PDB-9x8s: Crystal structure of the human GAS41 YEATS domain in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9x8s

タイトル

Crystal structure of the human GAS41 YEATS domain in complex with an acetylated YFV capsid peptide (K4ac)

要素

YEATS domain-containing protein 4
Yellow Fever Virus Capsid Protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / YEATS domain / histone mimic / lysine acetylation / viral peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Yellow fever virus (黄熱ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.696 Å

データ登録者

Chen, S.D.C. / Kang, S.S.K.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the human GAS41 YEATS domain in complex with an acetylated YFV capsid peptide (K4ac)
著者: Kang, S. / Li, X. / Chen, S.

履歴

登録	2025年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9x8s.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9x8s.ent.gz	189.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9x8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9x8s_validation.pdf.gz	486 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9x8s_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	9x8s_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	9x8s_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/9x8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/9x8s	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YEATS domain-containing protein 4

B: YEATS domain-containing protein 4

C: YEATS domain-containing protein 4

D: YEATS domain-containing protein 4

E: Yellow Fever Virus Capsid Protein

F: Yellow Fever Virus Capsid Protein

64.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.979, 80.575, 72.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-333- HOH

#1: タンパク質	YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI-1 / NuBI1 分子量: 15706.036 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Glioma Amplified Sequence 41(YEATS4) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95619
#2: タンパク質・ペプチド	Yellow Fever Virus Capsid Protein 分子量: 745.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Yellow Fever Virus Capsid Protein(1-7) / 由来: (合成) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sodium sulfate , Bis-Tris propane (pH= 6.5), PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→43.81 Å / Num. obs: 76703 / % possible obs: 94.24 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 34.3
反射シェル	解像度: 1.696→1.756 Å / Num. unique obs: 10276 / CC_1/2: 0.747

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.696→40.288 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	2000	2.61 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1868	76698	94.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.696→40.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4335	0	0	587	4922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4456
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	6025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.342	2635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	758

