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- PDB-9qux: Solution structure of the Homer1 EVH1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qux
タイトルSolution structure of the Homer1 EVH1 domain
要素Homer protein homolog 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Postsynapse / Enabled/VASP homology 1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / regulation of calcium ion import / neuron spine / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / skeletal muscle contraction ...G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / regulation of calcium ion import / neuron spine / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / skeletal muscle contraction / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / skeletal muscle fiber development / behavioral response to cocaine / protein tetramerization / response to calcium ion / Z disc / apical part of cell / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Homer protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Czajlik, A. / Maruzs, B. / Fanni, F. / Batta, G. / Gaspari, Z. / Peterfia, B.F.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)OTKA 137947 ハンガリー
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Structural Modeling and Dynamics of the Full-Length Homer1 Multimer.
著者: Kalman, Z.E. / Czajlik, A. / Maruzs, B. / Farkas, F. / Pap, I. / Homonnay, C. / Klumpler, T. / Batta, G. / Gaspari, Z. / Peterfia, B.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homer protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7571
ポリマ－13,7571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Homer protein homolog 1 / Homer-1 / VASP/Ena-related gene up-regulated during seizure and LTP 1 / Vesl-1


分子量: 13757.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Homer1, Vesl1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2Y3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
1151isotropic13D HN(CO)CA
1141isotropic13D HN(COCA)CB
1131isotropic13D HNCO
1121isotropic13D HCACO
1111isotropic12D 1H-13C HSQC
1101isotropic12D 1H-15N HSQC
191isotropic13D HCAN
181isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
171isotropic13D H(CCO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 180 uM [U-13C; U-15N] Homer1 EVH1, 50 mM Sodium phosphate buffer, 20 mM sodium chloride, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
180 uMHomer1 EVH1[U-13C; U-15N]1
50 mMSodium phosphate buffernatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 %NaN3natural abundance1
試料状態イオン強度: 215 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.36 / PH err: 0.02 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: From the 20 CYANA-calculated conformers, each was subjected to a gentle simulated annealing protocol with an upper temperature of 150 C to calculate 20 conformers from which the one with the ...詳細: From the 20 CYANA-calculated conformers, each was subjected to a gentle simulated annealing protocol with an upper temperature of 150 C to calculate 20 conformers from which the one with the lowest energy was retained.
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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