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万見
- PDB-9x55: Crystal structure of RhoGDI2 in complex with Compound 3054a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9x55
タイトルCrystal structure of RhoGDI2 in complex with Compound 3054a
要素Rho GDP-dissociation inhibitor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Complex / Rho GDP-dissociation inhibitor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to redox state / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of trophoblast cell migration / regulation of Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Rho protein signal transduction ...cellular response to redox state / Rho GDP-dissociation inhibitor activity / negative regulation of trophoblast cell migration / regulation of Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / small GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / GTPase activity / extracellular exosome / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rho GDP-dissociation inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Liu, M. / Ruan, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377119 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Small-Molecule RhoGDI2 Ligand, HR3119, that Inhibits Cancer Cell Migration.
著者: Liu, M. / Wan, S. / Guo, S. / Liu, J. / Li, W. / Wang, L. / Li, F. / Zhang, J. / Liu, X. / Liu, D. / Yao, X. / Gao, J. / Ruan, K. / He, W.
履歴
登録2025年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GDP-dissociation inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5352
ポリマ－16,1581
非ポリマー3771
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.958, 53.958, 94.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Rho GDP-dissociation inhibitor 2 / Rho GDI 2 / Ly-GDI / Rho-GDI beta


分子量: 16158.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGDIB, GDIA2, GDID4, RAP1GN1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52566
#2: 化合物 ChemComp-A1EY4 / (3~{S})-~{N}-[(~{R})-(4-phenylphenyl)-thiophen-2-yl-methyl]piperidine-3-carboxamide


分子量: 376.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→40 Å / Num. obs: 6119 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 283 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19rc3_4028: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→38.15 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 259 5.18 %
Rwork0.2051 --
obs0.2077 4998 81.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 27 34 1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5791557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.147153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.980.3345900.26381778X-RAY DIFFRACTION63
2.99-38.150.24491690.19112961X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19241.8987-0.14554.8073-4.31596.26740.0370.14870.1005-0.29080.44320.75620.2994-0.753-0.45460.1928-0.015-0.04740.4049-0.0050.2511-12.490712.56170.0301
22.4220.7628-0.30991.88481.03663.75530.0908-0.15810.16620.31450.10870.9931-0.1869-1.1151-0.12820.3394-0.05420.0730.5728-0.01020.4428-15.58449.978410.5735
32.39371.1036-0.07433.3761-1.91585.04830.04230.1004-0.01480.0075-0.01240.1003-0.0221-0.1493-0.00330.13220.06190.01350.1899-0.03130.2011-4.666513.98655.1876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 64 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 102 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 200 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る