PDB-9qk4: X-ray crystal structure of SlPYL1-Ferulic Acid complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qk4

タイトル

X-ray crystal structure of SlPYL1-Ferulic Acid complex

要素

SlPYL1-NIO

キーワード

PLANT PROTEIN / ABA receptor / SlPYL1 / Ferulic Acid

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rivera-Moreno, M. / Merino-Gracia, J. / Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2025
タイトル: Natural modulators of abscisic acid Signaling: Insights into polyphenol-based antagonists and their role in ABA receptor regulation.
著者: Merino, J. / Rivera-Moreno, M. / Bono, M. / Nunez-Villanueva, D. / Gonzalez-Vega, A. / Mayordomo, C. / Infantes, L. / Chikhale, R. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.

履歴

登録	2025年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qk4.cif.gz	110.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qk4.ent.gz	69.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qk4_validation.pdf.gz	710.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qk4_full_validation.pdf.gz	713.7 KB	表示
XML形式データ	9qk4_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	9qk4_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qk3C 9qk5C 9qk6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.642, 89.642, 50.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	SlPYL1-NIO 分子量: 25738.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: 101268417 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q7HTY9
#2: 化合物	ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID 分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M ammonium sulfate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月14日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44.93 Å / Num. obs: 14889 / % possible obs: 92.62 % / 冗長度: 1.35 % / B_iso Wilson estimate: 31.83 Å² / CC_1/2: 0.87 / Net I/σ(I): 2.86
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 761 / CC_1/2: 0.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.82 Å / SU ML: 0.2238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.0339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	713	4.79 %
R_work	0.2278	14176	-
obs	0.2298	14889	92.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1515	0	18	30	1563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	1563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4987	2126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7514	565

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.15	0.479	108	0.3554	2717	X-RAY DIFFRACTION	88.86
2.15-2.37	0.3518	135	0.3143	2745	X-RAY DIFFRACTION	90.82
2.37-2.71	0.345	144	0.2982	2828	X-RAY DIFFRACTION	93.2
2.71-3.41	0.2619	156	0.2387	3014	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.46-44.82	0.2194	170	0.1745	2872	X-RAY DIFFRACTION	94.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.251431336225	0.31014350916	0.202323740246	0.240302164259	0.334077618578	0.74326098032	-0.215807375264	0.183134328263	-0.0496358584795	0.494128083444	0.0530836837798	1.22735878659	0.14907649202	0.284950117103	-0.000131200453852	0.492177673598	0.0475513626652	0.153215804945	0.543864389474	-0.0815712443018	1.00715695003	33.6737296713	11.3470536642	-6.46866159037
2	0.317203055831	-0.279951198569	0.0602850937477	0.125918929755	-0.111701129454	0.344221854704	-0.193040570585	-0.158782303329	-0.274966206411	-0.0585501434847	0.247927402289	-1.18601442392	0.110340251006	0.452876746972	-9.16067241832E-6	0.529230170689	0.0141294216435	-0.0296869214979	0.646366215063	-0.123400221749	0.580847063187	39.9889568183	18.2250912873	-1.72773136216
3	1.33573310004	-0.599596588439	-0.739382317447	0.559763395216	1.056028083	0.55196419164	-0.0274355050017	0.107778133796	0.0238758565298	0.148317943211	0.0169204781336	-0.0111253199817	0.11323896439	0.0217576814805	6.16230650588E-5	0.486935956134	0.0158333215382	-0.0609349314797	0.400217133358	-0.0194139393261	0.634976516174	29.7557918608	17.2158741469	3.00694993381
4	0.272040902584	-0.145214363026	0.309858777345	0.614290459358	0.335047972537	0.155079118463	-0.319875407365	0.0500267071838	0.431040389926	-0.0438277517915	0.0469810752889	0.27308803112	-0.188825314898	0.0299233024388	0.000108355264544	0.495115766178	0.019933395653	-0.0247074371449	0.385228322748	-0.105678044249	0.534000182839	19.9761113599	21.2345264333	12.7927134992
5	0.53191301912	0.48175871892	-0.240186105668	0.485740187258	-0.253630355277	0.153742038576	0.334605404179	-0.332843481427	-0.646951588724	0.405423943961	-0.141387562088	0.280262131044	0.226145335282	-0.276013165554	-9.14228693599E-6	0.711544287474	0.0198584970353	-0.0308326321882	0.585819677678	0.0923197330851	0.461859596187	20.0397333366	14.8579311185	21.7490032781
6	0.899475156024	-1.58605626495	0.907850342493	3.65108236942	-1.79570437103	0.649918747132	0.548563957916	-0.867113119004	-0.919034285734	-0.0878992586753	0.359775543351	1.91752534567	0.691638175503	-0.639680803016	0.216428288145	0.641098955824	-0.0214863623473	0.0312673675245	0.570469954641	0.0592268851773	0.606931835159	10.292869125	13.2527754088	11.2246018566
7	0.352611801299	-0.404325582351	-0.0117779066879	1.14954848854	0.742578097485	0.842776163715	0.130324686295	-0.3927170298	-0.2025809634	0.360801114071	0.08930929705	-0.208947646704	0.00658821501613	-0.0626335109009	-4.75131276282E-5	0.504308763818	-0.000456584394824	-0.0595390180332	0.442951611165	0.0245016176575	0.503615887376	26.766830013	12.1768242451	13.0015867297
8	0.0627869634419	-0.164244374648	-0.208885860964	0.195591155553	0.339505298704	0.421551072486	0.342635854015	0.704703091881	-1.23423068121	-0.318214297384	-0.501748171616	1.49730058986	0.0886195951521	-0.317462813901	-0.000725128326501	0.545521253563	0.0117687843036	-0.0685953978501	0.520172021096	0.0278700414958	0.857530677189	14.7857061318	6.50472052846	4.81665750755
9	0.817607816438	-0.455995970685	0.743720737494	0.953582310019	-0.236538199531	0.722555411022	0.106402044349	0.103001507815	0.0710698411853	0.239441140519	-0.0410527102871	0.258540844405	0.0223025448922	0.0344555951779	9.08648661128E-6	0.461367540698	-0.0208232819255	-0.0503587768221	0.473484556694	-0.00255351356361	0.445511122746	29.8663061121	18.6018629736	1.00751316778
10	1.63247006554	0.148518806472	0.595615780327	0.0453038572921	0.632771188067	-0.405188540232	0.102699270197	0.128933526061	0.00390701648264	-0.255876038228	-0.0422199666281	-0.39399292137	-0.161678711961	-0.115983973946	-0.000101614313104	0.55606140219	-0.00207794082873	-0.0117153240043	0.495352917733	0.0476253514292	0.374925216173	21.5369931408	23.4013816849	1.40285082529

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 43 )	28 - 43	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 44 through 57 )	44 - 57	17 - 30
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 86 )	58 - 86	31 - 59
4	4	chain 'A' and (resid 87 through 98 )	87 - 98	60 - 71
5	5	chain 'A' and (resid 99 through 114 )	99 - 114	72 - 87
6	6	chain 'A' and (resid 115 through 126 )	115 - 126	88 - 99
7	7	chain 'A' and (resid 127 through 149 )	127 - 149	100 - 122
8	8	chain 'A' and (resid 150 through 157 )	150 - 157	123 - 130
9	9	chain 'A' and (resid 158 through 189 )	158 - 189	131 - 162
10	10	chain 'A' and (resid 190 through 219 )	190 - 219	163 - 192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)