PDB-9wts: Structure of the EpHTT from Echinacea purpurea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9wts

タイトル

Structure of the EpHTT from Echinacea purpurea

要素

Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / hydroxycinnamoyl-CoA:tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

機能・相同性

rosmarinate synthase activity / : / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

機能・相同性情報

生物種

Echinacea purpurea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Tang, D. / Bao, H. / Jiang, D. / Huang, X.F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the EpHTT Protein from Echinacea purpurea
著者: Hui, B. / Di, J.

履歴

登録	2025年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9wts.cif.gz	352.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9wts.ent.gz	291.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9wts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9wts_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9wts_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	9wts_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	9wts_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/9wts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/9wts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

B: Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

ヘテロ分子

96.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.049, 181.623, 129.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Hydroxycinnamoyl-CoA: tartaric acid hydroxycinnamoyl transferase 分子量: 48216.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Echinacea purpurea (植物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A890VZR5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000,sodium cacodylate,calcium acetate,Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→35.11 Å / Num. obs: 49222 / % possible obs: 96.65 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2.29→2.35 Å / Num. unique obs: 49484 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→35.11 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	1960	4.06 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.1861	48298	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→35.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6715	0	12	246	6973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6908
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	9370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.835	928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.35	0.395	119	0.3333	2735	X-RAY DIFFRACTION	81
2.35-2.42	0.3255	134	0.2941	3204	X-RAY DIFFRACTION	95
2.42-2.49	0.3373	137	0.2767	3280	X-RAY DIFFRACTION	97
2.49-2.57	0.3313	137	0.2538	3270	X-RAY DIFFRACTION	97
2.57-2.66	0.2952	138	0.2378	3296	X-RAY DIFFRACTION	97
2.66-2.77	0.2678	139	0.2295	3335	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.89	0.2842	140	0.2345	3269	X-RAY DIFFRACTION	97
2.89-3.04	0.3015	142	0.2301	3368	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.23	0.257	144	0.209	3388	X-RAY DIFFRACTION	99
3.23-3.48	0.2449	145	0.1987	3390	X-RAY DIFFRACTION	99
3.48-3.83	0.2186	145	0.1732	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.39	0.2348	142	0.149	3346	X-RAY DIFFRACTION	97
4.39-5.52	0.1804	148	0.1419	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-35.11	0.1925	150	0.1533	3545	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0928	-1.2721	-0.0824	6.4334	0.8185	1.9427	-0.0586	-0.0802	0.0613	0.1261	0.1791	0.6453	0.1714	-0.2022	-0.1022	0.5071	-0.0409	0.0582	0.4413	0.112	0.3237	-10.8537	21.7078	-14.3153
2	1.9788	-0.7502	-0.163	3.6183	0.043	1.5623	-0.0417	-0.1127	-0.0527	0.3812	0.1733	0.2544	0.3057	-0.0171	-0.1268	0.5226	0.0138	0.038	0.3871	0.0705	0.2911	-6.5392	20.2211	-12.8922
3	3.0338	1.0821	0.0316	5.0184	0.5075	0.9988	-0.0765	-0.1953	-0.2864	0.2469	0.297	-1.1256	0.3901	0.3782	-0.2034	0.6068	0.1651	-0.0879	0.5452	-0.1089	0.4745	20.8308	17.7485	-19.0571
4	1.3805	-0.4087	-0.2084	3.1997	0.1743	1.7512	-0.1859	-0.187	0.0158	0.4799	0.3505	-0.4333	0.2772	0.3057	-0.1695	0.5203	0.1031	-0.0516	0.4783	-0.0408	0.3451	11.7629	22.3827	-15.7165
5	1.6965	-0.5111	1.0586	6.0991	-0.3138	2.0372	-0.1475	0.1564	0.1725	-0.4564	0.2907	-0.7422	-0.2551	0.2996	-0.1141	0.5912	-0.203	0.1458	0.4458	-0.0645	0.6077	21.2681	66.9983	-34.7742
6	0.8869	-0.6172	-0.0155	2.849	-0.1481	1.5063	-0.129	-0.0148	0.2909	0.0856	0.2081	-0.4516	-0.4632	0.1133	-0.0828	0.5859	-0.136	0.0417	0.4237	-0.0701	0.5963	19.3933	70.6285	-28.4691
7	4.0025	2.3273	3.5466	3.532	1.1835	4.1175	-0.0014	-0.005	-0.237	0.6447	0.01	-0.712	-0.4046	0.3	-0.0448	0.7598	0.0447	-0.0185	0.5786	0.009	0.5776	17.8216	64.6689	-4.2135
8	0.8801	0.6731	-0.1515	5.7493	-0.7255	1.7636	0.0287	-0.317	0.2798	1.0106	0.0215	0.5555	-0.5131	-0.1283	-0.0858	0.8211	0.1064	0.1056	0.509	-0.0862	0.6003	2.7073	71.4376	-8.5438
9	2.2852	0.8661	-3.7384	2.0531	-1.7248	8.1573	0.1158	-0.1796	0.2535	0.3504	0.2759	0.0035	-0.344	0.1707	-0.3716	0.5349	-0.0134	0.042	0.3061	-0.0736	0.4345	9.7184	57.9721	-16.8372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 332 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 333 through 428 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 71 through 204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 205 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 360 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 361 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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