PDB-9w6v: Crystal structure of 11betaHSD1 in complex with compound 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w6v

タイトル

Crystal structure of 11betaHSD1 in complex with compound 1

要素

11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lipid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Takahashi, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-based design, synthesis, and evaluation of tetrahydrotriazolothiazepine derivatives as novel 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 inhibitors.
著者: Numata, Y. / Hasegawa, T. / Mori, M. / Shinozuka, T. / Yamamoto, Y. / Honzumi, M. / Kanayama, C. / Aoyagi, A. / Abe, M. / Ofune, Y. / Suzuki, K. / Imamura, Y. / Yahara, C. / Obuchi, W. / ...

履歴

登録	2025年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w6v.cif.gz	518.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w6v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w6v_validation.pdf.gz	6.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w6v_full_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示
XML形式データ	9w6v_validation.xml.gz	124.3 KB	表示
CIF形式データ	9w6v_validation.cif.gz	149.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/9w6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/9w6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xu9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

E: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

F: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

G: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

H: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

I: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

J: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

K: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

305 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

F: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

H: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

J: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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6

K: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

K: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	308.090, 99.370, 136.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1 / 7-oxosteroid reductase / Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / ...11-DH / 11-beta-HSD1 / 7-oxosteroid reductase / Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / Short chain dehydrogenase/reductase family 26C member 1 分子量: 26705.031 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L, SDR26C1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) 参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase, 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-A1MBC / 3-(1-adamantyl)-6,7,8,9-tetrahydro-5~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a]azepine / MERCK-544 / Compound 544 分子量: 271.401 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG8000, 8% ethylene glycol and 0.1 M HEPES (pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 65803 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / Num. unique obs: 6278 / R_sym value: 0.274 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XU9

1xu9

解像度: 3.2→49.69 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	6521	9.92 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.194	65754	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19994	0	748	0	20742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	21158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	28712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.335	3062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	3379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.24	0.3819	181	0.2951	1776	X-RAY DIFFRACTION	89
3.24-3.27	0.2973	203	0.2626	1842	X-RAY DIFFRACTION	95
3.27-3.31	0.3581	204	0.2578	2007	X-RAY DIFFRACTION	97
3.31-3.35	0.3301	200	0.2327	1899	X-RAY DIFFRACTION	99
3.35-3.4	0.3182	224	0.2304	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.45	0.3182	229	0.2402	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.49	0.3317	200	0.2372	1937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.55	0.3308	214	0.2383	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.6	0.3143	234	0.226	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.66	0.2933	221	0.2105	1994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.72	0.3072	190	0.1993	1983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.79	0.2721	223	0.1963	1973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-3.87	0.2599	205	0.203	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.94	0.307	198	0.2056	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.03	0.2869	251	0.1874	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.12	0.2435	231	0.1871	2011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.23	0.2492	240	0.1811	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.34	0.2655	206	0.1778	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.47	0.2439	244	0.1579	1948	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.61	0.2331	204	0.1517	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-4.78	0.2358	212	0.1582	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-4.97	0.2601	191	0.1664	2022	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-5.19	0.2373	239	0.1709	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-5.47	0.2388	248	0.1792	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-5.81	0.236	222	0.1776	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-6.26	0.2786	206	0.1867	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
6.26-6.89	0.2158	231	0.1676	2003	X-RAY DIFFRACTION	100
6.89-7.88	0.2117	219	0.1515	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
7.88-9.91	0.1842	226	0.1338	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
9.91-49.69	0.2164	225	0.1874	2057	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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