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- PDB-9r45: Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r45
タイトルSpitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase (apo state)
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Xylose isomerase / Spitrobot-2
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Hatton, C.E. / Spiliopoulou, M. / Schulz, E.C. / Mehrabi, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)European Union
German Research Foundation (DFG)458246365 ドイツ
German Research Foundation (DFG)451079909 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2114 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Spitrobot-2 advances time-resolved cryo-trapping crystallography to under 25 ms.
著者: Spiliopoulou, M. / Hatton, C.E. / Kollewe, M. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Tellkamp, F. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C.
履歴
登録2025年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3382
ポリマ－43,2831
非ポリマー551
水3,981221
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3538
ポリマ－173,1334
非ポリマー2204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area31130 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area46020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.498, 93.723, 98.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-667-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
遺伝子: xylA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 10 mM HEPEs pH 7.5 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.788→67.745 Å / Num. obs: 20717 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.788→2.018 Å / Num. unique obs: 977 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 50.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21.1_5286精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→67.74 Å / SU ML: 0.2343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.191
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 1084 5.23 %
Rwork0.1957 19629 -
obs0.1983 20713 55.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→67.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 1 221 3252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87394226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.82291151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.870.467880.3159125X-RAY DIFFRACTION2.87
1.87-1.970.3626200.2886430X-RAY DIFFRACTION9.77
1.97-2.090.3695790.26261294X-RAY DIFFRACTION29.52
2.09-2.220.3035910.25461966X-RAY DIFFRACTION53.37
2.26-2.480.27831510.24762843X-RAY DIFFRACTION65.03
2.48-2.840.28072220.21663893X-RAY DIFFRACTION87.55
2.84-3.580.22862510.18794454X-RAY DIFFRACTION99.51
3.58-67.740.21092620.16344624X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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