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- PDB-9pqe: Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0412674 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pqe
タイトルFem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0412674
要素Protein fem-1 homolog B
キーワードLIGASE / FEM1B / E3 ligase / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / death receptor binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / death receptor binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein fem-1 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Katinas, J.M. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateArvinas Inc. research agreement AWD00000788 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance-based fragment screen of the E3 ligase Fem-1 homolog B.
著者: Katinas, J.M. / Amporndanai, K. / Taylor, A.J. / Rose, K.L. / Gareiss, P.C. / Crespo, R.A. / Phan, J. / Waterson, A.G. / Fesik, S.W.
履歴
登録2025年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fem-1 homolog B
B: Protein fem-1 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0744
ポリマ－78,5922
非ポリマー4832
水724
1
A: Protein fem-1 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5372
ポリマ－39,2961
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein fem-1 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5372
ポリマ－39,2961
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.015, 130.015, 140.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 15 or (resid 16...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 151 or (resid 152...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETASPASPAA1 - 2862 - 287
d_12LEULEUGLYGLYAA291 - 337290 - 336
d_13V26V26V26V26AC403
d_21METMETGLYGLYBB1 - 3371 - 333
d_22V26V26V26V26BD403

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.403417276053, -0.913286607193, -0.0562323261511), (-0.914552462375, -0.404406874111, 0.0069909752988), (-0.0291255033544, 0.0486071321346, -0.998393235033) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.403417276053, -0.913286607193, -0.0562323261511), (-0.914552462375, -0.404406874111, 0.0069909752988), (-0.0291255033544, 0.0486071321346, -0.998393235033)
ベクター: -57.3836793725, -91.0800281756, 70.6596521782)

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要素

#1: タンパク質 Protein fem-1 homolog B / FEM1b / FEM1-beta / Fem-1-like death receptor-binding protein alpha / Fem-1-like in apoptotic ...FEM1b / FEM1-beta / Fem-1-like death receptor-binding protein alpha / Fem-1-like in apoptotic pathway protein alpha / F1A-alpha


分子量: 39295.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1B, F1AA, KIAA0396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK73
#2: 化合物 ChemComp-A1CI9 / N-[4-(propan-2-yl)phenyl]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 241.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2024年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.7 Å / Num. obs: 53159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 100.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 53159 / CC1/2: 0.405

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→47.7 Å / SU ML: 0.7312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.465
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3259 1105 4.95 %
Rwork0.2604 21197 -
obs0.264 22302 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5138 0 36 4 5178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01035265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3097145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.40741877
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.58214671863 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.240.44521560.3812575X-RAY DIFFRACTION99.64
3.24-3.410.43831370.36552590X-RAY DIFFRACTION99.38
3.41-3.620.40211050.35922645X-RAY DIFFRACTION99.49
3.63-3.910.42611150.31942613X-RAY DIFFRACTION98.06
3.91-4.30.32181150.26752625X-RAY DIFFRACTION98.99
4.3-4.920.33471320.25312657X-RAY DIFFRACTION99.11
4.92-6.20.33231610.25322681X-RAY DIFFRACTION99.51
6.2-47.70.26571840.19672811X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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