PDB-9rgh: X-ray structure of a polyoxidovanadate/human H-ferritin adduct ob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rgh

タイトル

X-ray structure of a polyoxidovanadate/human H-ferritin adduct obtained when the protein is treated overnight with [VIVO(acac)2]

要素

Ferritin heavy chain

キーワード

METAL TRANSPORT / human ferritin / vanadium / polyoxometalate / pentadecavanadate

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.383 Å

データ登録者

Tito, G. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2025
タイトル: Spherical mixed-valence pentadecavanadate binding to human H-chain ferritin
著者: Lucignano, R. / Tito, G. / Ferraro, G. / Picone, D. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2025年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rgh.cif.gz	66.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rgh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rgh_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rgh_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9rgh_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	9rgh_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/9rgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rgiC 9rgjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
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1

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

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AAA: Ferritin heavy chain

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ヘテロ分子

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AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
548 kDa, 24 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.990, 182.990, 182.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-201- CL
2	1	AAA-202- CL
3	1	AAA-207- MG
4	1	AAA-208- MG
5	1	AAA-315- HOH
6	1	AAA-332- HOH
7	1	AAA-412- HOH
8	1	AAA-542- HOH
9	1	AAA-565- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21124.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-A1JGJ / Polyoxidovanadate complex 分子量: 1340.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃₆V₁₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.0 M magnesium chloride, 0.1 M bicine buffer pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→105.65 Å / Num. obs: 50886 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 61.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.38→1.41 Å / 冗長度: 61.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2654 / CC_1/2: 0.399 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.383→105.649 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 0.96 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	2511	4.983 %
R_work	0.1609	47879	-
all	0.162	-	-
obs	-	50390	93.483 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.383→105.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	63	268	1755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.332	1.628	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.61	1.592	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.315	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.142	23.814	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.908	15	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.409	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.155	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.194	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.472	2.034	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.471	2.029	746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.003	3.03	953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.002	3.028	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.156	2.505	896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.204	2.449	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.241	3.622	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.426	3.519	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.616	27.63	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.319	26.531	1909

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.383-1.419	0.404	176	0.399	3540	0.399	3933	0.648	0.657	94.4826	0.398
1.419-1.458	0.34	139	0.345	3092	0.345	3792	0.786	0.781	85.2057	0.342
1.458-1.5	0.273	150	0.287	3072	0.286	3734	0.847	0.863	86.2882	0.274
1.5-1.546	0.255	161	0.245	2959	0.245	3584	0.899	0.899	87.0536	0.226
1.546-1.597	0.236	189	0.207	3310	0.208	3503	0.916	0.93	99.8858	0.187
1.597-1.653	0.205	177	0.189	3226	0.19	3406	0.949	0.947	99.9119	0.165
1.653-1.715	0.178	158	0.177	3091	0.177	3268	0.959	0.956	99.4186	0.151
1.715-1.785	0.219	130	0.172	2697	0.174	3158	0.94	0.957	89.5187	0.142
1.785-1.865	0.196	137	0.153	2911	0.155	3052	0.954	0.967	99.8689	0.125
1.865-1.956	0.168	121	0.158	2091	0.159	2911	0.964	0.966	75.9876	0.124
1.956-2.061	0.164	141	0.138	2644	0.14	2786	0.973	0.975	99.9641	0.114
2.061-2.186	0.182	117	0.132	2310	0.134	2628	0.964	0.976	92.3516	0.114
2.186-2.337	0.158	136	0.131	2201	0.132	2494	0.972	0.977	93.7049	0.112
2.337-2.524	0.166	126	0.127	2196	0.129	2322	0.972	0.98	100	0.115
2.524-2.765	0.178	100	0.136	1927	0.138	2153	0.966	0.976	94.1477	0.125
2.765-3.091	0.15	89	0.143	1877	0.144	1966	0.976	0.975	100	0.14
3.091-3.569	0.173	94	0.146	1575	0.147	1750	0.966	0.975	95.3714	0.153
3.569-4.37	0.138	74	0.133	1312	0.133	1514	0.983	0.98	91.5456	0.15
4.37-6.175	0.192	62	0.164	1140	0.165	1202	0.97	0.972	100	0.194
6.175-105.649	0.153	34	0.229	708	0.225	747	0.979	0.952	99.3307	0.29

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