PDB-9qd9: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qd9

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 29c

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / Complex / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Meyners, C. / Brudy, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Linker Modification Enables Control of Key Functional Group Orientation in Macrocycles.
著者: Brudy, C. / Ruijsenaars, E. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Spiske, M. / Buffa, V. / Springer, M. / Repity, M. / Weller, A. / Haferkamp, U. / Pless, O. / Muschong, P. / Miltner, ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qd9.cif.gz	243.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qd9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9qd9_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qd9_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9qd9_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	9qd9_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qd7C 9qd8C 9qdaC 9qdbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.938, 48.938, 195.364
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-331- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1I54 / (2~{S},9~{S},12~{S})-2-cyclohexyl-20,23-dimethoxy-12-methyl-11,14,18-trioxa-4-azatricyclo[17.2.2.0^{4,9}]tricosa-1(22),19(23),20-triene-3,10-dione 分子量: 503.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₁NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.1 HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate 10% Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→48.84 Å / Num. obs: 29128 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 18.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.03-48.84	8.4	0.024	49.8	277	0.999	0.011	0.027	0.67	99.1
1.74-1.77	10.3	1.467	1.4	1524	0.603	0.688	1.625	0.83	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→42.418 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.256 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	1494	5.142 %
R_work	0.2322	27562	-
all	0.234	-	-
obs	-	29056	99.842 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.556 Å²	-0.278 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.556 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.804 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→42.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	72	66	2013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.823	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.629	1.735	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.053	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.519	13.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.566	10	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.29	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.288	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.123	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.072	2.991	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.064	2.99	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.927	5.374	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.929	5.375	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.536	3.097	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.534	3.096	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.693	5.605	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.691	5.604	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.605	29.129	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.607	29.105	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3593

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10033	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10033	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.782	0.337	104	0.312	1949	0.313	2089	0.9	0.922	98.2767	0.311
1.782-1.831	0.344	114	0.283	1946	0.287	2061	0.912	0.94	99.9515	0.277
1.831-1.884	0.297	89	0.28	1928	0.281	2017	0.935	0.944	100	0.267
1.884-1.942	0.342	91	0.307	1822	0.308	1914	0.918	0.933	99.9478	0.289
1.942-2.005	0.294	98	0.26	1789	0.261	1887	0.937	0.953	100	0.24
2.005-2.076	0.286	91	0.256	1737	0.258	1828	0.946	0.955	100	0.236
2.076-2.154	0.314	98	0.256	1675	0.259	1773	0.922	0.953	100	0.235
2.154-2.241	0.301	62	0.253	1654	0.255	1717	0.93	0.959	99.9418	0.231
2.241-2.341	0.294	107	0.262	1533	0.264	1641	0.941	0.956	99.9391	0.241
2.341-2.455	0.248	78	0.233	1488	0.233	1566	0.954	0.967	100	0.217
2.455-2.587	0.283	66	0.229	1427	0.232	1493	0.947	0.968	100	0.222
2.587-2.743	0.334	68	0.257	1346	0.261	1414	0.929	0.958	100	0.252
2.743-2.932	0.349	57	0.253	1278	0.257	1335	0.919	0.956	100	0.255
2.932-3.165	0.284	58	0.253	1210	0.254	1268	0.945	0.959	100	0.26
3.165-3.466	0.254	76	0.256	1099	0.256	1175	0.962	0.961	100	0.271
3.466-3.872	0.224	72	0.228	1004	0.228	1076	0.973	0.972	100	0.248
3.872-4.464	0.235	69	0.18	886	0.183	956	0.964	0.98	99.8954	0.212
4.464-5.452	0.211	50	0.182	767	0.184	818	0.973	0.979	99.8778	0.22
5.452-7.648	0.369	29	0.233	625	0.238	654	0.939	0.971	100	0.276
7.648-42.418	0.226	17	0.238	399	0.237	419	0.96	0.948	99.284	0.367

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8518	0.1978	0.0834	3.2648	-0.1751	3.901	-0.0576	-0.0676	0.4448	-0.1845	-0.0747	0.1863	-0.2237	-0.1046	0.1322	0.1622	-0.0151	0.0339	0.0619	-0.0379	0.1081	-18.3916	0.1272	-4.0852
2	5.8059	0.4858	0.4606	2.8204	-0.1193	3.2021	0.2851	0.1143	-0.5439	-0.0939	-0.1045	0.3442	0.0564	0.1817	-0.1806	0.1583	0.0767	0.017	0.0459	-0.0041	0.1368	-9.6858	-15.6514	-29.5839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Bp	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)