PDB-9zc6: 5-methyl-cytidine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9zc6

タイトル

5-methyl-cytidine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

要素

5-methyl-cytidine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

キーワード

RNA / Tetrahymena ribozyme / 5mC / 5-methyl-cytidine / modified base

機能・相同性

: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å

データ登録者

McRae, E.K.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Base modifications reshape RNA folding landscapes and structure function relationships in synthetic and natural RNAs
著者: Kumar, D.Y. / Yang, H. / Lee, S. / McRae, E.K.S.

履歴

登録	2025年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9zc6.cif.gz	206.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9zc6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9zc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9zc6_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9zc6_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9zc6_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9zc6_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70041M 73997C 73998C 9zbqC 9zbrC 9zc7C 9zc8C 9zc9C 9zccC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-methyl-cytidine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

126 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	5-methyl-cytidine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme 分子量: 126398.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: GenBank: 10832
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: 5mC-TR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.125 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 50mM HEPES pH 8.0 , 10mM MgCl2
緩衝液成分	濃度: 50 mM / 名称: HEPES-NA / 式: HEPES-NA
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was transcribed in vitro with 5-methyl-cytidine triphosphate in place of CTP. Purified by size exclusion chromatography and refolded by heat denaturation and cooling to room ...詳細: Sample was transcribed in vitro with 5-methyl-cytidine triphosphate in place of CTP. Purified by size exclusion chromatography and refolded by heat denaturation and cooling to room temperature prior to the addition of 10mM MgCl2
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結	装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 25 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC		粒子像選択
7	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング
8	Rosetta		モデルフィッティング	DRRAFTER
13	cryoSPARC	4.6.2	３次元再構成
14	ISOLDE		モデル精密化
15	PHENIX		モデル精密化
17	Coot		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 233268 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: geometry minimization

原子モデル構築

PDB-ID: 7XSN

7xsn

Accession code: 7XSN / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 333.87 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0014	9346
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4036	14601
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0216	1864
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0024	387
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	20.0271	6620

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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