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- PDB-9wnr: Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9wnr
タイトルStructure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 13
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 15
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • E-tRNA
  • P-tRNA(PRO), A-tRNA(PRO)
  • Trigger factor
  • eRAP-NC
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Ribosomal nascent chain / ribosomal arrest peptide / ribosomal translation / ribosome stalling / 70S Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / protein unfolding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / protein unfolding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / : / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / protein folding chaperone / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / protein transport / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosome binding / transferase activity / response to heat / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / cell division / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROLINE / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...PROLINE / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Sriramoju, M.K. / Ko, T.P. / Draczkowski, P. / Hsu, S.T.D.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109-L08, AS-CFII-111-210 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001-050-MY3 and 110-2311-B-001-013-MY3, 110-2811-M-001-584, 111-2811-M-001-125, 112-2811-M-001-087 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis of enhanced stalling efficiency of an engineered ribosome arrest peptide.
著者: Manoj Kumar Sriramoju / Tzu-Ping Ko / Piotr Draczkowski / Shang-Te Danny Hsu /
要旨: Ribosome stalling is a critical regulatory mechanism in protein synthesis, controlling the rate and fidelity of translation. Arrest peptides, short sequences within nascent chains, can induce ...Ribosome stalling is a critical regulatory mechanism in protein synthesis, controlling the rate and fidelity of translation. Arrest peptides, short sequences within nascent chains, can induce ribosome stalling, providing insights into the dynamics of translation and potential therapeutic targets. In this study, we investigated the molecular mechanisms of ribosome stalling induced by an engineered ribosomal arrest peptide (eRAP). We used cryo-electron microscopy and biochemical assays to characterize the interactions between eRAP, the ribosome, and accessory factors such as the trigger factor. Our results reveal intricate details of the eRAP-induced ribosome stalling, including the conformational changes in the ribosomal tunnel and the nascent chain. We also observed interactions between eRAP and specific ribosomal components, highlighting the role of key amino acids in mediating ribosome stalling. Furthermore, comparison with other stalling mechanisms, such as those induced by antibiotics or natural nascent peptides, elucidates the unique features of eRAP-induced stalling. Overall, our findings provide a comprehensive understanding of ribosome stalling by arrest peptides, shedding light on the fundamental processes of translation and offering potential avenues for therapeutic interventions targeting translation regulation.
履歴
登録2025年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Large ribosomal subunit protein bL28
1: Large ribosomal subunit protein uL29
2: Large ribosomal subunit protein uL30
4: Large ribosomal subunit protein bL32
5: Large ribosomal subunit protein bL33
6: 50S ribosomal protein L34
7: Large ribosomal subunit protein bL35
8: 50S ribosomal protein L36
A: 16S rRNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: Small ribosomal subunit protein uS11
L: Small ribosomal subunit protein uS12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: 30S ribosomal protein S21
V: Trigger factor
X: E-tRNA
Y: P-tRNA(PRO), A-tRNA(PRO)
Z: P-tRNA(PRO), A-tRNA(PRO)
a: 5S rRNA
b: 23S rRNA
c: Large ribosomal subunit protein uL2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: Large ribosomal subunit protein uL5
g: Large ribosomal subunit protein uL6
h: 50S ribosomal protein L9
k: 50S ribosomal protein L13
l: 50S ribosomal protein L14
m: 50S ribosomal protein L15
n: 50S ribosomal protein L16
o: Large ribosomal subunit protein bL17
p: Large ribosomal subunit protein uL18
q: Large ribosomal subunit protein bL19
r: Large ribosomal subunit protein bL20
s: 50S ribosomal protein L21
t: 50S ribosomal protein L22
u: Large ribosomal subunit protein uL23
v: 50S ribosomal protein L24
w: 50S ribosomal protein L25
x: mRNA
y: Large ribosomal subunit protein bL27
z: eRAP-NC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,261,02059
ポリマ－2,260,83957
非ポリマー1812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Large ribosomal subunit protein ... , 15種, 15分子 012457cfgopqruy

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmB, b3637, JW3612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, b3312, JW3274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, b1089, JW1075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, b3636, JW3611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmI, b1717, JW1707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplE, b3308, JW3270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplF, b3305, JW3267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, b3294, JW3256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplR, b3304, JW3266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplS, b2606, JW2587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplT, pdzA, b1716, JW1706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplW, b3318, JW3280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8

-
50S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 68dehklmnstvw

#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmH, rimA, ssaF, b3703, JW3680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmJ, b3299, JW3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU2
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplD, eryA, b3319, JW3281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplI, b4203, JW4161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplN, b3310, JW3272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplO, b3301, JW3263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplU, b3186, JW3153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplX, b3309, JW3271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplY, b2185, JW2173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 AXYZabx

#9: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1388194076
#31: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24478.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1609454293
#32: RNA鎖 P-tRNA(PRO), A-tRNA(PRO)


分子量: 24846.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1847035720
#33: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1370526514
#34: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2096335303
#54: RNA鎖 mRNA


分子量: 4476.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 BCDEFGHIJMNOPQRSTU

#10: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, b3314, JW3276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsD, ramA, b3296, JW3258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, b3306, JW3268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsP, b2609, JW2590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsR, b4202, JW4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsT, b0023, JW0022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsU, b3065, JW3037 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

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Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 KL

#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, strA, b3342, JW3304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Vz

#30: タンパク質 Trigger factor / TF / PPIase


分子量: 48255.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tig, b0436, JW0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A850, peptidylprolyl isomerase
#56: タンパク質・ペプチド eRAP-NC


分子量: 4562.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#58: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E.coli 70S Ribosome in complex with eRAP / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#56 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
試料濃度: 0.42 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 15280

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.1モデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.7.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.7.1分類
12cryoSPARC4.7.1３次元再構成
13Coot0.8.9.3モデル精密化
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4323294
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72313 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3JBU

3jbu


Accession code: 3JBU / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 138.93 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035160983
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5552241137
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035530846
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004512698
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.075375291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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