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- PDB-9qr5: InlB392_V333E: V333E variant of Listeria monocytogenes InlB (inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qr5
タイトルInlB392_V333E: V333E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392
要素Internalin B
キーワードCELL INVASION / LEUCINE RICH REPEAT / PROTEIN BINDING / PATHOGENICITY / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal ...GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Geerds, C. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Single mutations to tyrosine or glutamate improve crystallizability and crystal diffraction properties of a flexible two-domain protein
著者: Geerds, C. / Niemann, H.H.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7284
ポリマ－40,4521
非ポリマー2763
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area610 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.410, 90.770, 99.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Internalin B / InlB / Invasion protein InlB


分子量: 40451.773 Da / 分子数: 1 / 変異: V333E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues GPLGS remain after proteolytic removal of the expression tag point mutation V333E
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: inlB, lmo0434 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: P0DQD2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 % / 解説: size about 90 x 20 x 20 micrometer
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir solution: PEG Smear Screen Medium Molecular Weight, Condition E1: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG medium molecular weight (MMW) mixture consisting of PEG1500, PEG2000, PEG2000MME, ...詳細: Reservoir solution: PEG Smear Screen Medium Molecular Weight, Condition E1: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG medium molecular weight (MMW) mixture consisting of PEG1500, PEG2000, PEG2000MME, PEG3000, PEG3350, PEG4000, PEG5000MME. Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Drop size: 200 nl protein + 100 nl reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 67167 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.95 % / Biso Wilson estimate: 18.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 17.81
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 11.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 4910 / CC1/2: 0.757 / Rrim(I) all: 1.338 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→45.38 Å / SU ML: 0.1577 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.741
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1787 3289 4.9 %
Rwork0.155 63794 -
obs0.1562 67083 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 18 569 3404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01222969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18984046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0904473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.87241137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.35621440.28842723X-RAY DIFFRACTION99.79
1.47-1.490.26271500.25942737X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.520.26831170.23612740X-RAY DIFFRACTION99.97
1.52-1.550.26211280.22412756X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.570.24881340.21412751X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.2111450.20482739X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.22221490.19042741X-RAY DIFFRACTION99.97
1.64-1.670.23071350.18692727X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.17131500.16952762X-RAY DIFFRACTION99.97
1.71-1.750.18921380.1592753X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.18421480.15672747X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.850.19081340.15462746X-RAY DIFFRACTION99.97
1.85-1.910.17431440.15852754X-RAY DIFFRACTION99.97
1.91-1.980.19751480.16062764X-RAY DIFFRACTION99.97
1.98-2.060.15241640.14092741X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.160.17321430.13622778X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.270.16551430.14112782X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.410.1891480.14072767X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.60.17221370.14112804X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.860.16471480.14482793X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.270.1591360.14872844X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.17291610.13042847X-RAY DIFFRACTION99.87
4.12-45.380.16311450.16452998X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.154706228940.3852594420430.5689597754331.62821109854-0.2956735792171.75427210366-0.07412673740950.07216781050360.113017598605-0.1972007025050.0100740340440.149472473552-0.054326003516-0.04944586816650.008787519709210.1403786690140.00833502568455-0.01605994401740.14610017821-0.001839040949550.147233744367-16.411176674127.8699840217-25.5144180538
20.328502150958-0.05418683324240.02376724581411.38649085729-0.7288950164820.862068263752-0.0103649529490.00210773512739-0.00625045810389-0.0337746135714-0.0332107283888-0.09346988697680.07160821009560.06548751208040.05492526816040.09626408117980.00747020606203-0.009891262799530.130297881409-0.004890153839460.12052313697-6.736554931034.323664701660.704532847343
30.1694570285660.251997278106-0.002494122598721.635794344450.8788789353760.249228445587-0.02045154393410.0321798982747-0.0735375525490.0407190618792-0.00040245249212-0.0834478246122-0.0377112609739-0.00369531091090.01439109145430.1884795667950.0143296321524-0.03041101255390.1812297546950.006944787768220.184274298075-7.44627837517-31.9341752163-9.75009247541
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 36 through 157 )36 - 1571 - 122
22chain 'A' and (resid 158 through 304 )158 - 304123 - 269
33chain 'A' and (resid 305 through 391 )305 - 391270 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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