PDB-9p45: Crystal structure of KRAS-G12D (GMPPNP-bound) in complex with BBO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9p45

タイトル

Crystal structure of KRAS-G12D (GMPPNP-bound) in complex with BBO-11818

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

ONCOPROTEIN/INHIBITOR / KRAS / RAS / K-ras / KRAS4b / inhibitor / BBO-11818 / BBO11818 / BBO / TheRas / BridgeBio / oncoprotein / ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / skeletal muscle cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Chan, A.H. / Bratcher, D.R. / Simanshu, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2025
タイトル: Discovery of BBO-11818, a Potent and Selective Non-covalent Inhibitor of (ON) and (OFF) KRAS with Activity Against Multiple Oncogenic Mutants
著者: Maciag, A.E. / Chan, A.H. / Simanshu, D.K. / Beltran, P.J.

履歴

登録	2025年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9p45_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9p45_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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CIF形式データ	9p45_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/9p45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/9p45	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#148 - 2012年4月
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

20.7 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.610, 79.610, 57.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-391- HOH
2	1	A-428- HOH
3	1	A-478- HOH

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19370.781 Da / 分子数: 1 / 変異: G12D, C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-A1CG4 / methyl (3S)-3-{[(7P)-7-(2-amino-3-cyano-7-fluoro-1-benzothiophen-4-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl](ethyl)amino}pyrrolidine-1-carboxylate 分子量: 733.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₃F₆N₇O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6, 45% PEG 200, 0.05 M CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月29日
詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→40.33 Å / Num. obs: 41119 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.35-1.39	1.241	1.94	2908	0.338	1.301	1
1.39-1.42	1.142		2926	0.476	1.184	1
1.42-1.47	1.058		2832	0.708	1.087	1
1.47-1.51	0.896		2763	0.858	0.917	1
1.51-1.56	0.734		2712	0.918	0.751	1
1.56-1.62	0.608		2582	0.942	0.622	1
1.62-1.68	0.502		2497	0.968	0.513	1
1.68-1.74	0.411		2428	0.977	0.421	1
1.74-1.82	0.317		2336	0.99	0.325	1
1.82-1.91	0.232		2225	0.994	0.238	1
1.91-2.01	0.169		2119	0.997	0.173	1
2.01-2.14	0.128		2028	0.998	0.131	1
2.14-2.28	0.104		1899	0.998	0.107	1
2.28-2.47	0.085		1778	0.999	0.087	1
2.47-2.7	0.074		1642	0.999	0.076	1
2.7-3.02	0.063		1507	0.999	0.065	1
3.02-3.49	0.054		1331	0.999	0.056	1
3.49-4.27	0.05		1147	0.998	0.051	1
4.27-6.04	0.05		913	0.999	0.051	1
6.04-40.33	0.051		546	0.999	0.053	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→40.33 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	4112	10 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1768	41116	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→40.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1341	0	85	178	1604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.61	581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.3661	133	0.3431	1192	X-RAY DIFFRACTION	95
1.37-1.38	0.2977	136	0.3275	1227	X-RAY DIFFRACTION	99
1.38-1.4	0.3209	139	0.3039	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.2891	141	0.2844	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.44	0.301	139	0.2813	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.46	0.2815	139	0.2625	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.48	0.2511	141	0.2633	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2565	139	0.2288	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.2475	142	0.222	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2553	138	0.2	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.1905	142	0.1977	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2427	142	0.1925	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.2047	140	0.1912	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2091	139	0.1802	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.2015	141	0.1796	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.1942	142	0.1787	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.207	142	0.1733	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.189	140	0.1647	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.93	0.1865	143	0.166	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2	0.1749	140	0.1584	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.08	0.163	143	0.1603	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.17	0.1682	142	0.1525	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.28	0.1736	143	0.152	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.43	0.1761	143	0.1647	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.62	0.1753	145	0.162	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.88	0.2057	145	0.1703	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.29	0.1849	146	0.1709	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-4.15	0.1531	149	0.1424	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-40.33	0.1905	158	0.161	1420	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3173	0.399	-0.0925	0.4215	0.1912	0.3899	-0.0126	0.0833	-0.0112	-0.0776	0.0279	0.0102	-0.0543	0.0392	-0	0.1309	0.0052	-0.0171	0.1186	-0.0032	0.1307	-21.8005	4.4921	-5.4881
2	0.0586	0.0755	0.0327	0.213	0.1579	-0.0651	0.0481	0.1242	-0.0914	-0.1567	-0.0459	-0.0376	-0.0517	-0.0121	-0.0001	0.1348	-0.0037	-0.0176	0.1411	-0.0217	0.1525	-20.5134	-8.6534	-5.3307
3	0.2157	0.2826	-0.0246	0.2906	-0.0176	0.2111	0.0225	0.1881	-0.0047	0.0247	-0.0222	-0.0581	-0.115	-0.0103	0.0002	0.1386	0.0105	-0.0045	0.1588	-0.0242	0.1421	-29.1366	2.8378	-9.0604
4	0.0733	0.1426	-0.1543	0.0318	-0.1203	0.2343	0.0266	0.096	0.1294	-0.0252	0.0247	0.0432	-0.104	0.0345	0	0.1503	-0.0183	0.0149	0.1647	0.0172	0.1567	-8.6973	8.8674	-8.4089
5	0.7816	0.3503	-0.143	0.384	0.3111	0.4341	0.1293	-0.0314	0.0363	0.1519	-0.0662	-0.0619	-0.0396	0.154	0.1193	0.1712	-0.0117	-0.0287	0.13	-0.0087	0.1163	-14.6237	2.4939	6.7774
6	0.2801	-0.0955	-0.0309	0.2778	-0.2501	0.1903	0.1967	-0.2509	0.1625	0.4309	-0.0606	-0.206	-0.3493	0.1607	0.0394	0.2066	-0.0395	0.0312	0.1543	-0.0251	0.1787	-10.8599	12.4207	2.2979
7	0.4485	-0.2046	-0.1428	0.1441	0.2589	0.3194	0.1143	-0.1305	0.143	-0.0632	-0.0818	-0.3797	-0.1746	0.1276	-0.0024	0.2012	-0.0161	0.0209	0.1395	-0.0273	0.1746	-19.3338	11.8	3.516
8	1.4188	0.1672	0.0459	0.0366	0.0797	0.7779	0.0518	-0.3985	-0.7169	0.7017	-0.034	-0.0913	0.3028	0.0198	-0.0253	0.3546	-0.0388	-0.0468	0.2249	0.1239	0.142	-18.6002	-6.8057	14.8136
9	0.1038	0.0408	0.062	0.2779	-0.1062	0.0804	-0.0294	-0.4334	0.2139	0.3276	0.1736	0.4152	0.0013	0.1208	0.0059	0.2713	-0.006	0.004	0.2342	-0.0326	0.1575	-19.3253	8.438	16.2214
10	0.2592	-0.1156	-0.0095	0.0506	0.0278	0.151	-0.064	-0.1047	-0.1429	0.2453	0.0828	0.112	0.0684	-0.1035	-0.0048	0.1871	-0.0233	0.0204	0.1487	-0.0042	0.1776	-25.5736	-1.4978	7.5367
11	0.2315	-0.148	-0.1404	0.1084	0.1096	0.2979	0.0841	-0.0143	0.1599	0.0712	0.1087	-0.0959	-0.073	0.0245	0.0137	0.1533	-0.0066	0.0374	0.1399	-0.0067	0.1904	-29.8959	9.4682	-0.4211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 92 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 93 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 116 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 117 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 127 through 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 138 through 151 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 152 through 168 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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