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- PDB-9qrs: Crystal structure of CERK6 extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qrs
タイトルCrystal structure of CERK6 extracellular domain
要素LysM type receptor kinase
キーワードPLANT PROTEIN / LysM / Chitin / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...LysM domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Cheng, J.X.J. / Gysel, K. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish National Research FoundationDNRF79 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2025年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
B: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,15613
ポリマ－44,7592
非ポリマー4,39611
水6,593366
1
A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3047
ポリマ－22,3801
非ポリマー1,9246
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8526
ポリマ－22,3801
非ポリマー2,4725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.290, 131.580, 53.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.137, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 22379.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS6 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KTZ6

-
糖 , 7種, 9分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 368分子

#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 28% (w/v) PEG-2000 monomethyl ether

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→43.99 Å / Num. obs: 49236 / % possible obs: 97.36 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 37.66 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03796 / Rpim(I) all: 0.01571 / Rrim(I) all: 0.04115 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9937 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2433 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.5522 / Rrim(I) all: 1.147 / % possible all: 67.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→43.99 Å / SU ML: 0.2718 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4173
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 2000 4.06 %
Rwork0.175 47232 -
obs0.1759 49232 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→43.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 290 366 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93184640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9761507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.4622980.44282356X-RAY DIFFRACTION67.79
1.92-1.970.37931430.3393344X-RAY DIFFRACTION97.05
1.97-2.030.29531460.26293461X-RAY DIFFRACTION99.7
2.03-2.090.22731460.22053438X-RAY DIFFRACTION99.83
2.09-2.170.21181450.19253431X-RAY DIFFRACTION99.83
2.17-2.250.2091470.2053471X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.360.25111450.19423440X-RAY DIFFRACTION99.83
2.36-2.480.23251470.20433452X-RAY DIFFRACTION99.94
2.48-2.630.19881460.18123456X-RAY DIFFRACTION99.94
2.63-2.840.18921470.19223472X-RAY DIFFRACTION99.89
2.84-3.120.2551480.19583469X-RAY DIFFRACTION99.89
3.12-3.580.2081470.17373465X-RAY DIFFRACTION99.94
3.58-4.50.14381460.14373475X-RAY DIFFRACTION99.89
4.5-43.990.15571490.13553502X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.69510625451-4.614284499755.579194747136.50905073627-5.746782697979.472895585320.2634123628080.105400942744-0.4331422224050.1982423258560.173450533549-0.05462985053120.1141474109150.137360785573-0.5024217060460.295785779424-0.00484814065976-0.02520938995650.252423801778-0.05934260417490.317617553392-3.98822509389-15.905410749418.0522752862
26.983935408-2.528863691971.689779816242.781699376170.2117149166344.19915573496-0.120554710618-0.3106579514140.1837255495190.7435442200280.352534833542-1.72431527885-0.006887365402580.8420900409650.08026697200590.3667175552340.0399297031897-0.1924015408680.409447975921-0.07767256555980.5728155564969.68725094484-17.933725360124.6834064849
35.84477431051-0.327417224121.383168503744.71862366912-1.501862952053.788661471280.0606459680398-0.4543602697040.03447240809890.833133824561-0.0272812414666-0.614577074127-0.4416923256170.433080977373-0.125503047590.3662874766860.034409632997-0.1272314164740.286441936907-0.06757342184690.3621428875772.5364263993-15.943543832925.7515361367
42.53901190866-1.7266442243-1.462300068585.878279673550.6839296643413.03921039660.02655226208570.0602876764956-0.412868427264-0.158422507985-0.0631374575701-0.2127900623190.5593594480710.1181060045390.0770335649270.3867854508460.0702475271681-0.06513719574950.285810577524-0.04852609258690.3964711143072.72394013194-32.014771734215.8826951035
55.22395774783-1.72990560658-2.384693965913.509042402780.8223868336274.00992410724-0.0624522463648-0.267638941568-0.1767754690740.3560702812230.06982998016540.1219381815070.0621880954739-0.1050603780770.002329650734330.249679288169-0.0196850082518-0.02661528442920.258639383358-0.01604001989150.202743077995-11.300510115-17.210272306325.0818731448
63.77238055948-2.731233392185.258946186982.33600847915-4.028881104077.98752167924-0.124533914286-0.01539400683340.6355569636970.309344828597-0.133486225495-0.897391433816-0.9328171577540.2226659797510.3283568964520.511377198258-0.0167749406374-0.009073878444320.340562272321-0.05148910684420.459256919088-3.57250358032-3.5430530028224.8178841265
75.405462391441.789580843685.528037878720.8830016679531.777725485525.66210995222-0.229197840382-0.0930467556990.258574310760.132012659491-0.01716790144120.01492515011120.4113308987560.1423814483780.1565304139791.593501227220.01026487215230.02927524281171.389032185170.1748046107880.598169825104-10.72617775963.551008685414.1793301962
84.270385260490.304175172228-1.406029323814.19541163131-5.434512842487.79288225014-0.06295312870730.1373995448620.365254486603-0.1396472968930.04139887575290.0730818613285-0.1572400445950.15115419982-0.06159924450970.389102070391-0.0624420832444-0.02735946973080.239679035914-0.04388975783170.261549622172-10.13008700845.36673589374-1.18091680441
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120.2371803146190.021905261882-0.1318784035140.00271252709396-0.01407852592620.07454369858630.007541399405330.0703622849716-0.0822297966088-0.07498482729560.0457968984531-0.02599104236790.0681103165569-0.0840476949413-0.002980149727092.106626424540.28264814451-0.337460244441.3427204362-0.06305535476391.942068066065.01844013131-15.97077125127.12182874062
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 26 through 41 )AA26 - 411 - 16
22chain 'A' and (resid 42 through 68 )AA42 - 6817 - 43
33chain 'A' and (resid 69 through 97 )AA69 - 9744 - 72
44chain 'A' and (resid 98 through 145 )AA98 - 14573 - 120
55chain 'A' and (resid 146 through 210 )AA146 - 210121 - 185
66chain 'A' and (resid 211 through 221 )AA211 - 221186 - 196
77chain 'A' and (resid 222 through 223 )AA222 - 223197 - 198
88chain 'B' and (resid 26 through 46 )BL26 - 461 - 21
99chain 'B' and (resid 47 through 97 )BL47 - 9722 - 72
1010chain 'B' and (resid 98 through 152 )BL98 - 15273 - 127
1111chain 'B' and (resid 153 through 222 )BL153 - 222128 - 197
1212chain 'B' and (resid 223 through 224 )BL223 - 224198 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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