PDB-9rlp: PARP15 catalytic domain in complex with OUL310

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rlp

タイトル

PARP15 catalytic domain in complex with OUL310

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Alaviuhkola, J. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Optimization of 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione PARP inhibitor scaffold for nanomolar potency and specificity towards human PARP10.
著者: Alaviuhkola, J. / Nizi, M.G. / Vagaggini, C. / Sarnari, C. / Lippok, B. / Maksimainen, M.M. / Bosetti, C. / Dhakar, S.S. / Manfroni, G. / Massari, S. / Dreassi, E. / Korn, P. / Tabarrini, O. / Lehtio, L.

履歴

登録	2025年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rlp.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rlp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rlp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rlp_validation.pdf.gz	602.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rlp_full_validation.pdf.gz	603.2 KB	表示
XML形式データ	9rlp_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	9rlp_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/9rlp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rloC 9rlqC 9rlrC 9rlsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.23729/fd-254b174b-3e7f-3261-9ffc-1d4147113de1 データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

ヘテロ分子

46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.210, 68.080, 156.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 分子量: 22967.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-A1JHA / 6-[(3-fluorophenyl)methoxy]-2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione 分子量: 286.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁FN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 45181 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 10.15
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 3201 / CC_1/2: 0.812 / R_rim(I) all: 0.826 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→43.477 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.907 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2119	2259	5 %
R_work	0.1805	42922	-
all	0.182	-	-
obs	-	45181	98.674 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.691 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.702 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.393 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3190	0	25	202	3417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.658	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	1.587	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.25	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.677	22.804	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.095	15	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.379	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.521	2.514	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.514	2.514	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.813	3.756	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.814	3.756	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.224	2.891	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.223	2.891	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.915	4.204	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.914	4.204	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.699	29.606	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.671	29.497	3669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.32	159	0.281	3035	X-RAY DIFFRACTION	96.9642
1.847-1.897	0.25	161	0.245	3048	X-RAY DIFFRACTION	97.4787
1.897-1.952	0.261	154	0.221	2926	X-RAY DIFFRACTION	97.4684
1.952-2.012	0.263	149	0.214	2838	X-RAY DIFFRACTION	98.0308
2.012-2.078	0.184	147	0.193	2786	X-RAY DIFFRACTION	98.1265
2.078-2.151	0.248	144	0.189	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.5284
2.151-2.233	0.238	135	0.184	2580	X-RAY DIFFRACTION	98.4409
2.233-2.324	0.237	133	0.17	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.591
2.324-2.427	0.221	128	0.176	2432	X-RAY DIFFRACTION	99.0712
2.427-2.545	0.226	124	0.171	2349	X-RAY DIFFRACTION	99.1978
2.545-2.683	0.196	117	0.177	2215	X-RAY DIFFRACTION	99.3186
2.683-2.846	0.202	113	0.17	2147	X-RAY DIFFRACTION	99.9558
2.846-3.042	0.222	105	0.173	2000	X-RAY DIFFRACTION	99.8103
3.042-3.286	0.22	98	0.183	1868	X-RAY DIFFRACTION	99.5947
3.286-3.599	0.233	91	0.166	1733	X-RAY DIFFRACTION	99.8358
3.599-4.024	0.152	84	0.151	1584	X-RAY DIFFRACTION	99.6416
4.024-4.646	0.162	73	0.143	1391	X-RAY DIFFRACTION	99.389
4.646-5.689	0.178	64	0.176	1216	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
5.689-8.04	0.21	50	0.216	953	X-RAY DIFFRACTION	99.9004
8.04-43.477	0.24	30	0.202	560	X-RAY DIFFRACTION	98.1697

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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