PDB-9rxh: Cytochrome P450 decarboxylase from Staphylococcus aureus (OleT_Sa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rxh

タイトル

Cytochrome P450 decarboxylase from Staphylococcus aureus (OleT_Sa) with elaidic acid and acetate bound

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 / peroxygenase / decarboxylase / Staphylococcus aureus / decoy molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Williams, L.J. / Worrall, J.A.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: The cytochrome P450 decarboxylase from Staphylococcus aureus can produce a diene from a C18 monounsaturated fatty acid: A spectroscopic, structural and kinetic characterisation.
著者: Williams, L.J. / Wilson, M.T. / Birrell, J.A. / Lang, H.W. / Bell, S.G. / Worrall, J.A.R.

履歴

登録	2025年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rxh.cif.gz	200.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rxh.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rxh_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rxh_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9rxh_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	9rxh_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/9rxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/9rxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

50.6 kDa, 1 ポリマー
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1

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.786, 137.786, 59.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 49585.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: CD117_04430, JRU67_09580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A657XIU7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ELA / Elaidic acid / 9-OCTADECENOIC ACID 分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8 M sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→53.04 Å / Num. obs: 101189 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 82 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.38 / Num. unique obs: 4781 / CC_1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→53.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 6.919 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19415	3006	5.3 %	RANDOM
R_work	0.16382	-	-	-
obs	0.1654	54096	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.19 Å²	-1.09 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.83→53.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3482	0	71	238	3791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.427	1.898	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	1.783	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.514	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.867	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.884	10	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.626	2.564	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.613	2.564	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.184	4.593	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.184	4.593	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.45	2.978	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.423	2.978	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.152	5.272	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.19	25.24	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.173	24.86	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	211	-
R_work	0.303	3981	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -43.701 Å / Origin y: 25.4213 Å / Origin z: 4.6788 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0132 Å²	-0.0233 Å²	-0.0344 Å²	-	0.0446 Å²	0.06 Å²	-	-	0.0912 Å²
L	0.5342 °²	-0.0407 °²	-0.1625 °²	-	2.8333 °²	-0.8188 °²	-	-	0.97 °²
S	-0.009 Å °	-0.0102 Å °	0.0236 Å °	0.052 Å °	-0.0584 Å °	-0.2026 Å °	-0.0166 Å °	0.064 Å °	0.0674 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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