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- PDB-9y9y: Crystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y9y
タイトルCrystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyclic di-AMP and bromide
要素DNA integrity scanning protein DisA
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / DisA
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / adenylate cyclase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA integrity scanning, DisA, linker region / DNA integrity scanning protein, DisA / DisA, linker domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller linker region / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / RuvA domain 2-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / BROMIDE ION / DNA integrity scanning protein DisA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyclic di-AMP and bromide
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
C: DNA integrity scanning protein DisA
D: DNA integrity scanning protein DisA
E: DNA integrity scanning protein DisA
F: DNA integrity scanning protein DisA
G: DNA integrity scanning protein DisA
H: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,79123
ポリマ－315,4128
非ポリマー3,37915
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22180 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area106960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.207, 74.640, 197.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
DNA integrity scanning protein DisA / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase


分子量: 39426.461 Da / 分子数: 8 / 断片: T5-S356 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: disA, dacA, Rv3586 / プラスミド: MytuD.17706.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNW5, diadenylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate


分子量: 658.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. MytuD.17706.a.B2.PW39404 at 13.1 mg/mL. Screened as ...詳細: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. MytuD.17706.a.B2.PW39404 at 13.1 mg/mL. Screened as apo protein but cyclic di-AMP was bound to 4 sites likely acquired from the expression host. Larged ion modeled as a bromide was near each ligand. plate 19967 C12 drop 3, Puck: PSL-1611, Cryo: direct

