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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10068 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 budding cell bud growth / ascospore wall assembly / preribosome binding / 加水分解酵素 / positive regulation of autophagosome assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleocytoplasmic transport / pre-mRNA 5'-splice site binding ...budding cell bud growth / ascospore wall assembly / preribosome binding / 加水分解酵素 / positive regulation of autophagosome assembly / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleocytoplasmic transport / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / 脱リン酸化 / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / assembly of large subunit precursor of preribosome / プロテインチロシンホスファターゼ / cytosolic ribosome assembly / meiotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / maintenance of translational fidelity / オートファジー / cytoplasmic stress granule / metallopeptidase activity / rRNA processing / protein transport / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / mitotic cell cycle / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / sequence-specific DNA binding / negative regulation of translation / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / 核小体 / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kargas V / Warren AJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Mechanism of completion of peptidyltransferase centre assembly in eukaryotes. 著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / ...著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / Leszek Wawiórka / Stefan Mv Freund / Jane L Wagstaff / Antonina Andreeva / Alexandre Faille / Edwin Chen / Florian Stengel / Helmut Bergler / Alan John Warren / 要旨: During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase ...During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase centre (PTC) completion that explains how integration of the last ribosomal proteins is coupled to release of the nuclear export adaptor Nmd3. Single-particle cryo-EM reveals that eL40 recruitment stabilises helix 89 to form the uL16 binding site. The loading of uL16 unhooks helix 38 from Nmd3 to adopt its mature conformation. In turn, partial retraction of the L1 stalk is coupled to a conformational switch in Nmd3 that allows the uL16 P-site loop to fully accommodate into the PTC where it competes with Nmd3 for an overlapping binding site (base A2971). Our data reveal how the central functional site of the ribosome is sculpted and suggest how the formation of translation-competent 60S subunits is disrupted in leukaemia-associated ribosomopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10068.map.gz | 18.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10068-v30.xml emd-10068.xml | 61.2 KB 61.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10068.png | 75.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10068 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rzzMC 4560C 4630C 4636C 4884C 6qikC 6qt0C 6qtzC 6ri5C 6s05C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit
+超分子 #1: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #47: 5S ribosomal RNA
+分子 #48: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #2: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #3: 60S ribosomal protein L3
+分子 #4: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #5: 60S ribosomal protein L11-A
+分子 #6: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #7: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #8: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #9: 60S ribosomal protein L16-B
+分子 #10: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #12: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #13: 60S ribosomal protein L28
+分子 #14: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #15: 60S ribosomal protein L5
+分子 #16: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L25
+分子 #23: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #25: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #26: 60S ribosomal protein L29
+分子 #27: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #28: 60S ribosomal protein L30
+分子 #29: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #30: 60S ribosomal protein L32
+分子 #31: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #32: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #33: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #34: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #35: 60S ribosomal protein L38
+分子 #36: 60S ribosomal protein L39
+分子 #37: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #38: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #40: Large subunit GTPase 1
+分子 #41: uL1
+分子 #42: Probable metalloprotease ARX1
+分子 #43: Tyrosine-protein phosphatase YVH1
+分子 #44: Cytoplasmic 60S subunit biogenesis factor REI1
+分子 #45: 60S ribosomal protein L24-A
+分子 #46: 60S ribosomal export protein NMD3
+分子 #49: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), CTFFIND (ver. 4.1)) |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 216403 |