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- PDB-9y9w: Vibrio cholerae protein FrhA peptid-binding domain and adjacent s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y9w
タイトルVibrio cholerae protein FrhA peptid-binding domain and adjacent split domain (S1127-F1439) in complex with peptide AGWTD X-ray crystallography structure
要素
  • Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
  • Cadherin domain protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium / Adhesin / RTX / peptide-binding domain / split domain / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cell communication / homophilic cell-cell adhesion / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / Bacterial Ig domain / : / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. ...RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / Bacterial Ig domain / : / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cadherin domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, M. / Guo, S. / Kinrade, B. / Davies, P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)359456 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)376506 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2024-04631 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN 148422 カナダ
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Peptide-based ligand antagonists block a Vibrio cholerae adhesin.
著者: Wang, M. / Du, G. / Yongo-Luwawa, C. / Lu, A. / Kinrade, B. / Munro, K. / Klose, K.E. / Lubell, W.D. / Davies, P. / Guo, S.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Peptide-based ligand antagonists block a Vibrio cholerae adhesin
著者: Wang, M. / Du, G. / Charity, Y. / Yongo-Luwawa, C. / Kinrade, B. / Munro, K.A. / Klose, K.E. / Lubell, W.D. / Davies, P.L. / Guo, S.
履歴
登録2025年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin domain protein
B: Cadherin domain protein
E: Cadherin domain protein
G: Cadherin domain protein
I: Cadherin domain protein
K: Cadherin domain protein
M: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
N: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
O: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
P: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
Q: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
R: Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,50355
ポリマ－231,53812
非ポリマー1,96543
水24,2841348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, ITC verified 1:1 protein:peptide ratio.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.273, 118.726, 118.706
Angle α, β, γ (deg.)60.03, 85.62, 76.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABEGIKMNOPQR

#1: タンパク質
Cadherin domain protein


分子量: 38041.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Vibrio cholerae protein FrhA peptid-binding domain and adjacent split domain (S1127-F1439). An N-terminal His tag expressed by pET28 was cleaved.
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_A1227 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AMP4
#2: タンパク質・ペプチド
Ala-Gly-Trp-Thr-Asp (AGWTD)


分子量: 548.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a synthetic peptide designed to inhibit the V. cholerae adhesin FrhA.
由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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非ポリマー , 4種, 1391分子

#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
詳細: Vibrio cholerae protein FrhA peptid-binding domain and adjacent split domain (S1127-F1439). An N-terminal His tag expressed by pET28 was cleaved.
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_A1227 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
詳細: This sequence is designed to bind to Vibrio cholerae protein FrhA
由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9
詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, and 24.4% (w/v) PEG 8000. Ethylene glycol was used as a cryoprotectant.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→102.74 Å / Num. obs: 182986 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 1.41
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.061 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 6929 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
xia23.21.1データ削減
DIALS3.21データスケーリング
PHENIX1.21.2-5419位相決定
Coot0.9.8.95モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→102.72 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1567 1.44 %5218
Rwork0.227 ---
obs0.227 108730 98.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→102.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13757 0 70 1348 15175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01214331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27519573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5294866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0162601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.29971560.29719723X-RAY DIFFRACTION98
2.48-2.570.26431460.27319657X-RAY DIFFRACTION98
2.57-2.670.27791340.26659698X-RAY DIFFRACTION98
2.67-2.790.26231550.2639661X-RAY DIFFRACTION98
2.79-2.940.26091400.24749772X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.120.2421290.23029705X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.360.19671460.21549729X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.70.22061550.20979772X-RAY DIFFRACTION99
3.7-4.240.24041410.20859783X-RAY DIFFRACTION99
4.24-5.340.18691260.19659821X-RAY DIFFRACTION99
5.34-102.720.22581390.22959842X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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