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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1022
タイトルThree-dimensional reconstructions from cryoelectron microscopy images reveal an intimate complex between helicase DnaB and its loading partner DnaC.
マップデータDnaB
試料
  • 試料: DnaB from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: DnaB helicaseDnaBヘリカーゼ
機能・相同性: / DNA helicase activity
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.5 Å
データ登録者San Martin C
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional reconstructions from cryoelectron microscopy images reveal an intimate complex between helicase DnaB and its loading partner DnaC.
著者: C San Martin / M Radermacher / B Wolpensinger / A Engel / C S Miles / N E Dixon / J M Carazo /
要旨: BACKGROUND: DNA helicases play a fundamental role in all aspects of nucleic acid metabolism and defects in these enzymes have been implicated in a number of inherited human disorders. DnaB is the ...BACKGROUND: DNA helicases play a fundamental role in all aspects of nucleic acid metabolism and defects in these enzymes have been implicated in a number of inherited human disorders. DnaB is the major replicative DNA helicase in Escherichia coli and has been used as a model system for studying the structure and function of hexameric helicases. The native protein is a hexamer of identical subunits, which in solution forms a complex with six molecules of the loading protein DnaC. DnaB is delivered from this complex onto the DNA template, with the subsequent release of DnaC. We report here the structures of the DnaB helicase hexamer and its complex with DnaC under a defined set of experimental conditions, as determined by three-dimensional cryoelectron microscopy. It was hoped that the structures would provide insight into the mechanisms of helicase activity.
RESULTS: The DnaB structure reveals that six DnaB monomers assemble as three asymmetric dimers to form a polar, ring-like hexamer. The hexamer has two faces, one displaying threefold and the other ...RESULTS: The DnaB structure reveals that six DnaB monomers assemble as three asymmetric dimers to form a polar, ring-like hexamer. The hexamer has two faces, one displaying threefold and the other sixfold symmetry. The six DnaC protomers bind tightly to the sixfold face of the DnaB hexamer. This is the first report of a three-dimensional structure of a helicase obtained using cryoelectron microscopy, and the first report of the structure of a helicase in complex with a loading protein.
CONCLUSIONS: The structures of the DnaB helicase and its complex with DnaC reveal some interesting structural features relevant to helicase function and to the assembly of the two-protein complex. ...CONCLUSIONS: The structures of the DnaB helicase and its complex with DnaC reveal some interesting structural features relevant to helicase function and to the assembly of the two-protein complex. The results presented here provide a basis for a more complete understanding of the structure and function of these important proteins.
履歴
登録2003年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年2月12日-
マップ公開2003年2月12日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.678072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.678072
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1022.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 478.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DnaB
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度
表面レベル1: 6.98 / ムービー #1: 6.678072
最小 - 最大-9.14113 - 11.271599999999999
平均 (標準偏差)0.0000960484 (±2.93696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ505050
Spacing505050
セルA=B=C: 190 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z505050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.000190.000190.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS505050
D min/max/mean-9.14111.2720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DnaB from E.coli

全体名称: DnaB from E.coli
要素
  • 試料: DnaB from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: DnaB helicaseDnaBヘリカーゼ

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超分子 #1000: DnaB from E.coli

超分子名称: DnaB from E.coli / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: DnaB helicase

分子名称: DnaB helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DnaB / コピー数: 6 / 集合状態: homohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: AN1459/pPS560 / 別称: E. coli
分子量理論値: 300 KDa
組換発現生物種: AN1459/pPS560 / 組換プラスミド: pPS560
配列GO: DNA helicase activity / InterPro: INTERPRO: IPR001198

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.04 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 50 mM Tris.HCl pH 7.6 2 mM DTT 5 mM MgCl2 200 mM NaCl 0.25 mM ADP
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: double side blotting device
手法: samples were adsorbed onto carbon-coated molybdenum holey grids after 30s glow discharge, and vitrified by quick plunging in liquid ethane in a double-side blotting device

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45
温度平均: 98 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: EIKONIX IEEE 488 / 実像数: 27 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp, SPIDER / 使用した粒子像数: 1369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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