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- PDB-9s23: Crystal structure of human SIRT2 in complex with peptide triazole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s23
タイトルCrystal structure of human SIRT2 in complex with peptide triazole inhibitor OTDi1
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • TNFa-derived ornithine triazole dodecyl inhibitor
キーワードHYDROLASE / Sirtuins / Inhibitor / Deacetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / peptidyl-lysine deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / paranode region of axon / regulation of exit from mitosis / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / regulation of phosphorylation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / response to redox state / regulation of myelination / positive regulation of DNA binding / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / glial cell projection / positive regulation of execution phase of apoptosis / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / lipid catabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / centriole / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / negative regulation of autophagy / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / autophagy / histone deacetylase binding / spindle / mitotic spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heterochromatin formation / myelin sheath / chromosome / growth cone / cellular response to oxidative stress / midbody / perikaryon / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Friedrich, F. / Meleshin, M. / Einsle, O. / Schutkowski, M. / Jung, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Ju295/18-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: From Pharmacophore to Warhead: NAD + -Targeting Triazoles as Mechanism-Based Sirtuin Inhibitors.
著者: Friedrich, F. / Meleshin, M. / Papenkordt, N. / Gaitzsch, L. / Prucker, I. / Borso, M. / Ruprecht, J. / Vorreiter, C. / Rast, S. / Zhang, L. / Schiedel, M. / Sippl, W. / Imhof, A. / Jessen, H. ...著者: Friedrich, F. / Meleshin, M. / Papenkordt, N. / Gaitzsch, L. / Prucker, I. / Borso, M. / Ruprecht, J. / Vorreiter, C. / Rast, S. / Zhang, L. / Schiedel, M. / Sippl, W. / Imhof, A. / Jessen, H.J. / Einsle, O. / Schutkowski, M. / Jung, M.
履歴
登録2025年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: TNFa-derived ornithine triazole dodecyl inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6545
ポリマ－35,2612
非ポリマー3933
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.621, 89.621, 133.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-523-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34416.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド TNFa-derived ornithine triazole dodecyl inhibitor


分子量: 843.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 37分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-A1JK5 / 4-dodecyl-1-ethyl-1,2,3-triazole


分子量: 265.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals of the SIRT2-OTDi1 complex (11.0 mg/mL SIRT2, 5 mM of OTDi1 with 2.5 % (v/v) final DMSO concentration) formed after one day in wells with an equal volume of protein solution and ...詳細: Crystals of the SIRT2-OTDi1 complex (11.0 mg/mL SIRT2, 5 mM of OTDi1 with 2.5 % (v/v) final DMSO concentration) formed after one day in wells with an equal volume of protein solution and reservoir solution containing 21.5 % (w/v) PEG 3350 in 0.1 M Bis-Tris at pH 6.7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→74.33 Å / Num. obs: 24808 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.352 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.358 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 658807
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / Rmerge(I) obs: 3.592 / Num. measured all: 64498 / Num. unique obs: 2368 / CC1/2: 0.335 / Rpim(I) all: 0.693 / Rrim(I) all: 3.659 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→53.41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1227 4.96 %
Rwork0.2262 --
obs0.2278 24723 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 5 34 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5413154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.106894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.37241360.34872537X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.50.32811360.3392555X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.3191510.30752557X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.28011290.27042568X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.30071330.25782602X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.23351340.2342580X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.2261360.20572620X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.18721260.17632668X-RAY DIFFRACTION100
4.78-53.410.28291460.20252809X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.4903 Å / Origin y: -5.878 Å / Origin z: -24.7634 Å
111213212223313233
T0.3489 Å2-0.0408 Å20.0444 Å2-0.3004 Å20.0055 Å2--0.2376 Å2
L1.7421 °2-1.1105 °20.8472 °2-4.9624 °2-1.9622 °2--2.3225 °2
S-0.0404 Å °0.1659 Å °-0.0513 Å °-0.3244 Å °-0.1562 Å °-0.3203 Å °0.3185 Å °0.0696 Å °0.1475 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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