the hydrolysis mutant E329Q of NSF complexed with an ATP-ADP mixture at 11 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle averaging of NSF.alpha-SNAP.SNARE complexes. The NSF domains D1 and D2 form hexameric rings that are arranged in a double-layered barrel. Our structure is more consistent with an antiparallel orientation of the two rings rather than a parallel one. The crystal structure of the D2 domain of NSF was docked into the EM density map and shows good agreement, including details at the secondary structural level. Six protrusions corresponding to the N domain of NSF (NSF-N) emerge from the sides of the D1 domain ring. The density corresponding to alpha-SNAP and SNAREs is located on the 6-fold axis of the structure, near the NSF-N domains. The density of the N domain is weak, suggesting conformational variability in this part of NSF.
履歴
登録2003年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年10月10日-
マップ公開2003年10月10日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.736926654
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.736926654
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1059.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D density map of NSF?alpha-SNAP?SNARE (20S)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度
表面レベル1: 0.144 / ムービー #1: 0.7369267
最小 - 最大-0.681735 - 1.45625
平均 (標準偏差)0.0257073 (±0.145834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin111
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 315 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.000315.000315.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS111
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.6821.4560.026

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NSF alpha-SNAP SNARE 20S

全体名称: NSF alpha-SNAP SNARE 20S
要素
  • 試料: NSF alpha-SNAP SNARE 20S
  • タンパク質・ペプチド: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor
  • タンパク質・ペプチド: Soluble NSF Attachment Protein
  • タンパク質・ペプチド: Soluble NSF Attachment Protein Receptor

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超分子 #1000: NSF alpha-SNAP SNARE 20S

超分子名称: NSF alpha-SNAP SNARE 20S / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was monodisperse. Some domains were disordered.
Number unique components: 3
分子量実験値: 680 KDa / 手法: gel permeation chromatography

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分子 #1: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor

分子名称: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / 詳細: 6 subunits / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
別称: Chinese Hamster
分子量実験値: 82.8 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: Soluble NSF Attachment Protein

分子名称: Soluble NSF Attachment Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: alpha-SNAP / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle
分子量実験値: 33.4 KDa

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分子 #3: Soluble NSF Attachment Protein Receptor

分子名称: Soluble NSF Attachment Protein Receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: SNARE / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 別称: Chinese Hamster
分子量実験値: 82.3 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20mM HEPES, pH 7.4, 300 mM NACl, 2 mM MgCl2, 5mM b-mercaptoethanol, 0.01/0.1 mM ADP/ATP nucleotide
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo (no stain)
グリッド詳細: holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Technion plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 85 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: 3 x 3 averaging, final step size = 27 microns / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 詳細: Final map was calculated from three data sets / 使用した粒子像数: 31592
詳細manual particle selection

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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