PDB-9or2: Antarctic Rhodopsin crystallized in bicelles at pH 4.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9or2

タイトル

Antarctic Rhodopsin crystallized in bicelles at pH 4.0

要素

Antarctic Rhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / microbial rhodopsin / retinal-binding protein / inward proton pump

機能・相同性

1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DODECANE / RETINAL

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Besaw, J.E. / Peng, S. / Ernst, O.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into an inward proton pumping rhodopsin.
著者: Besaw, J.E. / Peng, S. / Kuo, A. / Reichenwallner, J. / Miller, R.J.D. / Brown, L.S. / Ernst, O.P.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9or2.cif.gz	62.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9or2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9or2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9or2_validation.pdf.gz	989.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9or2_full_validation.pdf.gz	993.1 KB	表示
XML形式データ	9or2_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	9or2_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/9or2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/9or2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9orkC 9ot0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

AA1: Antarctic Rhodopsin

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AA1: Antarctic Rhodopsin

ヘテロ分子

AA1: Antarctic Rhodopsin

ヘテロ分子

AA1: Antarctic Rhodopsin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.356, 108.356, 54.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Antarctic Rhodopsin 分子量: 24856.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL 分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE 分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-D12 / DODECANE 分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.04 % / 解説: Hexagon
結晶化	温度: 307.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 3.2 M - 3.6 M sodium phosphate monobasic monohydrate, pH 4.0, 180 mM 1,6-hexanediol, 3.5% triethylene glycol PH範囲: 4.0 - 4.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→29.76 Å / Num. obs: 22686 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 16.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.73 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1796 / CC_1/2: 0.44 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→29.76 Å / SU ML: 0.222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.0931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	1997	8.81 %
R_work	0.2014	20667	-
obs	0.2023	22664	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→29.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1651	0	130	51	1832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0168	1821
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.357	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0808	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	283
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5418	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.12	0.3323	140	0.2796	1487	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.12-2.18	0.2618	140	0.2551	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.18-2.24	0.259	141	0.217	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2552	139	0.2159	1468	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.32-2.4	0.2246	142	0.208	1475	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.4-2.49	0.1971	146	0.2018	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.49-2.61	0.2173	140	0.1894	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.61-2.75	0.1979	143	0.1777	1477	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.75-2.92	0.1773	143	0.1766	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.92-3.14	0.1817	145	0.1825	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.14-3.46	0.2139	142	0.1898	1473	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.46-3.96	0.2218	149	0.2036	1468	X-RAY DIFFRACTION	98.36
3.96-4.98	0.1916	142	0.1962	1494	X-RAY DIFFRACTION	97.91
4.98-29.76	0.215	145	0.2166	1515	X-RAY DIFFRACTION	96.12

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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