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- EMDB-0533: AcrAB-TolC open state - In situ structure and assembly of multidr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0533
タイトルAcrAB-TolC open state - In situ structure and assembly of multidrug efflux pump AcrAB-TolC
マップデータAveraged structure of TolC-AcrAB in e.coli cellular tomogram with AcrB inhibitor.
試料
  • 細胞: E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor
生物種Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Chen M / Shi X / Ludtke SJ / Wang Z
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationQ-1967-20180324 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM080139 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: In situ structure and assembly of the multidrug efflux pump AcrAB-TolC.
著者: Xiaodong Shi / Muyuan Chen / Zhili Yu / James M Bell / Hans Wang / Isaac Forrester / Heather Villarreal / Joanita Jakana / Dijun Du / Ben F Luisi / Steven J Ludtke / Zhao Wang /
要旨: Multidrug efflux pumps actively expel a wide range of toxic substrates from the cell and play a major role in intrinsic and acquired drug resistance. In Gram-negative bacteria, these pumps form ...Multidrug efflux pumps actively expel a wide range of toxic substrates from the cell and play a major role in intrinsic and acquired drug resistance. In Gram-negative bacteria, these pumps form tripartite assemblies that span the cell envelope. However, the in situ structure and assembly mechanism of multidrug efflux pumps remain unknown. Here we report the in situ structure of the Escherichia coli AcrAB-TolC multidrug efflux pump obtained by electron cryo-tomography and subtomogram averaging. The fully assembled efflux pump is observed in a closed state under conditions of antibiotic challenge and in an open state in the presence of AcrB inhibitor. We also observe intermediate AcrAB complexes without TolC and discover that AcrA contacts the peptidoglycan layer of the periplasm. Our data point to a sequential assembly process in living bacteria, beginning with formation of the AcrAB subcomplex and suggest domains to target with efflux pump inhibitors.
履歴
登録2019年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年6月26日-
更新2019年6月26日-
現状2019年6月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Averaged structure of TolC-AcrAB in e.coli cellular tomogram with AcrB inhibitor.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.083301 - 2.7269228
平均 (標準偏差)0.02340048 (±0.15093714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.0832.7270.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor

全体名称: E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor
要素
  • 細胞: E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor

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超分子 #1: E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor

超分子名称: E.coli cell overexpressing AcrAB-TolC treated with AcrB inhibitor
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Treated with MBX3132

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2

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画像解析

抽出トモグラム数: 12 / 使用した粒子像数: 678 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3)
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / 詳細: Subtomogram alignment
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / 使用したサブトモグラム数: 678
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5v5s

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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