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.696-1.7373	0.2538	97	0.2392	3607	X-RAY DIFFRACTION	64
1.7373-1.7843	0.2349	116	0.2341	4373	X-RAY DIFFRACTION	78
1.7843-1.8368	0.2643	132	0.2222	4905	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8368-1.8961	0.2311	144	0.2048	5396	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8961-1.9638	0.2033	150	0.1937	5587	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9638-2.0425	0.2139	150	0.1849	5585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0425-2.1354	0.1896	151	0.1834	5642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1354-2.248	0.2139	150	0.1876	5646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.248-2.3888	0.2109	151	0.1938	5635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3888-2.5732	0.2019	151	0.1974	5623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5732-2.8321	0.2572	151	0.2067	5621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8321-3.2418	0.2087	152	0.1843	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2418-4.0837	0.1915	151	0.1639	5645	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0837-40.288	0.165	154	0.1645	5757	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0034	0.0035	-0.0045	0.0065	-0.0024	0.0144	0.0107	-0.004	0.0008	-0.0013	-0.0059	-0.0293	-0.004	0.0121	0.0108	0.0201	-0.03	0.0059	0.0832	-0.0173	0.0644	0.1984	-110.0142	71.2975
2	0.015	0.019	-0.0042	0.0285	-0.0108	0.006	0.0121	-0.0008	0.0203	-0.0106	0.0264	-0.0418	-0.0223	0.0251	0.0302	0.011	-0.0217	0.031	0.0767	-0.0326	0.0937	22.5323	-105.1261	74.8951
3	0.0027	-0.0002	0.0027	0.0013	0.0022	0.0075	0.0136	-0.0077	-0.0002	0.009	0.0059	0.0167	0.002	-0.0108	-0.0002	0.0468	0.0097	0.0165	0.0426	-0.0051	0.0943	-0.7976	-118.1164	76.4879
4	0.0656	0.0311	-0.0146	0.0143	-0.0064	0.0031	0.0141	0.0111	0.0167	-0.0262	0.0022	-0.0229	-0.0189	-0.0107	0.0199	0.0826	-0.0376	0.0682	0.0781	-0.0034	0.0774	13.3635	-108.3563	63.1035
5	0.0028	0.0005	-0.002	0.0008	-0.0036	0.0153	0.0017	0.0057	-0.0012	-0.0063	0.0019	-0.0042	0.0009	0.0023	0.014	0.105	0.004	0.0502	0.1214	-0.0507	0.1207	11.5304	-116.5745	66.5134
6	0.04	-0.0101	-0.0274	0.0221	-0.0011	0.0224	0.0045	0.0315	0.0288	-0.0234	0.0189	-0.0249	-0.0074	-0.0013	0.0388	0.0415	-0.0388	0.0356	0.104	-0.0179	0.0872	12.2727	-106.6548	68.4094
7	0.0302	0.0019	0.0101	0.0079	0.0019	0.0035	0.0035	0.006	-0.0067	-0.0042	-0.0045	-0.0014	0.007	-0.0016	-0.0153	0.1546	-0.0418	-0.0798	0.2302	-0.0384	0.1671	-3.7918	-116.2648	59.5553
8	0.001	-0.0003	0.0008	0.0058	-0.0004	0.0015	0.0195	0.006	0.0191	-0.0038	0.0143	0.0083	-0.026	-0.0025	0.0116	0.071	-0.0228	0.0119	0.0793	-0.0171	0.0768	10.9156	-99.7689	73.3988
9	0.0048	-0.0014	-0.0005	0.0004	0.0002	0.0001	0.0127	-0.0053	0.002	0.0078	0.0082	-0.0076	-0.0072	0.0071	0.005	0.2596	-0.041	-0.0066	0.1193	-0.0545	0.138	17.704	-96.1026	90.319
10	0.0013	-0.0027	0.0018	0.0065	-0.004	0.0021	0.0112	0.0403	-0.0032	-0.0144	-0.0187	0.0027	0.006	-0.0295	-0.0004	0.0375	-0.0164	-0.0098	0.0817	-0.0176	0.0711	-0.0338	-107.7358	74.3987
11	0.0071	0.0002	0.0093	0.0765	-0.0066	0.0187	-0.009	0.0143	0.0242	0.083	-0.0053	-0.0523	-0.0142	0.0224	-0.0016	0.0549	0.0235	-0.0382	0.0567	0.0137	0.0308	5.0394	-104.7942	99.9142
12	-0.0007	-0.0011	-0.0014	-0.0002	0.001	0.0002	-0.0153	-0.0212	-0.0017	0.0206	0.0099	0.011	-0.012	-0.0211	-0.0305	0.04	0.0792	0.0177	0.0252	-0.0146	0.0055	-7.3309	-102.1095	98.7969
13	0.0259	-0.0117	-0.0488	0.0247	0.0179	0.0979	-0.0089	0.0481	-0.0364	0.0142	0.0192	0.0135	-0.0009	-0.0939	0.0089	0.0069	0.0547	-0.0023	0.076	0.0039	0.0447	-1.1766	-109.3455	96.0261
14	0.0024	0.0001	0.0018	0.0074	-0.0008	0.0079	0.0122	0.0012	-0.0099	-0.0034	0.0015	0.012	-0.0012	0.0009	0.0393	0.0919	-0.0091	-0.0487	0.0442	-0.0073	0.0919	5.8599	-88.7061	91.5194
15	0.0007	-0.0007	0.0026	0.0058	-0.0021	0.01	0.0147	-0.0047	-0.0052	0.009	0.0027	-0.0169	0.0109	0.0044	0.0021	0.1055	-0.0436	-0.0008	0.1707	-0.0825	0.172	29.7636	-80.4388	99.2136
16	0.005	0.0036	-0.0025	0.0028	-0.0014	0.0075	0.0083	-0.0003	-0.0064	-0.013	0.0064	0.0068	0.0084	0.0091	0.0043	0.0955	-0.029	-0.0192	0.0587	-0.0321	0.0662	13.7278	-86.6283	91.5936
17	0.0438	0.0202	-0.0273	0.0154	-0.0157	0.0189	-0.0265	0.009	-0.0029	-0.0228	-0.007	0.0079	-0.0219	0.0041	-0.0131	0.1124	-0.0081	-0.0202	0.0384	0.0055	0.0643	1.8864	-92.94	80.9739
