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万見
- PDB-9rk8: Crystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rk8
タイトルCrystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS G12V C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • GTPase KRas
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードONCOPROTEIN / KRAS / TPD / PROTAC / VHL / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / response to mineralocorticoid ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / response to mineralocorticoid / GMP binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / forebrain astrocyte development / intracellular membraneless organelle / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / negative regulation of signal transduction / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / MET activates RAS signaling / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / RNA Polymerase II Transcription Elongation / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Formation of RNA Pol II elongation complex / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / negative regulation of TORC1 signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / homeostasis of number of cells within a tissue / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / transcription corepressor binding / small monomeric GTPase
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin family / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Zollman, D. / Karolak, N.K. / Ciulli, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Identification of a Highly Cooperative PROTAC Degrader Targeting GTP-Loaded KRAS(On) Alleles.
著者: Vetma, V. / Puoti, I. / Karolak, N.K. / Chakraborti, S. / Diers, E. / Girardi, E. / Khan, S. / Kidd, G. / Kropatsch, K.G. / Mclennan, R. / O'Connor, S. / Samwer, M. / Trainor, N. / Whitworth, ...著者: Vetma, V. / Puoti, I. / Karolak, N.K. / Chakraborti, S. / Diers, E. / Girardi, E. / Khan, S. / Kidd, G. / Kropatsch, K.G. / Mclennan, R. / O'Connor, S. / Samwer, M. / Trainor, N. / Whitworth, C. / Wijaya, A.J. / Wong, J.Y.F. / Zollman, D. / Farnaby, W. / Popow, J. / Ciulli, A. / Ettmayer, P. / McAulay, K.
履歴
登録2025年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: GTPase KRas
E: Elongin-B
F: Elongin-C
G: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
H: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,53014
ポリマ－121,5608
非ポリマー2,9706
水724
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2657
ポリマ－60,7804
非ポリマー1,4853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Elongin-B
F: Elongin-C
G: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
H: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2657
ポリマ－60,7804
非ポリマー1,4853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.189, 109.426, 251.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19354.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-A1JH1 / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[[1-[4-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butanoyl]cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1017.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H64N12O6S2
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10%w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004 A
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→54.71 Å / Num. obs: 39396 / % possible obs: 72.79 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 57.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.12
反射 シェル解像度: 2.63→2.724 Å / Num. unique obs: 190 / CC1/2: 0.217

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.63→50.18 Å / SU ML: 0.3448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4631
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1411 4.85 %
Rwork0.2316 27660 -
obs0.2331 29071 72.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→50.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7772 0 202 4 7978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00368171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787811148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04911263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.36853069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.720.379740.2961181X-RAY DIFFRACTION4.69
2.72-2.830.361280.3387471X-RAY DIFFRACTION12.67
2.83-2.960.2797920.30851577X-RAY DIFFRACTION42.39
2.96-3.110.3641410.31832906X-RAY DIFFRACTION76.91
3.12-3.310.34371630.29463823X-RAY DIFFRACTION99.67
3.31-3.570.33851800.26563525X-RAY DIFFRACTION93.4
3.57-3.920.27762110.2513502X-RAY DIFFRACTION93.31
3.92-4.490.24061900.19553821X-RAY DIFFRACTION99.95
4.49-5.660.21921760.19913891X-RAY DIFFRACTION100
5.66-54.710.23122260.20923963X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.2697825048 Å / Origin y: 34.9069231175 Å / Origin z: -32.598453075 Å
111213212223313233
T0.426201867456 Å20.00370870545637 Å2-0.0205533244565 Å2-0.224102538915 Å20.0266631042388 Å2--0.313302403034 Å2
L0.743006080822 °20.211877555353 °2-0.0744854709148 °2-0.94879259569 °2-0.116923645965 °2--0.765105482454 °2
S-0.000165170597797 Å °-0.0896693960162 Å °0.0637902963717 Å °0.345858467528 Å °-0.0684303184444 Å °0.0636212906596 Å °-0.119109055545 Å °0.00208547756781 Å °0.0629413222 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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