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万見
- PDB-9rsj: Cryo-EM structure of MATE transporter NorM-VC in complex with dox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rsj
タイトルCryo-EM structure of MATE transporter NorM-VC in complex with doxorubicin
要素
  • Anti-Fab nanobody
  • Multidrug resistance protein NorM
  • NabFab HC
  • NabFab LC
  • NorM-Nb17_4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NabFab / substrate / multidrug transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE
類似検索 - ドメイン・相同性
DOXORUBICIN / Multidrug resistance protein NorM
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
synthetic construct (人工物)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Romane, K. / Hsieh, P.Y. / Kowal, J. / Locher, K.P. / van Veen, H.W.
資金援助 スイス, 英国, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_214834 スイス
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/K017713/1 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Doxorubicin recognition and transport by the MATE multidrug transporter NorM from Vibrio cholerae.
著者: Pei-Yu Hsieh / Ksenija Romane / Julia Kowal / Kaspar P Locher / Hendrik W van Veen /
要旨: Multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transport proteins contribute to multidrug resistance in human pathogens by extruding various cytotoxic compounds from the cellular interior. Despite ...Multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transport proteins contribute to multidrug resistance in human pathogens by extruding various cytotoxic compounds from the cellular interior. Despite their importance across all domains of life, the specificities and mechanisms of substrate transport of these proteins remain poorly understood due to limited structural and functional information. Here, we determined the cryo-electron microscopy structure of NorM from Vibrio cholerae (NorM-VC) in complex with the anthracycline antibiotic doxorubicin, using the NabFab approach. The structure reveals that the doxorubicin-binding pocket is located halfway through the membrane, within the C-lobe of the protein. Functional studies targeting the doxorubicin-interacting residues validated the binding pocket and enabled detailed analysis of the doxorubicin transport reaction. Our findings indicate doxorubicin binding within a multisite binding chamber engaged in a general transport mechanism for a variety of substrates.
履歴
登録2025年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein NorM
H: NabFab HC
L: NabFab LC
N: NorM-Nb17_4
K: Anti-Fab nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1276
ポリマ－126,5835
非ポリマー5441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLNK

#2: 抗体 NabFab HC


分子量: 25684.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 NabFab LC


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 NorM-Nb17_4


分子量: 14356.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 Anti-Fab nanobody


分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein NorM / Multidrug-efflux transporter / Na(+)/drug antiporter


分子量: 49892.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VCM66_1481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3LML9
#6: 化合物 ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN


分子量: 543.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H29NO11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MATE transporter NorM from Vibrio cholerae in complex with NabFab, Nb17_4, anti-Fab nanobody and doxorubicin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.128 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 327809 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.1 Å / 交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038866
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62412059
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.2323112
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411381
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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