18	0.013	-0.003	0.0017	0.014	-0.0012	0.0448	0.0199	-0.0004	0.0001	-0.0251	0.0118	0.0104	0.0006	-0.0024	0.0611	0.2245	-0.0833	-0.0236	0.0723	-0.0053	0.054	12.1637	-77.3303	84.8884
19	0.0185	0.0139	-0.0098	0.0724	0.0579	0.1115	0.0289	0.0072	0.0065	-0.0782	0.0321	0.0421	-0.0107	0.0028	0.1204	0.1763	-0.0363	-0.0557	0.048	-0.005	0.0812	7.048	-79.0171	87.0048
20	0.013	0.0003	-0.0075	0.0176	0.0211	0.03	0.0024	-0.0197	-0	0.0071	-0.0104	0.0188	0.0111	-0.0022	-0.0146	0.1837	-0.0185	-0.0471	0.0681	-0.0153	0.1056	10.0248	-84.6062	100.5709
21	0.0163	0.0006	0.0048	0.0083	0.0057	0.0057	0.0074	0.0046	0.0084	-0.0058	-0.0087	0.0117	-0.0152	-0.0073	-0.0132	0.1133	0.0028	-0.0566	0.0357	0.0101	0.0987	0.6817	-88.0434	91.4082
22	0.0547	-0.0146	-0.0168	0.0133	-0.0069	0.0379	-0.0065	-0.035	0.0036	0.03	0.0197	-0.0342	0.004	0.036	0.0098	0.0413	0.0138	-0.0375	0.0875	-0.0025	0.179	24.3321	-122.8177	90.9482
23	0.017	-0.008	0.0036	0.0059	0.0008	0.0036	0.0049	-0.0024	0.0026	0.008	0.0061	-0.011	-0.0071	0.0042	0.0053	0.0634	0.0522	-0.0162	0.0754	-0.0259	0.1182	19.4469	-122.2596	90.6064
24	0.0019	0.0001	0.0014	0.0033	-0.0036	0.0072	-0.0158	-0.0118	-0.0224	0.0134	0.0028	0.0122	0.0085	-0.0025	-0.0214	0.0717	0.0353	0.0324	0.0594	0.0131	0.068	2.4781	-120.7579	87.9337
25	0.0373	-0.0094	0.0157	0.007	0.0009	0.0134	0.0049	-0.0041	-0.0128	0.0401	0.0187	-0.0216	0.0305	0.0244	0.0158	0.1307	0.0718	0.0273	0.0889	0.0198	0.1643	18.265	-134.1429	94.4816
26	0.0002	0.0013	-0.0001	0.008	-0.001	0.0004	0.0003	-0.0005	0.0004	0.0265	0.0113	-0.0169	0.0083	0.0138	0.0073	0.1033	0.064	-0.0214	0.0939	-0.0121	0.1237	19.165	-127.3973	94.8865
27	0.0034	-0.0047	0.0009	0.0065	-0.0016	0.0021	-0.0016	0.0009	-0.0022	0.0132	0.0238	-0.0099	0.0102	0.0195	0.054	0.0766	0.0357	0.0685	0.0824	-0.0276	0.1985	13.791	-131.7456	86.1658
28	0.0006	-0.0009	-0.0011	0.0014	0.0014	0.0033	0.0007	0.002	0.0006	0.0001	0.0007	-0.0004	-0.002	0.0013	0	0.8273	-0.0084	0.0105	0.8236	-0.0026	0.8354	31.262	-111.1457	80.2714
29	0.0373	-0.0349	-0.0077	0.0473	0.0051	0.025	0.0181	-0.002	-0.0138	-0.0058	0.0169	0.0065	-0.0004	-0.0009	0.0314	0.0809	-0.0029	0.0441	0.101	-0.0384	0.1599	10.8645	-124.8311	81.0333
30	0.0156	0.0094	0.0013	0.0062	0.0025	0.0072	-0.0017	0.0025	0.0065	0.0006	-0.0017	0.0002	-0.0039	-0.0002	-0.0009	0.13	-0.0673	0.0566	0.1934	0.0168	0.1797	19.6625	-93.4773	67.4288
31	0.0031	-0.0015	-0.0026	0.0127	0.0063	0.0042	-0.0022	-0.0009	-0.0004	-0.0049	0.0018	-0.0019	0.0039	0.0018	0.0006	0.4069	0.0569	-0.0162	0.4513	-0.0129	0.483	31.7163	-132.9098	87.0047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 85 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 86 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 112 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 124 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 133 through 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 19 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 85 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 86 through 145 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 20 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 34 through 44 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 45 through 53 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 54 through 62 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 63 through 85 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 86 through 111 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 112 through 132 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 133 through 145 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 20 through 44 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 45 through 53 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 54 through 62 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 63 through 77 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 78 through 96 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 97 through 123 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 124 through 132 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 133 through 145 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 1 through 7 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 3 through 6 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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