PDB-9qdb: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qdb

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 29d

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / Complex / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Meyners, C. / Brudy, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Linker Modification Enables Control of Key Functional Group Orientation in Macrocycles.
著者: Brudy, C. / Ruijsenaars, E. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Spiske, M. / Buffa, V. / Springer, M. / Repity, M. / Weller, A. / Haferkamp, U. / Pless, O. / Muschong, P. / Miltner, ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb9qdb.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9qdb_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9qdb_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	9qdb_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qd7C 9qd8C 9qd9C 9qdaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.628, 48.628, 194.979
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1I5Y / (2~{S},9~{S},12~{R})-2-cyclohexyl-20,23-dimethoxy-12-methyl-11,14,18-trioxa-4-azatricyclo[17.2.2.0^{4,9}]tricosa-1(22),19(23),20-triene-3,10-dione 分子量: 503.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13% PEG3350, 0.1 HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate 10% Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→48.74 Å / Num. obs: 17740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.204 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.94-48.74	7.8	0.047	29.3	283	0.999	0.022	0.052	0.9	99.5
2.05-2.11	11.1	1.764	1.4	1361	0.661	0.79	1.934	0.99	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→41.198 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.088 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	859	4.859 %
R_work	0.2151	16821	-
all	0.217	-	-
obs	-	17680	99.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.946 Å²	-0.473 Å²	0 Å²
2-	-	-0.946 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.067 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	72	74	2002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.126	1.816	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.722	1.731	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.392	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.117	14.231	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.621	10	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.899	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.224	1.963	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.223	1.962	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.382	3.518	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.383	3.52	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.752	2.068	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.751	2.067	953
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.003	3.717	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.002	3.716	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.033	18.984	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.026	18.938	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.09	0.05	3562

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09016	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09016	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.325	50	0.293	1236	0.294	1286	0.92	0.926	100	0.287
2.103-2.161	0.281	53	0.285	1169	0.285	1222	0.945	0.93	100	0.276
2.161-2.223	0.328	65	0.269	1170	0.272	1235	0.908	0.941	100	0.259
2.223-2.291	0.265	54	0.254	1087	0.255	1142	0.953	0.947	99.9124	0.243
2.291-2.366	0.312	49	0.247	1095	0.25	1144	0.933	0.953	100	0.234
2.366-2.449	0.284	60	0.242	1043	0.244	1103	0.943	0.956	100	0.224
2.449-2.541	0.268	54	0.223	1030	0.225	1085	0.946	0.964	99.9078	0.201
2.541-2.644	0.274	47	0.221	980	0.223	1027	0.952	0.967	100	0.199
2.644-2.761	0.285	45	0.219	939	0.222	985	0.946	0.966	99.8985	0.198
2.761-2.896	0.274	46	0.23	910	0.232	958	0.959	0.962	99.7912	0.202
2.896-3.051	0.289	64	0.234	858	0.238	922	0.953	0.962	100	0.212
3.051-3.235	0.421	51	0.224	827	0.233	878	0.882	0.966	100	0.206
3.235-3.457	0.239	46	0.227	753	0.228	799	0.962	0.968	100	0.217
3.457-3.732	0.24	26	0.217	754	0.218	780	0.955	0.974	100	0.208
3.732-4.085	0.194	33	0.197	673	0.197	706	0.972	0.977	100	0.192
4.085-4.561	0.168	35	0.156	609	0.157	644	0.983	0.987	100	0.153
4.561-5.256	0.194	22	0.142	563	0.144	585	0.986	0.989	100	0.142
5.256-6.412	0.248	26	0.196	482	0.199	509	0.965	0.981	99.8035	0.193
6.412-8.96	0.302	19	0.201	392	0.205	411	0.942	0.978	100	0.206
8.96-41.198	0.267	14	0.257	251	0.258	267	0.954	0.943	99.2509	0.294

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.624	-0.1556	0.6441	2.2224	0.4131	2.9031	-0.0906	-0.2025	0.0476	0.0162	-0.0378	0.394	0.0997	-0.1794	0.1283	0.0899	-0.045	-0.0005	0.0655	-0.0016	0.1429	-9.7211	15.7498	3.8471
2	4.2635	-1.7128	-0.4415	5.1128	1.1516	3.3106	-0.0724	-0.6856	0.4631	-0.0398	0.2688	-0.3189	0.0492	0.37	-0.1965	0.0057	0.0026	-0.0024	0.3001	-0.0571	0.1338	8.2985	15.8634	29.4932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)