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- PDB-9qnl: BAD pS118 phosphopeptide binding to 14-3-3sigma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qnl
タイトルBAD pS118 phosphopeptide binding to 14-3-3sigma
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Bcl2-associated agonist of cell death
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / BAD-BCL-2 complex / glucose catabolic process / pore complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / type B pancreatic cell proliferation / regulation of mitochondrial membrane permeability ...ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / BAD-BCL-2 complex / glucose catabolic process / pore complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / type B pancreatic cell proliferation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cellular response to lipid / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / NRAGE signals death through JNK / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of proteolysis / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / ATP metabolic process / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / positive regulation of cell adhesion / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein sequestering activity / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of insulin secretion / phospholipid binding / cellular response to nicotine / cytokine-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / glucose homeostasis / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / protein phosphatase binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / apoptotic process / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Bcl2-associated agonist of cell death
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Pennings, M.A.M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101077879European Union
引用ジャーナル: Digit Discov / 年: 2025
タイトル: Identifying 14-3-3 interactome binding sites with deep learning.
著者: van Weesep, L. / Ozcelik, R. / Pennings, M. / Criscuolo, E. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Grisoni, F.
履歴
登録2025年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Bcl2-associated agonist of cell death
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1288
ポリマ－27,8922
非ポリマー2366
水4,288238
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Bcl2-associated agonist of cell death
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Bcl2-associated agonist of cell death
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,25616
ポリマ－55,7854
非ポリマー47212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.606, 112.105, 62.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

CA

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Bcl2-associated agonist of cell death / BAD / Bcl-2-binding component 6 / Bcl-2-like protein 8 / Bcl2-L-8 / Bcl-xL/Bcl-2-associated death ...BAD / Bcl-2-binding component 6 / Bcl-2-like protein 8 / Bcl2-L-8 / Bcl-xL/Bcl-2-associated death promoter / Bcl2 antagonist of cell death


分子量: 1349.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92934
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→45.76 Å / Num. obs: 63729 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3427 / CC1/2: 0.589

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→45.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 3.896 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19484 3239 5.1 %RANDOM
Rwork0.16284 ---
obs0.16453 60467 89.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.64 Å20 Å2-0 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 6 238 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0162046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.8232768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4111.5684538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7785.281285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89210402
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.2582.0881006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other14.2532.0911007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.0623.771261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.073.7731262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it36.9432.6951040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other36.9342.6981041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other44.5974.6571495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined40.44629.092460
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other40.55226.792395
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.31934007
LS精密化 シェル解像度: 1.303→1.337 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 279 -
Rwork0.344 4875 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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