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→49.1 Å / Num. obs: 64401 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 442624
反射 シェル解像度: 3.03→3.11 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.572 / Num. measured all: 32945 / Num. unique obs: 4740 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 1.699 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0_5806: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.03→48.83 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 3213 4.99 %
Rwork0.2298 --
obs0.2317 64366 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→48.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19828 0 187 3 20018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00220271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57527572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4317665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.080.47021370.38962647X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.120.39451460.36322599X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.170.38181190.33392637X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.230.40621420.32842630X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.290.34521250.33082655X-RAY DIFFRACTION99
3.29-3.350.3631280.32112657X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.420.37631490.3122623X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.490.35341360.2922642X-RAY DIFFRACTION99
3.49-3.570.35551510.28912634X-RAY DIFFRACTION99
3.58-3.660.31161350.26582609X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.760.27421360.25992690X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.870.28911450.24992660X-RAY DIFFRACTION100
3.87-40.31861410.24322640X-RAY DIFFRACTION99
4-4.140.26871470.23962665X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.310.23061330.2042628X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.50.19311410.19172687X-RAY DIFFRACTION99
4.5-4.740.2461390.18392646X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.040.21471410.18782687X-RAY DIFFRACTION100
5.04-5.430.25381500.20552646X-RAY DIFFRACTION99
5.43-5.970.2741680.23342661X-RAY DIFFRACTION99
5.97-6.830.26981300.22752701X-RAY DIFFRACTION99
6.83-8.60.23011310.20172707X-RAY DIFFRACTION100
8.6-48.830.21171430.18182802X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39270.240.94413.3841.30584.1455-0.0815-0.4018-0.34830.34730.0820.02520.1149-0.12670.0310.60220.04230.07630.50030.0620.787117.9489-32.8234-30.6697
21.1293-0.75170.78831.58680.73592.4262-0.0049-0.05420.0898-0.17980.1257-0.0517-0.01650.3166-0.14130.7535-0.0960.03760.7620.13610.805625.8365-23.4986.4998
33.24360.96450.50492.0118-0.26623.09930.2663-0.2356-0.1531-0.19460.03520.1881-0.0383-0.6712-0.30840.8282-0.08490.09261.1260.23730.772217.0853-31.2918.3014
43.7165-0.2759-0.38423.1320.54394.35670.1121-0.6788-0.16570.40060.2609-0.26970.48230.4961-0.33761.07770.0195-0.03491.12450.12991.143832.9633-39.421930.3653
53.17980.6102-0.18884.8518-1.08823.0640.3365-0.16830.10250.9093-0.30610.272-0.36610.1332-0.07950.7437-0.03720.05190.5417-0.08390.695310.67981.466-24.3314
60.92680.21-0.15411.33660.24273.1031-0.00950.07830.0543-0.0092-0.021-0.0331-0.2334-0.22080.04710.6393-0.0432-0.05870.71310.01760.719525.49171.906319.1817
73.3563-0.9131.26065.82150.25576.33090.0474-0.8660.3540.7256-0.08150.35460.74940.44710.21660.72480.1152-0.02910.85650.00410.825840.40987.4818-20.9651
82.609-1.8209-0.78552.2799-0.67224.1796-0.1854-0.35960.52570.24260.197-0.3994-0.3350.4234-0.03330.5746-0.066-0.04210.7237-0.02220.954645.193610.8938-32.0696
91.76160.23133.03662.6940.53195.6808-0.2524-1.47160.0930.7108-0.16730.55661.37910.39230.20431.14450.12810.13781.96610.24540.823752.5804-8.02357.3717
102.16760.62380.90383.5008-1.29011.5109-0.4627-1.5060.35280.36560.2617-0.56760.09161.14260.05490.69680.285-0.0251.7202-0.06180.660253.09470.45233.0323
110.5855-0.02720.54774.1087-0.63570.70990.5642-0.29070.4295-1.1336-0.16250.20690.01610.9305-0.27151.12990.16230.0712.0035-0.38910.922468.24168.56418.3458
120.62230.08780.46131.3752-0.27720.4196-0.2542-0.93480.10810.57770.2863-1.1003-0.5291.00080.07220.760.4007-0.122.294-0.16671.177271.5436-4.26818.4359
133.35860.90840.14160.55161.05223.8186-1.578-0.18420.3877-0.48580.28811.2121-2.65320.05341.10231.26270.1637-0.26861.9481-0.56961.369659.79948.599224.5797
142.9736-1.06740.59550.3787-0.05962.34330.588-0.34830.8797-0.10730.8217-0.1693-0.28810.5881-1.21721.41120.52370.36422.6550.17121.146454.4084.874732.2521
151.74632.64160.37094.04971.43922.47660.64-0.3861-0.41311.3576-0.3575-1.06350.62640.4596-0.29041.10320.0972-0.16440.72740.18110.995351.5392-23.6323-35.5533
162.26240.5090.07392.91620.46013.6481-0.1197-0.3902-0.2685-0.1044-0.1347-0.55020.13281.21010.20360.66880.03320.071.28980.14440.721253.3334-36.0749.0569
173.5263-0.38930.7883.3683-0.22934.01230.48180.58120.8751-0.7477-0.6498-0.4169-0.1619-0.07560.19880.74620.05630.08430.5648-0.02830.721522.377612.4653-57.3921
183.6544-0.29170.41382.0325-1.09583.5782-0.08290.13310.0827-0.1362-0.06080.075-0.08250.08780.13810.66960.0163-0.04510.4424-0.07370.826820.32816.6684-44.014
192.80290.59051.28683.0893-0.53775.11730.20890.4688-0.1884-0.1622-0.1079-0.47340.64250.434-0.09690.53110.00730.03910.5127-0.06770.603615.179.1221-52.5077
200.8069-0.0342-0.37690.1196-0.82541.93480.2230.7979-0.2401-1.0512-0.61840.42660.45850.14960.29421.81140.3098-0.48850.9706-0.21881.22778.03453.9756-87.3963
213.3602-0.9364.13961.54750.86667.8956-0.83210.60250.7435-0.9341-0.05581.3949-1.37720.08180.79661.24710.0585-0.30930.8588-0.03061.254110.49488.6695-78.5627
224.4951-1.8657-3.0384.8693-0.80563.07361.3471-0.82370.372-0.32170.9551-0.08441.32270.8639-1.85121.53460.3672-0.56081.2102-0.15161.67672.199116.6461-87.5165
233.45490.6152-0.74994.4316-0.29665.49831.2479-0.9478-1.06481.271-0.01251.41610.3145-1.1029-1.28811.12930.1244-0.46690.777-0.10991.8555-7.179214.7261-82.0079
240.3732-0.9656-0.15942.81330.96043.3090.48170.8496-1.3305-0.91810.26060.55611.6342-0.7018-0.67851.62660.2465-0.95330.9673-0.09641.9112-4.651115.2355-94.3882
251.7597-0.1607-0.03910.1609-0.34860.87010.2053-0.1182-0.6168-0.075-0.09240.5441.02090.3006-0.59592.01161.0699-2.21441.3748-0.64741.496-0.799425.6047-100.4997
260.7982-0.33310.23862.26220.5081.11160.7726-0.85050.3897-2.05750.19350.26811.3790.6984-0.50832.21760.886-0.74991.7474-0.75411.42456.726925.1993-107.276
272.4134-1.8542-0.17472.8208-0.66115.35530.32621.124-0.0492-0.6974-0.13480.75180.101-0.2781-0.25160.9888-0.04060.02160.6764-0.08690.76084.3061-9.8972-57.0615
282.22050.6871-0.7243.71920.47513.1269-0.07910.12070.0571-0.80640.13030.4452-0.1063-0.1396-0.07010.7873-0.0495-0.02860.6037-0.03270.7362.8769-17.5352-46.9798
291.02080.38992.68551.08080.71145.20960.43720.3783-0.4885-0.0065-0.24990.04840.16430.4746-0.13411.02090.073-0.17161.0806-0.16431.04723.747-22.0268-88.8145
303.4322-0.79460.14841.20160.5423.38760.55780.39330.34-0.0941-0.23061.0088-0.299-0.912-0.45571.04620.1017-0.27341.45170.01331.3705-14.9881-22.0549-106.0685
315.40360.75810.19952.1708-1.4321.2902-0.66662.1452-0.5855-0.70740.48-0.04910.13660.31860.13380.7481-0.12270.24031.0338-0.21970.873434.2609-31.1409-56.8604
322.28540.39062.19862.1396-0.27775.2114-0.3448-0.04290.0138-0.06480.11620.0803-0.81520.76760.28280.9604-0.22970.01071.2982-0.04260.841827.9725-16.7655-102.1915
331.7849-2.1565-0.63694.14411.11733.54980.08040.1390.3061-0.68530.0151-0.3966-0.24880.4585-0.1030.65430.01050.12430.85610.12190.795250.7377-0.9103-55.5235
341.84420.07560.93250.40630.22922.29640.6964-0.80070.55130.0847-0.2223-0.4452-0.1243-0.3987-0.49481.12140.27020.041.3585-0.1661.010834.2573.6032-83.1472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 143 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 225 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 226 through 304 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 305 through 354 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 143 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 144 through 354 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 7 through 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 33 through 143 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 144 through 182 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 183 through 239 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 240 through 260 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 261 through 293 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 294 through 337 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 338 through 352 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 7 through 143 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 144 through 354 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 6 through 32 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 33 through 116 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 117 through 143 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 144 through 182 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 183 through 224 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 225 through 239 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 240 through 276 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 277 through 304 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 305 through 322 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 323 through 354 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 7 through 32 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 33 through 143 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 144 through 304 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 305 through 354 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 6 through 143 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 144 through 354 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 7 through 143 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 144 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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